群臣議定於初六日擁戴朱由校登極，登極則必先騰出乾清官，於是諸臣紛紛上疏要李選侍從速離宮。其中，禦史左光鬥之疏曰：“選侍既非嫡母，又非生母，儼然尊居正宮，而殿下乃退居慈慶，不得守幾筵，行大禮，名分謂何？選侍……其人，豈可以托聖躬者……”
李選侍其時正與李進忠謀劃對策。直拖至九月初五日即新天子登基前一天，群臣憤怒已極，紛紛至乾清官門外，高聲呼喊，要李選侍遷出，聲徹大內。李選侍懾於群情洶洶，不敢再拖，匆匆忙忙，於當日離開乾清官，遷往仁壽殿暫住。次日，皇長子朱由校得以如期即位，且住進乾清宮。移宮一事，奎此似可了結，然由於搬遷時間太緊，竟又生出種種枝節，遂使移宮一事終又成為移宮一案。
由於搬遷時間過於緊迫，遷出時甚為混亂。當李選侍移宮之際，太監王安等從中恐嚇。李選侍惶恐，未能等及侍從相助，手抱八公主，徒步以行。凡簪珥衾綢之物，俱為群閹掠奪。“內閹李進忠、劉朝、田詔等乘機竊盜內帑，據為已有。有人因懷藏金寶沉重，跌倒於乾清宮外，金寶撒滿地上，暴露出偷盜之行為。當時被捉獲者有內侍劉遜、劉朝、田詔等人，後陸續捉到者有王永福、姚進忠、薑升等多人，皆李選侍的近侍。
對乘亂盜取內府秘藏一事，新天子熹宗朱由校憤怒之極。傳諭交刑部嚴辦。被捕諸內侍到刑部，上下打點，非但無罪，而且散布流言，進行反擊，曰：新皇帝待先朝妃嬪太薄。李選侍的侍人、內監，一旦失勢，亦甚不滿，對此著意渲染，沸沸揚揚，甚而傳出李選侍投環自縊、皇八妹投井自殺的傳聞。於是禦史賈繼春上書內閣，責備閣臣於新帝即位伊始，即導之以違忤先皇，逼逐庶母，結尾又曰：“玉體未寒，愛妾奠保，忝為臣子，夫獨何心！”給事中周朝瑞等迎頭痛擊痛罵賈繼春為奸黨。賈繼春又上疏反擊，疏中有“伶仃之皇八妹，入井誰憐！孀寡之未亡人，雉經莫訴”等句，把外間傳聞以駢句加以宣揚，傳誦一時，成為各句。最後，才即位的熹宗不得已親自出麵，降敕諭說明移宮原委。楊漣亦有《敬述移宮始末疏》一文。事實真相方得以大白。楊漣暫且回籍以避風；賈繼春上疏認罪曰：“凡疏上所言皆道聽途說，實該萬死。”最後仍不能免，被“除名永錮”。
“三案”均屬宮廷案件。三案本末，已經有始有終，三案結局，元凶已獲，罪人伏法，原可算已經了結。然明代末期，門戶更多，黨爭更烈。及閹黨魏忠賢當道，修《三朝要典》，三案全部翻倒：梃擊案則禍首為王之窠，以“捏造案情，用以敲詐”之罪名受到圍攻，先給以“除名”處分，然後將其抓入獄中，令其退賠。“贓銀”八千兩。退賠不出便按期追比（按期用刑逼索），逼死獄中。紅丸案則禍首孫慎行，先是受“削奪”處分（即削去其官籍，奪去其所有官階、封號），繼又被遣戍寧夏（尚未成行，崇禎繼位，乃得赦免）。至於東林黨人如鄒元標、高攀龍、李三才等，均受追論。鄒與李已死，仍遭削奪，高攀龍曾要嚴治崔呈秀之貪汙罪，而今崔呈秀派出緹騎，將其抓進京去論罪。高攀龍於緹騎將到之時自沉於池而死。移宮案則罪魁並指為楊漣及左光鬥，均以“黨同伐異，招權納賄”被定罪追贓。追不出贓乃五日一追比，用刑拷打，至體無完膚，慘死獄中。及崇禎嗣位，三案又翻了回去。崇禎先懲辦罪大惡極的魏忠賢。魏忠賢得知要逮回京師自殺於行抵阜城途中。粉碎魏黨後，乃為三案被冤諸人進行平反，冤死諸人均一一給以贈官賜恤；被遣戍者，召回複官任用。崇禎帝迅速而有效地撲滅魏黨，消滅魏閹氣焰，平反“三案”。
注釋
①皇次子生一歲而夭亡。
②《明史紀事本末》卷六七《爭國本》。
③《明史》卷二一八《申時行傳》。
④明廷封常洵為福王，常浩為瑞王，常潤為惠王，常瀛為桂王。封王後，福王長期逗留京師，廷臣不斷請其就國，直至萬曆四十二年，福王就國後，群情始安。
⑤《明史》卷二四四《王之窠傳》。
⑥⑦溫功義《三案始末》。
⑧⑨《明史紀事本末》卷六八《三案》。
⑩光宗諭冊封李選侍為皇貴妃，而李選侍欲爭封皇後。當時光宗語未畢，李選侍披幃立，呼長子朱由校入，與之語，又複出，皇長子對皇帝曰：“要封皇後，不要封皇貴妃。”
文秉《先撥誌始》卷上。