成祖朱棣在即位後，曾經派遣使者告諭瓦剌部。永樂六年，瓦剌部的馬哈木向明朝廷貢馬請封。永樂七年，成祖封瓦剌部的三個首領馬哈木、太平、把禿孛羅分別為順寧王、賢義王、安樂王。永樂十年，馬哈木攻殺韃靼部的本雅失裏，要挾並扣押明朝使臣，南下騷擾。十二年（1414），成祖率軍親征，重創瓦剌部。此後，瓦剌就一直受明朝管轄。
兀良哈部原是元朝大寧路（今遼寧沈陽以西）的北境，明朝建立後，把錦州（今遼寧錦州）、義州（今遼寧義縣）、劍州（今遼寧朝陽西）、利州（今遼寧喀喇沁左翼）等各州劃歸遼東都司管轄，並在大寧地區設北平行都司及二十多個衛、所。太祖洪武十四年（1381），朱元璋把第十七個兒子朱權封在大寧為寧王。洪武二十年，太祖派馮勝、藍玉等率兵平定金山（今內蒙古通遼東境）的納哈出，就在兀良哈地方安置納哈出的部眾。洪武二十二年，又設置朵顏（今內蒙古綽爾河流域）、泰寧（今吉林洮兒河流域）、福餘（今黑龍江嫩江下遊一帶）三衛。
“靖難之役”時，三衛兀良哈騎兵隨從成祖作戰有功，成祖就把大寧地區封賞給他們，仍為三衛，並授予兀良哈部的各個首領為官而分別掌管。
自永樂八年（1410）至二十二年（1424），成祖五次親征，沉重打擊了蒙古貴族的割據勢力，進一步加強了對這一地區的管理，使蒙古三大部最終都臣服於明朝。
宗喀巴與黃教的創立有什麼關係
宗喀巴，本名羅桑紮巴，出生於青海西寧地區（今青海湟中魯沙爾）。幼時出家從噶當派名僧達瑪仁欽，學習顯、密教法。太祖洪武五年（1372）到西藏深造，鑽研各種佛教經典，並開展獨立的宗教活動。通過學習佛教經典及親自注解，形成自己的宗教思想，成為很有聲望的高僧。
當時一些西藏喇嘛教僧侶公開娶妻生子，酗酒耽食，貪婪成性，淫蕩自恣，有的甚至借口修密需要女人，強娶民間處女，借口法事需要，挖取活人心肝作供品。宗喀巴針對佛教戒行廢弛、僧侶生活放蕩的情況，從倡導戒律人手，決心進行宗教改革，得到統治西藏地區的闡化王紮巴堅參的大力支持。
洪武二十一年，為了表明自己嚴守戒律，宗喀巴改戴黃色僧帽並提倡不論顯、密僧人都應遵守戒律。宗喀巴通過修複頹廢的舊寺，來提高自己的宗教地位，舉辦法會，在社會各界擴大自己的影響，以贏得各方政治勢力的支持。
成祖永樂七年（1409）藏曆正月初一至十五日，宗喀巴在拉薩大昭寺主持了曆史上罕見的大祈願會，從四方前來參加的僧人有一萬多，觀光的俗人多達數萬。大會的成功召開使宗喀巴成為西藏喇嘛教界最有地位的人。會後，他在拉薩東麵五十裏的旺古兒山旁創建甘丹寺，逐漸形成一個以他為中心的新迦當教派。這一教派禁止僧侶娶妻生子，崇尚苦行，重視佛經研究，建立有係統的、規模很大的教學組織，要求僧侶穿黃衣戴黃帽，因此又稱為黃教。
黃教初期的影響並不大，為了擴大勢力和影響，宗喀巴和明朝廷建立起密切的聯係，從而得到大力支持。永樂五年，明朝廷派使者到西藏賜予金冊。永樂十二年，宗喀巴派弟子釋迦也失入京朝貢，明朝廷封他為“大慈法王”，賜給印誥，倍加優寵。宗喀巴死後，按宗教的說法，由他的兩個大弟子世世轉生，傳其衣缽，就是後來的達賴喇嘛和班禪額爾德尼。神宗萬曆時，傳到達賴三世鎖南堅錯，黃教勢力日益壯大。鎖南堅錯被當地人稱為“活佛”，連大寶法王及闡化諸王都俯首稱弟子。
宗喀巴通過不斷努力，為黃教的興起和發揚光大奠定了雄厚的基礎，不愧是黃教的開宗祖師。