這個案子的發端究竟在何處？沒有人能夠說得清楚。也許從銀庫誕生的那一天起，這個巨大的權力黑洞就開始進入它的運轉之旅。所以經過官員的勸解與開導，道光皇帝很快就從最初的憤怒中平靜了下來。他知道，自己在這件事上較真到底並沒有多少實際意義。
從這個案子的最後處理結果來看，除了個別證據確鑿、情節惡劣的庫丁被處以死刑、流刑、徒刑外，朝廷官員中並沒有人為這個案子付出血的代價。道光皇帝這麼做有他自己的想法，國家正是多事之秋，急需用錢。與其讓那些涉案官員背負刑事責任，不如讓他們分賠國庫損失，盡可能地挽回國家損失。
這個案子拖得太久，很多涉案官吏已經不在任上，甚至有的人已經離開了人世。
道光皇帝追究的是嘉慶五年（1800年）以來曆任銀庫官員的經濟責任，按照他們的任期長短，將銀庫的損失分攤到每個人的頭上。其中庫官、查庫禦史任期中每月賠1200兩；管庫大臣每月賠500兩；查庫大臣每查庫一次賠6000兩。那些已故官員的賠償標準減半，由其子孫代賠。
道光皇帝還特地製定了繳納賠款的詳細時間表。這一期間有些官員拒絕賠償，按道光皇帝的意思，拒絕繳納賠款者就要被投入監獄，不賠錢就不放人；如果超過規定時間還賠不上錢，就要追究刑事責任。
在如此嚴刑峻法之下，道光皇帝追繳的結果如何呢？答案是很不理想。
如此巨額款項，又加上當時國家機器運轉效能極其地下，沒有如期完成追繳目標也是可以想象的。在這一點上，估計身居皇宮的道光皇帝也早已有所考慮。不然的話，他不會在時間上，在任務上，做出雙重量化的規定。在庫銀追繳過程中，有些官員或者子孫根本無力賠償，即使把他們投入監獄也賠不出。在這種情況下，道光皇帝不得不調整賠償標準，譬如延長賠款期限或者適當降低賠償標準等。同時，道光皇帝也同意一些特殊官員免於賠償，比如說官員本人已經去世而他的子孫尚未成年，可以免於賠償。
銀庫大案讓道光皇帝心疼不已，這種心疼不僅是因為九百多萬兩的國庫白銀，讓他感到憋屈的是，自己堂堂大清帝國的皇帝竟然對這個案子無從下手，其中幾個長年作案的庫兵依然逍遙法外。麵對上報調查結果的奏折，道光皇帝朱批道：“朕除愧恨忿急之外，又有何諭?”
事情前因後果查清楚了，但是怎麼善後卻成了道光皇帝的心頭病。整個案件的時間跨度為四十多年，皇帝都換了一茬了，別說更換的官員了，書吏丁役那更是說不勝數。當然這個時間跨度隻是調查結果上的顯示，並非案件本身的時間跨度。時間之長，涉案人員之多，案情之複雜都是前所未有。
經過一番梳理，道光皇帝還是想出了一個處理辦法：誰弄丟的誰賠償，崗位責任製。具體的說就是那些證據確鑿的庫丁砍頭的砍頭，流放的流放；官員們網開一麵不追究刑事責任，隻是給了行政處分。從嘉慶五年一來曆任銀庫管理的官員責令按照任期長短分期付款賠償損失，庫官、查庫禦史任期中每月陪1200兩，管庫大臣每月500兩；查庫大臣每查一次賠6000兩，已故官員可以減半。這個解決方案在表麵上看來還是比較合理的，起碼體現了權責對等的原則。最後連死了的曹振鏞也沒有逃過去，要求他的子孫減半賠補兩萬多兩。
這件事對於道光皇帝的打擊比較大，一方麵貪心如虎的官吏居然連監控最為嚴密的地帶——銀庫都不放過，這讓他感到震驚；另外一方麵，這個案子的處理結果讓他大失所望，太歲頭上動土，本應是極刑，可是這個案子卻辦得拖泥帶水。盡管大部分庫丁都已經歸案，但是幾個常年作案的庫丁依然不見蹤影，道光皇帝嚴令步軍統領衙門和順天府務必拿獲歸案，最後還是讓這幾個庫丁逍遙法外。為了填補這一巨額虧空，嘉慶五年(1800)至道光二十三年(1843)期間管理銀庫或監督檢查銀庫的官僚，包括已經辭世者在內，皆被課以罰賠銀兩。
人人都成了欲望世界裏的碩鼠，人人都背負著世紀末的瘋狂與貪婪。在鴉片戰爭這場前所未有的外患之後，道光皇帝絕望地發現等待著他的竟是前所未有的內憂。在接下來的時間裏，財政困難就成了掛在帝國上空的一道陰霾，揮之不去。道光二十八年（1848年），戶部僅存庫銀12.39萬餘兩；道光二十九年，戶部存庫銀55萬兩；道光三十年，就在太平天國運動爆發的前夕，大清戶部庫銀“入款有減無增，出款有增無減”。一個龐大的帝國在經濟上左支右絀，一籌莫展，已然走向大崩潰的邊緣。