石德說：“前丞相父子、兩位公主都因此致禍。現在巫與使者掘地得到罪證，不知是他們預先放置的，還是真的就有。現在無以自明，隻有假冒皇帝的詔令，收捕江充等入獄，嚴加審問，追查其奸詐。而且陛下現在甘泉宮養病，皇後及家吏請問都沒有得到回音。陛下生死存亡未可知，而奸臣如此跋扈，太子難道忘記了扶蘇的教訓了嗎？”
石德用秦太子扶蘇的悲劇警告劉據，劉據於是下決心起兵自衛。征和二年七月壬午日，武帝患病，在甘泉宮避暑，劉據派賓客以漢武帝使者名義逮捕江充等人，又調用宮中衛士，取武庫兵器，向百官宣布江充謀反。於是斬江充示眾，又用烈火燒烤的方式處死與江充聯手的胡巫。同時動員數萬市人與政府軍戰於長安城中，漢代最嚴重的政治動亂於是爆發，一起並不太大的事情終於釀成太子造反的後果。
當時在甘泉宮休養的漢武帝命令嚴厲鎮壓太子軍，宣布抓獲和殺死反叛者，自有賞賜。又具體指示：以牛車作為防衛工事，避免短兵相接，用弓箭盡可能多地殺傷士眾。並且堅閉城門，不要讓反叛者逃離長安。漢武帝迅速回到長安，居住在城西建章宮，下令長安附近郡縣的正規軍進發長安，並且親自進行現場指揮。太子軍與政府軍在長安城中大戰五天，死者多達數萬人。5日後，太子兵敗逃走。是年八月，太子在長安城郊自殺，同時遇難的還有太子的兩個兒子，即武帝兩個未成年的親孫子。
事變之後，“巫蠱”冤案的內情逐漸顯現於世。漢武帝知道太子發兵隻是由於惶恐，並沒有其他意圖，又接受了一些臣下的勸諫，內心有所悔悟。他下令族滅江充全家，又將江充的同黨蘇文焚死在橫橋上。他哀憐太子無辜，在劉據去世的地方築作思子宮與歸來望思之台，以示懷念之意。天下百姓聽說後，都為太子劉據哀傷。思子宮和歸來望思之台，後來也成為詩人吟詠的對象。
事情弄到這種地步，武帝也覺得淒涼，想起太子和兩個皇孫竟然活生生地尋了死路，心中越發傷感，脾氣也變得更加暴躁。到了晚年，行事十分糊塗，不近情理。有人認為武帝的舉動不可思議的症結在於他寵信方士，信奉巫術，又兼剛愎自用，暴戾恣睢。如果究其根本原因，漢武帝晚年的糊塗暴戾的性格，主要是因長生無術引起的心煩意亂所致。
另外一種意見認為，漢武帝晚年，臨近政權交替，國家政治進入了微妙時期。政治權力的轉移，對於最高執政者本人來說顯得非常重大。即使是對他自己選定的繼承人，也是帶有極為苛刻挑剔的目光。在父子對政事看法有所不同的情況下，心理裂痕會越來越明顯。在這種極特殊的政治背景下，具有極敏感的政治嗅覺，又有投機之心，受到漢武帝特殊信任並被賦予重要權力的江充，利用漢武帝父子政治傾向不同的矛盾，製造了太子宮中的“巫蠱”冤案。