以內閣方從哲為首的浙黨攻擊王之寀胡言。堅持張差為瘋癲，要求立即處決張差。雙方矛盾日益激化。後經刑部司官複審，張差進一步供認：“不知姓名老公乃龐保，不知街道宅子乃住朝外大宅之劉成。二人令我打上宮門，打得小爺，吃也有，住也有。小爺者，內監所指皇太子也……。成與保皆貴妃宮中內侍也。”⑦至此，真相大白，一時議論洶洶。中外皆疑鄭貴妃欲謀殺太子，以扶立福王。鄭貴妃大窘，向神宗哭訴，神宗亦難以解決。鄭貴妃向太子極力表白，太子命內侍王安起草，下令諸臣不必多加糾纏。諸臣堅持追查元凶。
其時，神宗早已倦於朝政，不見群臣達25年之久。為了結此事，破例親自出馬。神宗駕幸慈寧宮，召見首輔方從哲、閣臣吳道南以及文武諸臣人內相見。神宗先責諸臣離間其父子，又令隻把張差、龐保、劉成三人處死，餘皆不論。又執太子手示群臣曰：“此兒極孝，我極愛惜。”又曰：“彼從嬰兒至今已成人矣。朕如別有他意，何不早就更換，且三皇子福王已出居其封地（河南），離此千裏之遙，非朕宣召，彼能飛至乎？”皇太子曰：“似此瘋癲之人，決了也罷，不必株連。”又曰：“我父子何等親愛……”神宗連聲問群臣：“爾等聽（到）皇太子語否？”既然神宗、皇太子均不願追究此事，群臣唯有聽命照辦之一途。出慈寧宮後，立即傳諭法司，磔張差於市，龐保、劉成暗中處決於內庭。梃擊一案草草了結。三案之二——紅丸案
萬曆四十八年（1620）七月，神宗朱翊鈞病死。八月初一日光宗即位。即位時已有病。數日後內醫太監崔文異進瀉藥。光宗服後，病情加重，腹瀉不止，一日三四十次，不能臨朝。首輔方從哲等赴宮門問安。光宗竟“數夜不得睡，日食粥不滿盂，頭目眩暈，身體罷軟，不能動履”⑧。二十九日，光宗召閣臣方從哲、劉一燥、韓曠等至乾清宮，光宗複問：“有鴻臚寺丞進藥者安在？”方從哲奏：“鴻臚寺丞李可灼，自雲仙丹，臣等未敢輕信。”光宗命宣李可灼至，李可灼診病後進一丸，藥色紅，即所謂紅丸者。光宗用藥後稍有好轉，稱其為忠臣。諸臣出宮門外等候。下午，李可灼出，言複進一丸。方從哲等問病狀，李可灼以如前對。九月初一日，在位方一月的光宗即駕崩。光宗為明朝在位時間最短的皇帝。
光宗之死，內外臣僚皆歸咎於李可灼。惟首輔方從哲以光宗遺詔，擬賞李可灼銀50兩，群情大嘩。紛紛上言，彈劾李可灼及方從哲。方從哲始改賞銀50兩為罰俸一年。而事尤未息，群臣繼續彈劾崔文舁、李可灼及方從哲三人。崔文舁原為鄭貴妃親信，擅用瀉藥，使光宗元氣不能恢複，有弑君之罪；李可灼連進二丸，致光宗於死地，未能壽終，弑君之罪不容恕；方從哲“不伸討賊之義，反行賞奸之典”，其“十大罪、三可殺”，罪責難逃……先後上疏彈劾者主事王之案、劉宗周等四十餘人。紅丸一案最後以李可灼充軍、崔文舁貶放南京、方從哲仍無事而告終。
三案之三——移宮案
移宮案為三案最後一案。移宮所指宮殿為乾清官。乾清官地位之重要，左光鬥曾有評說：“內廷之有乾清官，猶外庭之有皇極殿。惟天子禦天居之，惟皇後配天得共居之。其他妃嬪雖以次進禦，不得恒居。非但避嫌，亦以別尊卑也。”⑨乾清官實乃帝權之象征，為妃嬪所向往者。
當光宗即位後，原一再阻撓的鄭貴妃懼帝忌恨，一改往日常態，極力討好光宗，以珠玉及美女四人進獻，選侍李氏最得帝寵。鄭貴妃又獻媚於李選侍，兩人互相勾連，鄭貴妃為其爭封皇後，請其隨光宗皇帝遷至乾清宮（按：當時新天子尚無皇後，即位前之太子妃郭氏已去世）；李選侍亦請晉封鄭貴妃為皇太後。於是光宗命首輔方從哲封貴妃為皇太後，方從哲命禮部照辦，經侍郎孫如遊力爭，事乃止。後又召方從哲、劉一燥、韓曠等至乾清官，光宗至東暖閣，仍諭冊封李選侍為皇貴妃⑩。此後不久，光宗病死。光宗死後，按例李選侍當遷出乾清官，由繼承帝位之新天子入內居住。然李選侍堅持不遷。為此李選侍及兵科給事中楊漣等爭鬥不邑，由此生發很多變故，史稱“移宮案。”
光宗皇帝死於即位第30天淩晨。由於死得突然，當時並無大臣守衛在側。李選侍與心腹太監李進忠（即魏忠賢）密謀，企圖挾持即將登位的皇長子、年方十六歲的朱由校據乾清官，以操縱朝政。移時，閣臣方從哲、劉一燥、韓火廣，尚書周嘉謨以及張向達、楊漣、左光鬥等前往哭臨（即向遺體告別）。至乾清官內，遭侍衛內監持梃攔阻。經楊漣怒喝，始入。哭臨畢，請見皇長子。皇長子被李選侍藏於暖閣不得出。廷臣問“皇儲安在？”眾內監不答。惟王安近前悄聲告以實情，並拉皇長子出。廷臣一見皇長子，立即高呼“萬歲”。左右挾住，出宮門登上禦輦。此時官內仍不斷傳出“哥兒回來”之聲。李進忠等內侍幾次追趕出來，企圖奪下皇長子。劉一爆靠緊禦輦疾行，護送皇儲到文華殿。在此等候的群臣拜呼“萬歲”，當即把皇儲先行立為東宮，暫住慈慶事內。至此群臣一方與李選侍一方的鬥爭已先勝一局。