明末政治腐敗，積弊難匡，權閹魏忠賢與客氏狼狽為奸，殘害臣民，荼毒天下。熹宗至死不能察其奸情，終生為之蒙蔽。天啟七年（1627）八月，熹宗病篤，召見閣、部、科、道官員於乾清官，宣諭魏忠賢、王體乾都是老實聽命、對皇室忠貞不渝之人，可以與之共商大事。“內閣黃立極等對曰：‘皇帝任賢勿貳，諸臣不敢仰體！’上悅”①。熹宗又下一道遺詔說：“以皇五弟信王由檢嗣皇帝位。”②時魏忠賢勢力猖熾，中外危傈。熹宗召信王入宮，對群臣說：“吾弟當為堯舜之君。”③信王惶恐不敢當，隻說：“陛下為此言，臣應萬死。”④信王出，熹宗死於乾清宮，年23歲。魏忠賢親迎信王入大內，朱由檢萬分惶恐，在袖中自帶食物入宮，不敢用禦膳，深懼食中投毒。時大臣亦不得見信王。朱由檢是夜燃燭獨坐。久之，見一太監持劍過門，信王取劍觀賞，留於幾上，允以有賞。旋又有值更者擊梆而過，信王出門慰勞，問左右欲給酒食，何出？侍者以宜問光祿寺。傳旨取給之，歡聲如雷。次日，即皇帝位於中極殿，受百官朝拜，不準慶賀，是為莊烈帝。
朱由檢即位之初，頗思有所振作，素知魏忠賢專權誤國，蓄意除之。先是，楊所修、楊雛垣彈劾崔呈秀，誠探朱由檢是否能辨奸邪。崇禎帝覽奏，令崔呈秀歸裏守製。接著，賈繼春上疏彈劾崔呈秀，給事中許可征揭露崔呈秀子崔鐸考試作弊，非法中舉做官。經吏部核實後，罷崔呈秀官。又浙江巡撫潘汝禎為魏忠賢建祠作俑，被削籍。因崔呈秀案件事多涉魏忠賢，所以崇禎帝將魏忠賢調離大內，安置於鳳陽。
先是，魏忠賢奸黨頌其功德，請建生祠者絡繹於道。此時楊邦憲上疏披露此事，朱由檢剛剛繼位，讀此疏時，邊讀邊笑。魏忠賢預感崇禎帝深惡此事，急忙辯解，硬說疏中頗有誇張不實之辭，朱由檢權且作罷。後主事錢元憋又上疏揭露說：魏忠賢構黨株連，陰養死士，陳兵自衛。員外史躬盛、主事陸澄源也都交章論其罪惡。嘉興貢生錢嘉征，列魏忠賢十大罪狀。其中，“掩邊功：遼左用兵以來，墮名城、殺大將，而冒侯封伯。傷民財：郡縣請祠遍天下，一祠所費不下五萬金。敲骨剝髓，孰非國家之脂膏！褻名器：崔呈秀之子鐸，目不識丁，賢書（因魏忠賢致書考官示意）遂登前列”⑤。讀後令人發指。於是朱由檢召見魏忠賢，使內侍宣讀十大罪狀疏，忠賢震恐喪魄，以重寶賂信王府太監徐應元求解難。徐應元曾是魏忠賢的賭友，朱由檢得知此事，痛斥徐應元，立即下令收捕魏忠賢。詔諭說：“逆惡魏忠賢，擅竊國柄，誣陷忠良，罪當死，姑從輕發鳳陽。乃不思自懲，素蓄亡命之徒，環擁隨護，勢若叛然，令錦衣衛逮治。”⑥魏忠賢接旨從鳳陽上路後，走到阜城，忽聞皇帝下諭逮治，知無生路，即與死黨李朝欽一起自縊身亡。崔呈秀在家，聽說魏忠賢已死，於是排列姬妾，羅列珍寶，呼酒痛飲，一杯畢則碎一杯，飲後自縊而亡。熹宗乳母客氏亦被處死，其家屬無少長皆被誅。人皆以為這是客氏一家過去荼毒天下臣民的報應。
初，魏忠賢用事，外廷文武大臣阿附魏忠賢者，有“五虎”、“五彪”之目。“五虎”是文臣崔呈秀、田吉、吳淳夫、李夔龍、仇文煥五人，他們主要是給魏忠賢出謀劃策的。“五彪”是武官許顯純、田爾耕、孫雲鶴、楊寰、崔應元五人，他們主要是主管殺戮的。所以在詔書中特別標明這文武十人名姓。此外還有周應秋、曹欽程等號為“十狗”，又有“十孩兒”、“四十孫”之號，不可勝數。總之，朱由檢即位之日，也正是魏忠賢勢力極為囂張之時，然而崇禎帝能不動聲色，懲辦元凶，盡誅黨羽，旁無一人相助，能做到“神明自運，宗社再安”⑦。史書謂“崇禎始政，天下翕然稱之”⑧。在誅殺魏忠賢翦除閹黨的同時，還罷蘇、杭織造。並詔諭天下說；“封疆多事，征輸重繁，朕甚憫焉。不忍以衣服組繡之工，重困一方民。其俟東西底定之日，方行開造，以稱朕敬天恤民至意。”⑨
南京禦史劉漢建議尊崇儒學，整頓吏治，慎加名號，重農節用。朱由檢同意此議。下旨：吏部對現任官員嚴加清汰，正式編製之外的官員，要嚴加薦選，寧缺勿濫。文臣不是正卿，武臣不是勳爵，總兵不是實有戰功之人，不得妄加保、傅之銜。朱由檢在便殿批閱奏章，聞到一股香氣，心意擾亂，他很懷疑，出外散步片刻才安定下來。他詢問內官此為何香？內官回答說：這是內宮發春之香，兩朝都照此點燃。崇禎帝怒斥內官，讓他們立即毀掉，不準再燃。同時還長歎說：“皇考、皇兄皆為此誤也。”⑩