自萬曆末年起，明廷歲收1461萬兩，其中入內府供皇帝及宮廷開支的約600萬兩，餘下的才歸戶部作為朝廷的開支。其時官僚機構龐大，官吏劇增。而東北地區女真族再度興起。於遼東建立後金政權，舉兵反明，造成明朝嚴重的邊患。戰爭頻繁，軍費開支迅速增加。為此明朝政權不斷增加賦稅，於正稅之外，又有各種名目的“加派”，其中尤以遼餉、剿餉、練餉這3項加派最為擾民。
自神宗萬曆四十六年（1618）起，明廷借對後金作戰之名，始征“遼餉”，每畝征銀3厘5毫，兩年後增至9厘。崇禎三年（1630），又於9厘之外再增收3厘。“剿餉”則是專為鎮壓農民起義而設，“練餉”則是專為訓練軍隊而置。一年遼餉可達900萬兩，剿餉330萬兩，練餉730萬兩，“三餉”之合。每年多達2000萬兩，超過正稅一倍以上。
“三餉”之外，又巧立名目，加征商稅、關稅、鹽稅、礦稅等，以至於“舊征未完，新餉已催；額內難緩，額外複急”⑦，“窮鄉僻塢，米鹽雞豕，皆令輸稅”⑧，一時間，“三家之村，雞犬悉盡；五都之市，絲粟皆空”⑨。在土地兼並和沉重的賦稅壓榨下，廣大農民處境更加危難，隻得鋌而走險，奮起反抗，以求得一條生路。自萬曆初年起，各地相繼爆發規模不等的反抗鬥爭。盡管這些反抗鬥爭先後遭受鎮壓，但鬥爭此起彼伏，持續不斷。
天啟七年（1627）三月，陝西澄城縣知縣張鬥耀於青黃不接之際向百姓催逼租稅。以白水農民王二為首的數百農民衝人縣城，處死張鬥耀，開倉濟饑，由此揭開了明末農民戰爭的序幕。此舉立即得到廣大的饑民、逃兵及驛卒的響應。崇禎元年（1628），陝西府穀縣民王嘉胤率眾起兵，與王二會合，眾達五六千人。隨後又有安塞高迎祥、宜川王左掛、延川王自用等人聞風而起。崇禎三年（1630），陝西米脂人張獻忠亦於十八寨率眾起義。米脂人、曾為驛卒的李自成也因裁減驛卒俸祿，而率驛卒起義，投靠王左掛所部。王左掛兵敗投敵後，李自成率眾轉投張孟存的義軍，張孟存犧牲後，他領部眾衝出明軍包圍，繼續與官軍作戰。
麵對義軍聲勢日益壯大的局麵，明廷采取“恩威並濟”、“招撫”為主策策略，企圖分化瓦解義軍。此時各路義軍各自為戰，也曾一度推舉當時聲勢最強的王嘉胤為首領。王嘉胤遇害後，又推舉王自用為首領。但實際上，各路義軍仍不相統攝，力量分散。崇禎四年（1631），各路義軍因陝西地區連年饑荒，而轉移山西，王自用聯合老回回馬守應、曹操羅汝才、闖王高迎祥、八大王張獻忠、闖將李自成等路義軍，組成32營，共有20餘萬眾，分3路活動在山西平陽、澤、潞、太原等地。
義軍自陝西轉戰山西，明廷大為震驚。明帝朱由檢一改“招撫”為主的策略，轉為以“剿滅”為主，以洪承疇為陝西巡撫，總督三邊（延綏、甘肅、寧夏）軍務，令其組織數十萬官軍圍剿義軍。分散作戰的義軍經過激烈戰爭，又轉戰河北。不久王自用陣亡，餘部投奔李自成。此時，實力較強的高迎祥再與張獻忠、李自成、馬守應、羅汝才等首領聯合，突破明軍包圍，南渡黃河。崇禎八年（1635），明廷令洪承疇領兵出陝西，另一位明將朱大典統軍出山東，采取兩麵夾擊的策略，妄圖一舉翦除農民義軍。在十分危急的形勢下，起義軍13家72營會於河南滎陽，商討作戰方案。滎陽大會上，作為闖王高迎祥部將的李自成提出聯合作戰、分兵迎擊的策略，為眾將領所采納，遂分13家72營兵力為東、南、西、北四路，另有一路作為策應，主力突擊明軍兵力最為薄弱的東路。會後，高迎祥、李自成、張獻忠等領東路軍突破官軍的包圍，由河南轉入安徽。僅10餘天，即兵至鳳陽城下，一舉全殲鳳陽守軍6000餘人，留守朱國相兵敗自殺。義軍在此焚毀朱元璋的祖墳——皇陵，又鎮壓了百餘名抗拒的官吏、諸生及太監。張獻忠於城上豎起“古元真龍皇帝”的大旗。義軍於鳳陽的舉動令崇禎皇帝如喪考妣，痛哭流涕。他一麵下詔“罪己”，一麵又慌忙調遣兵力，任命湖廣巡撫盧象升為總理河北、河南、山東、四川、湖廣等五省軍務，與洪承疇分兵鎮壓義軍，“承疇剿西北，象升剿東南”⑩，對義軍展開一係列的攻勢。
高迎祥於鳳陽大捷後，又率兵入河南，繼而轉入陝西。盧象升緊追不舍，雙方大戰於朱龍橋，高迎祥部失利，隨後又一再受挫，被迫率部向漢中地區突圍，高迎祥不幸被俘遇害。其餘部在繼為闖王的李自成率領下，繼續與官軍抗爭。張獻忠則率部南進，攻陷廬州、麻城，使明廷的鎮壓遭受挫敗。
崇禎見此情景，顧不得對付東北地區的滿洲反明鬥爭，將主力從遼東調往義軍活動地區。崇楨十年（1637）三月，兵部尚書楊嗣昌上翦滅義軍的四正、六隅、十麵網之策，明廷隨即增兵12萬，增餉28萬兩，出動十省官軍，揚言於3個月內徹底消滅義軍，致使義軍再度處於危急的形勢之中。而此時的各路義軍仍分散流動作戰，既無根據地又無明確的綱領口號，因而相繼失利。十一年十月，李自成於潼關戰敗，與劉宗敏等18人殺出重圍，進入商雒山。張獻忠亦於湖北受挫後偽降。其他義軍或敗或降，起義鬥爭陷入困境。