那麼，為什麼患天花會導致同治帝的死亡呢？研究者認為，因為同治帝在天花的後期不幸皮膚感染，“發熱頭眩俱退，惟濕毒乘虛流聚，腰間紅腫潰破，浸流膿水，腿痛筋攣，頭項胳膊膝上發出痘癰腫痛。”這種並發性的皮膚感染愈來愈重，使病人逐漸喪失了抵抗力。最後，皮膚感染發展到發生“壞疽性口炎”（俗稱“走馬牙疳”）的地步，此病一般發生在全身性疾病的末期，很可能導致全身衰竭而突然死亡。
另外，有學者根據父輩傳下來的口碑等材料認定同治帝確係死於梅毒，同時強調，後來發生了一個變故，直接造成了同治帝的猝死：“十二月初四日午後，阿魯特氏來東暖閣視疾，當時載淳神誌清醒，看見皇後愁眉鎖目，淚痕滿麵，乃細問緣由。這時早有監視太監走報西太後，說皇帝和皇後閣內私語。慈禧急來東暖閣，脫去花盆底高跟鞋，悄悄立在帷幔之後竊聽，並示意左右禁聲，切勿聲張。此時皇後毫無察覺，哭訴備受母後刁難之苦。皇帝亦親有感受，勸她暫且忍耐，待病好之後，總會有出頭的日子……不料慈禧聽到此處正刺所忌，竟勃然大怒，立刻推幔闖入帷內，一把揪住皇後的頭發用力猛拖，一大撮頭發連同頭皮都被拉了下來，又劈麵猛擊一掌，頓時皇後血流滿麵，慘不忍睹。慈禧又叫太監傳杖，棒打皇後。同治大驚，頓時昏厥，從床上跌落在地，病勢加劇，從此昏迷不醒。急傳先曾祖入閣請脈，但已牙關緊閉，滴藥不進，於次日夜晚死去。”
研究者對同治帝的死因各執一詞，同治的死因也就成為中國近代史上又一個解不開的謎。