除了對地形地貌的考察外，徐霞客的旅行還包括了對生物資源的考察。《徐霞客遊記》中記述的糧食、蔬菜以外的植物達150多種，尤以雲南省所見為多（計60餘種）。他觀察和描寫植物形態，采集各種植物標本，注意植被狀況。他還注重植物與地理環境關係的考察，研究海拔、緯度、溫度、風、地形諸因素對植物分布、植物生態的影響。
《徐霞客遊記》在注重對自然地理進行考察和記述外，也注意考察人文地理。作者注意到人和環境之間的關係，觀察人們進行改造、利用地理環境的各種活動，記錄了手工業、礦業開采、農業生產、交通運輸、商業貿易、城鎮村落的分布和興衰變化以及少數民族地區的政治、風俗等方麵的情況。他的這些記述，對於我們了解明代經濟、曆史地理的狀況，都有極大的幫助。
以日記體裁寫下的《徐霞客遊記》，不僅真實生動地記錄了各地的地理景觀，表現出作者所具有的先進的地理思想，也反映出作者掌握的先進的地理學方法。他博覽群書，遍及古代輿地山經誌，而又不滿足於書本所見，於是他通過實地的考察來印證書本知識，並糾正輿地史籍承襲附會的各種錯誤。通過實地的勘察，他忠實地描述記載某一地域的各種地理現象，並且既有文字優美的形象描繪，又有定量化的數字描述。他的考察研究活動還注重分析比較，通過比較，找出被考察研究對象間的異同點，加以歸納總結。另外，他以采集標本（包括岩石標本與植物標本）的做法補記敘之不足。《徐霞客遊記》是一部偉大的地理學著作，也可看作一部文學作品來讀。他對自然景觀的描寫讓人覺得美不勝收。他寫山地、流水、氣候、山林、植被、洞穴、陽光、月色，各種風景明豔如畫。他對社會生活、各地風俗的描寫也生動細致。明清之際的錢謙益曾說《徐霞客遊記》具有“真、大、奇”的特點⑤。所謂真，就是指真實，也就是“直敘情景，未嚐刻畫為文，而天趣旁流，自然奇警……然未嚐有怪迂侈大之語，欺人以所不知”⑥。所謂大，是指“遊記之夥”，篇幅上“遂莫過於斯篇”⑦。所謂奇，是說“其筆意似子厚，其敘事類龍門，故其狀山也，峰巒起伏，隱躍毫端；其狀水也，源流曲折，軒騰紙上；其記遐陬僻壤，則計裏分疆，了如指掌；其記空穀窮岩，則奇蹤勝跡，燦若列星。凡在編者，無不搜奇抉怪，吐韻標新，自成一家言”⑧。
崇禎十三年（1640）初，徐霞客腳病嚴重，已無法繼續旅行。他曾想由雲南繼續去緬甸，這時則不得不放棄原計劃，中斷旅行，在麗江納西族土司木生白的資助下輾轉還鄉。雖是萬裏長行，他也沒舍得丟下采集來的那些標本。友人陳函輝說他“既歸，不能肅客，惟置怪石於榻前，摩娑相對，不問家事”。《梧騰徐氏宗譜》中也說：晚年“先生病足息遊，憩榻上，日陳滇中所攜大理石、奇樹虯根等於前”。次年，徐霞客去世。
在我國曆史上，在沒有政府資助的條件下，沒有任何政治、宗教的企圖，而純粹以地理考察為目的，不追求名利，畢生從事旅遊，徐霞客亙古第一人。他足跡遍於今江蘇、浙江、上海、安徽、江西、河北、河南、北京、天津、山東、山西、陝西、湖北、湖南、福建、廣東、廣西、雲南、貴州等十九個省區，在交通不甚便利的當時，實屬難能可貴。他考察範圍如此之大，古今少有。他開創了實地考察自然、係統地描述自然的新方向。他的《徐霞客遊記》不愧是我國科學文化寶庫中的瑰寶。
注釋
①②③④《梧塍徐氏宗譜》，第1184頁。
⑤錢謙益《囑徐仲昭刻遊記書》。
⑥潘耒《徐霞客遊記序文》。
⑦《四庫全書總目提要》。
⑧奚又博《徐霞客遊記序》。