同治帝6歲登基，18歲才親政，然而，僅僅“親政”兩年，就患病而死，終年19歲，成為清朝皇帝中壽命最短的一個。因此，他的死因也就成為了晚清宮廷中的又一懸案。
同治帝載淳，鹹豐六年（1856）生於紫禁城的儲秀宮，生母為懿嬪葉赫那拉氏，即後來的慈禧太後。鹹豐十年（1860），英法聯軍攻陷天津，直逼京師。5歲的載淳隨父皇鹹豐、皇母懿貴妃逃難到承德避暑山莊。
鹹豐十一年（1861）七月，內外交困的鹹豐帝，懷著無限遺恨溘然早逝。鹹豐帝臨終前，作出一個皇權與臣權互相製衡的精心安排，立皇子載淳為皇太子，命肅順等八大臣輔佐太子執政，定年號“祺祥”。鹹豐帝死後，兩宮太後和恭親王奕訢發動了“辛酉政變”，廢除了“祺祥”年號，6歲的載淳即位，改元“同治”，意寓兩宮太後同時治理天下之意，慈禧與慈安兩太後實行垂簾聽政，其實真正執掌國政的是慈禧太後。同治帝6歲登基，18歲才親政，隻“親政”兩年，就患病死去，終年隻有19歲，成為清朝皇帝中壽命最短的一個。
在晚清的皇帝中，同治皇帝的死因一直是史界和一般老百姓津津樂道的話題。對此，目前學術界主要有兩種觀點：
第一種觀點，同治帝是因微服逛妓院，染上梅毒而死。因為，從常識上說，在當時的情況下，雖然尚未找到醫治天花的有效良藥，但即使是一般的百姓，患天花還不至於死亡，所以民間把天花稱作“天花之喜”，何況是堂堂天朝皇帝，身邊有的是高明的禦醫，怎麼就那麼容易死的呢？另外，在沒有醫學專業知識的老百姓眼裏，天花和梅毒的病症有點類似，因此懷疑同治帝得的是梅毒而不是天花也就是很自然的事了。同時，從同治帝平常的行為習慣上懷疑他有可能染上梅毒。據《清代外史》記載，同治帝選皇後的時候，同生母西太後發生了意見分歧。西太後喜歡美貌豔麗但舉止輕佻的侍郎鳳秀的女兒，但同治帝和東太後慈安卻都看中了清朝唯一的“蒙古狀元”崇綺之女阿魯特氏，該女雖然相貌平常，但舉止端莊，一見就知道是有德量者。同治帝不顧母後的反對選擇了阿魯特氏為皇後，鳳秀女隻被封了個慧妃。對此慈禧太後一直耿耿於懷，甚至沒有給予崇綺家“皇親國戚”的特殊待遇。婚後，同治帝與皇後“伉儷綦篤”，這就更加激起了慈禧太後的不快。慈禧千方百計地離間帝後二人的關係，派太監阻止皇帝和皇後相見，又強迫同治親帝近慧妃。同治帝當時雖有一妻四妾（慧妃之外還有瑜妃、瑨妃和珣妃），卻左右不是，不能自主，因此索性誰也不親近，終年獨宿乾清宮。在乾清宮的同治帝獨眠難熬，就經常化裝成老百姓微行出宮。據傳，有好幾個人在肆井中親眼看見過同治帝的行蹤。後來，就從宮中傳出同治帝出痘病重之事。這樣，人們有理由懷疑，皇帝微行時也許到過前門外的八大胡同逛妓院，因而染上了梅毒。現在涉及這段曆史的許多文學作品，都采用了類似的說法。
第二種觀點則認為，同治帝是死於天花而非梅毒。設在故宮內的中國第一曆史檔案館的研究人員曾經根據從堆積如山的清宮檔案中找出的《萬歲爺天花喜進藥用藥底簿》（以下簡稱藥底簿）進行分析，認為同治帝所患之病是天花而絕非梅毒。其理由有以下幾點：（一）在患病之初，患天花者發病很急，一般都要伴隨著發燒、脈搏跳動加快的反映，而患梅毒者則起病不急，無發燒症狀。而藥底簿則記載同治帝發病之初連續發了七天的高燒，“脈息浮數而細，係風瘟閉束，陰氣不足，不能外透之症，以致發熱頭眩，胸滿煩悶，身酸腿軟，皮膚發出疹形未透，有時氣堵作厥”以及“咽喉幹痛，胸滿作嘔，頭眩身熱”等，這些都是出天花的症狀。（二）從藥底簿的記載裏可以看出，同治帝患病時出現頭痛、背痛、發冷、寒戰等全身性的天花症狀，而梅毒患者是不會有這些全身性的明顯症狀的，表麵上看也許像個健康人。（三）從天花皮疹的分布部位和轉化規律上可以看出同治帝患的是天花之症。從分布部位上看，天花皮疹一般發於額部、發際、麵頰、腕，逐漸延及臂、軀幹、而至下肢，多見於身體暴露部位，呈離心狀分布，這與藥底簿所記的症狀是相吻合的；從皮疹形態的轉化規律上看，一般天花患者在患病的頭兩天就會出現斑疹，數小時後斑疹迅速變為圓形的丘疹。病人出疹後，全身中毒症狀反而明顯減輕，胸堵煩嘔現象減退，大便通暢，胃口漸開。又過了二三日，丘疹開始灌漿，成為疤疹，這種疹的中間凹陷成臍形，周圍有紅暈。到了天花起病的第八九日，皰疹轉為膿疽。又過兩三天，膿皰逐漸幹縮成痂。大約在發病後的二至四周，痂開始脫落，天花發病的過程基本結束。藥底簿的記載正好與上述的症狀以及皮疹的轉化過程相一致。而梅毒則不同，發病的周期要比天花長，而且梅毒的斑疹大小如蠶豆，形狀為圓形或略帶不規則形，不是天花皰疹的那種臍形。