明朝統治的後期，隨著張居正改革遭扼殺，政治陷入更加黑暗之中。此時，明帝朱翊鈞（明神宗）開始親政，然而他長期深居宮中，縱情聲色，揮霍浪費，甚至服食鴉片，不理朝政。朝中官員缺額不補，政事無人處理。就連奏疏也長期積壓，無人過問。各官署衙門，“職業盡弛，上下解體”①。
隨著政治腐敗，社會矛盾不斷加劇，而朝廷內外更是黨派林立，進而演變為統治集團內部激烈的黨爭。在諸多的黨派中，有以內閣輔臣沈一貫、萬從哲，以及給事中姚宗文為首的浙黨；有以給事中亓（qí其）詩教為首的齊黨；有以給事中官應震為首的楚黨；有以宣城湯賓尹為首的宣黨；有以昆山顧天峻為首的昆黨。黨派之間爾虞我詐，爭權奪利，不惜相互傾軋、攻擊。在諸多黨派中，以顧憲成、高攀龍等人為首的東林黨，以其改良社會的主張而於黨爭中占有重要的地位。
東林黨形成於統治集團內部的激烈鬥爭之中。由於神宗皇後無子，而王貴妃生子常洛，鄭貴妃生子常洵。神宗寵愛鄭貴妃，欲立常洵為太子。於是明廷出現了“國本”之爭，吏部郎中顧憲成力主“無嫡立長”，而得罪神宗。之後，被罷官回故鄉無錫。萬曆三十二年（1604），顧憲成與好友高攀龍等於無錫東林書院聚集友人講學，由於他們“裁量人物，訾議國政”②，深得在野文人的響應，就連一些在朝官員也“遙相應和”③。因此而被時人稱為“東林黨”。
東林黨人以三吳士紳居多，故與城鎮的工商業有較為密切的聯係，在一定程度上代表了工商及市民階層的利益和要求。東林黨人針對民不聊生和腐敗黑暗的統治，要求改革朝政，主張君主應“無所不統”，以加強集權統治。東林黨人更猛烈抨擊礦監稅使對商人和手工業者的盤剝與欺淩，認為礦稅監使四出聚斂，不使“小民享升鬥之需”，“一旦眾畔土崩，小民皆為敵國”④。他們還反對以皇帝為首的官僚集團胡作非為，尤其反對宦官的專權，反對貴族勳戚侵占和掠奪土地。東林黨人這些主張和要求，對挽救明朝統治的危機，緩和日趨緊張的社會矛盾，具有一定的積極意義，因而深得許多朝野人士的讚賞和支持。
萬曆二十九年（1601），雖在東林黨人等的支持和倡導下，常洛被立為太子，但朝廷內外的鬥爭更加激烈。萬曆四十三年（1615），宮中發生梃擊案，有人執木棒闖入慈寧宮，將常洛致傷。東林黨人王之案負責審理此案，審訊得知係受鄭貴妃手下太監指使。然而有神宗的庇護，盡管東林黨人指責是鄭貴妃的陰謀，卻終未有結果。
泰昌元年（1620），神宗死，常洛繼位，是為光宗。可幾天後，又發生“紅丸”、“移宮”兩案。先是光宗腹瀉，服用鴻臚寺丞李可灼所進“紅丸”，氣絕身亡，繼而鄭貴妃夥同李選侍挾太子朱由校起居於乾清官，意在擅權。為此，東林黨人楊漣、左光鬥等人上疏，請求李選侍移宮，離開太子。
盡管這三案都發生在宮廷內部，是皇權之爭，但卻由此導致了黨派之間激烈爭鬥的政治事件。東林黨人中一批有抱負的官僚和知識分子以此為契機，抨擊朝政，同時也猛烈攻擊非東林黨的大官僚招權納賄、漁肉百姓的罪惡行徑。而以浙黨為首的非東林黨黨徒則憑借鄭貴妃的權勢，詆毀東林黨人。於是東林黨與其他黨派之爭愈演愈烈。
萬曆四十八年（1620），光宗朱常洛病故，其長子朱由校繼立為帝，是為熹宗。東林黨人，大受重用，分居首輔以及吏部、兵部、禮部、都察院等官署長官要職，權極一時。“與東林忤者，眾目之為邪黨。天啟初，廢斥殆盡，識者已憂其過激變生”⑤。受到沉重打擊和排斥的非東林黨人不甘心自己的失利，不遺餘力地尋找反撲的時機。
朱由校即位後，雖重用了東林黨人，可他卻不理朝政，以做木活為樂事，朝政再度荒廢。非東林黨人與宦官魏忠賢相勾結，而結成“閹黨”，其勢力迅速擴大，明朝政局陷入更深重的危機之中。