嘉靖二十年（1541）正月，禦史楊爵進言：為人君者要奉天安民，使民各得其所。現在饑民顛連無告，凍餒溝壑，可是土木之工十年不止。又委派部臣，構建雷壇，以一個方士原因而剝民膏血，百姓怎能得其所呢？用左道惑眾，明智的君王一定要誅戮不赦。現在異言異服，列於廷苑；金紫赤紱，賞到了方術之士身上。保傅重臣，都在做法論道。保傅的人選，不是天下英才，不足以當此尊貴，而今卻送給了迂怪詭誕之徒，名器之濫，到今天可算是混亂到了極點。您以天縱聖智，貴為上天元子。如能遠循帝道，近守祖法，天災會消弭，山川鬼神，也不會不安寧。如果以天威加之以危禍，像往年楊最，言出而身死，近日羅洪先等言畢罷黜，國體治道，所損實多。如此以往，深恐忠藎杜口，則讒諛交進，安危休戚，則難以逆料。世宗覽疏，大怒，命鎮撫司下獄刑訊。二十二年（1543）二月，段朝用下獄論死。
初，段朝用以黃白之術勾結武定侯郭勳，並靠郭勳舉薦進人宮禁，久而久之，他的化物成金銀之技窮，郭勳也因罪人獄，段朝用入勳家索賂毆死其家廝役張祥，又上疏褻瀆皇帝，世宗大怒，收送法司論死。可見楊爵所言不謬。宮婢楊金英等陰謀殺死世宗，謀泄被殺。世宗說，我如果不是仰仗天地鴻恩，消除宮廷變亂，怎麼還會有今天呢？我早晨起來就要到朝天宮去齋醮七天。開始齋醮之日，有白鶴40餘隻從天空中飛過，群臣一致祝賀。此後世宗更加崇信道教。
嘉靖三十一年（1552）二月，太上道君誕辰，建醮永壽宮九日。三月，詔修太和山玄帝宮。三十三年（1554）四月。世宗舉祀高玄大典，工部尚書趙文華請求歸裏養病，是日已止封停刑，世宗剛修玄，禁止奏疏，尤其諱言疾病，趙文華恰犯忌，疏止，世宗大怒，當即罷官。三十五年（1556）上睿皇帝道號“三天金闕無上玉堂都仙清主玄道德哲慧聖尊開真仁化大帝”。獻皇後號“三天金闕無上玉堂總仙法主玄元道，德哲慧聖母天後”，孝烈皇後號“九天金闕玉堂輔聖天後掌仙妙化元君”，世宗自號“靈霄上清統雷元陽妙一飛玄真君”，後加號“九天弘教普濟生靈掌陰陽功過大道思仁紫極仙翁一陽真人元虛玄應開化伏魔忠孝皇帝”，再加號“太上大羅天仙紫極長生聖智昭靈統三元證應玉虛總掌五雷大真人玄都境萬壽帝君”。三十九年（1560）二月，浙江總督胡宗憲上奏汪直獄，世宗說，是玄天保佑。敕命告玄極殿，而論胡宗憲功。不久，胡宗憲獻芝草五、白龜二。世宗很高興，回賜金帛金彩鶴衣一身。禮部請謝玄極告祖廟，世宗允奏。不幾天，白龜死。世宗則說，天降靈物，我懷疑我快要離開塵世不久了吧！四十一年（1562）三月，萬壽宮建成。先是萬壽宮於四十年十一月被火災，不到三個月又重新蓋成，其中壽源、萬春、太玄、仙禧諸殿，極其宏麗。世宗大喜，加大學士徐階等官爵。