諸王領兵，確實對明初邊防起過重要作用，但也留下一層隱患，那就是藩王們擁有久經戰陣的精兵銳旅，如寧王有甲兵八萬，燕王擁勁卒十萬，這些兵力由藩王自行調遣，對皇權造成直接威脅。尤其是太子朱標死後，這些手握重兵的親王無不覬覦皇位，不將皇太孫朱允炆放在眼裏。朱允炆感到問題的嚴重，深以為慮。一天，他在皇宮的東角門與侍讀太常寺卿黃子澄談到這件事情。他說：“各位叔父都擁有重兵，他們不馴服，應該怎樣對付？”黃子澄舉了漢朝平定七國叛亂的例子，說道：“諸王擁有的護衛兵權僅僅夠保衛自己。如果他們發動叛亂，朝廷派大臣加以鎮壓，他們是無法抗拒的。漢朝的七國並非不強，最後都失敗了，不僅由於大小強弱的力量對比，也由於他們的行為違背禮法，朝廷鎮壓名正言順。”朱允炆說，有這樣的先例，我就放心了。
建文帝登基後，與分封各地的諸王王權之間的矛盾迅速尖銳。建文帝聽從兵部尚書齊泰和太常寺卿黃子澄的建議，想要通過剝奪諸王的權力鞏固統治。而諸王都是建文帝的叔父，擁兵專製，雄據一方，甚至有“問鼎”之心。皇權與王權之間的衝突無法調和，終於兵戎相見。
靖難之役是怎樣開始的
建文帝即位後，即在齊泰、黃子澄的謀劃下，加速削藩之舉。他們決定先削那些力量較小的藩王，然後再集中力量對付最強大的燕王朱棣（1360～1424）。按照這個計劃，建文帝於太祖洪武三十一年（1398）八月派兵襲擊並逮捕了周王（燕王朱棣的同母弟），把他廢為庶人，遷往雲南。惠帝建文元年（1399）四月到六月，又先後逼湘王朱柏自焚而死，囚齊王朱樽於京師，拘代王朱桂於大同，廢岷王朱楩（piǎn）為庶人。五王被削，僅用十個月左右。與此同時，朝廷在北平周圍及城內部署兵力，又以防邊為名，把燕王的護衛精兵調出塞外戍守，以削除他的兵力。除此之外，朝廷還采取派遣奸細、收買內應、布設耳目等手段來刺探燕王的行動。建文帝認為準備停當後，秘密下令擒拿燕王，但沒有成功。執行監視逮捕任務的布政使張昺（bǐng）、都司謝貴被朱棣誘殺，北平城也為燕軍占據。建文元年七月初五，朱棣打出“清君側，靖內難”的旗號，以誅奸臣齊泰、黃子澄為名，在北平誓師起兵，史稱“靖難之變”。靖難，即平定內亂的意思。
建文帝失蹤之謎是怎麼回事
燕軍入城時，宮中起了一場大火，混亂中不見了建文帝。燕王朱棣下令緊閉宮門、城門，仔細搜索數日，但毫無結果。有的說建文帝死於火中，有的則說建文帝從地道逃走。其結局如何，眾說紛紜，奠衷一是，成為明史第一謎案。
自焚說：據《太宗實錄》記載，南京金川門破後，建文帝見大勢已去，遂關上宮門舉火自焚。燕王遠遠望見宮中火起，急命手下人前去救火，但為時已晚，等燕王等人闖入皇宮時，建文帝已被燒死。朱棣命將殘骨撿出，哭著說：“小子無知，乃至此乎。”葬以王禮。
出亡說：建文帝被燒死的史實雖在正史中言之鑿鑿，但他在城破前就已出逃的傳聞卻在民間甚為流行。
相傳，燕軍入城時，建文帝左右都勸他逃亡。建文帝計無所出。急召翰林編修程濟問計。程濟答道：“天數已定，出走可免。”於是為建文帝剃發，換上僧人服，從禦溝逃出城去。一會兒，宮中失火，皇後馬氏投火自焚，人們紛傳建文帝也死於火中，成祖以禮葬之。建文帝逃出後，以僧人身份雲遊四方。
這是曆史上記載最多、流傳最廣的關於建文帝出亡的故事。其他有關的傳聞、記載還有很多。
一說程濟建議建文帝出逃時，有太監奏說太祖臨終時留下一個匣子，遺命“臨難時開啟”。打碎匣子後，發現內有和尚度牒三份，並有袈裟、鞋帽、剃刀等物及白銀十錠。匣中還有朱筆大字，指明出逃路線。程濟為建文帝剃發披袈，按匣中所示路線出鬼關，果然有小舟接應，因而得以逃出。
還有一種說法說燕軍入城後，建文帝絕望，下令舉火焚殿。當他準備赴火自焚時，一個太監表示願以身代之。於是，建文帝將禦用冠服賜予他，自己乘亂逃走。這個太監就穿戴建文帝衣冠，乘白馬，加鞭奔人火中。人們遠遠看見，以為是建文帝自焚而死。
關於建文帝的下落，官修正史和許多史家采取了比較審慎的態度。《明史·惠帝紀》記載，燕軍人城時，“宮中火起，帝不知所終”。但又接著說“燕王遣中使出帝後屍於火”，“或雲帝由地道出亡”。兩說並存，顯係沒有把握。在其他人物傳記中，又露出一些有關惠帝出亡的端倪。而從燕王朱棣即位後所采取的一係列措施看，他也不相信建文帝已死。之所以聽從臣下建議，以王禮葬了火中屍骨，隻是為了安定人心，讓惠帝的支持者們絕望罷了。
總之，建文帝的結局到底怎樣，誰也沒有確鑿的證據來說明，成為曆史上一個難以解開的謎團。
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