為什麼年僅38歲的光緒皇帝，反而要比74歲高齡的慈禧太後早死了近一天？對此，眾說紛紜，莫衷一是，光緒皇帝之死因由此成了晚清曆史上一大疑案。
曆史車輪不斷滾滾向前，總是留下清晰可鑒而又曲折的軌跡，然而曆史人物的言行及其歸宿卻常常撲朔迷離，令人捉摸不定，甚至引起人們的種種揣測，形成長期不解的曆史之謎。光緒三十四年（1908）十月二十一日傍晚，38歲的光緒皇帝在中南海瀛台涵元殿，滿含悲憤地離開了人間。臨終無一名親屬及大臣在身旁，及至被人發現，早已死去多時，可以說，生前死後，備受冷落，孤苦淒涼至極。而恰恰又在十五日未刻，時隔不到二十四小時後，他的母後及政敵，操縱晚清政權達半個世紀之久的慈禧太後也死在中南海儀鸞殿內，終年74歲。
為什麼年僅38歲的光緒皇帝，反而要比74歲高齡的慈禧太後早死了一天？於是光緒帝的死因引起了多種猜測，疑團橫生，由此便成了晚清曆史上又一大疑案。有關光緒帝的死因，歸納起來，大致有以下幾種說法：
第一種說法認為，慈禧太後病危時，深怕自己死後，被她廢黜的光緒帝重新主政，繼續推行維新變法，所以指使太監下毒手把光緒帝害死，以絕後患。如《清室外記》中曾記載：“皇帝賓天之情形及其得病之由，外人無由詳知，惟藏於李蓮英輩之心中。”據此認為光緒帝很可能是被李蓮英謀害致死的。以上的記載是市井傳聞，不足為信，但當時尚有一些接近宮禁、頗知內情之人，甚至有自稱親見親聞者，後來亦撰文著書，認為光緒帝之死，值得懷疑。例如曾任十九年禦史及起居注官、較為接近光緒帝的惲毓鼎，在所撰的《崇陵傳信錄》中寫道：“時太後病泄瀉數日來，有譖上者謂，帝聞太後病，有喜色。太後怒曰：‘我不能先爾死。’”光緒遂死。徐珂所編著的《清稗類鈔》等書也認為，慈禧在病危期間，唯恐自己死後，光緒重新執政，推翻她既定朝政及平反她一手製造的種種冤案，於是令人下毒手將光緒害死。英國人濮蘭德·白克好司的《慈禧外傳》和晚清曾在宮中擔任過兩年女官的德齡女士所著的《瀛台泣血記》一書中，更十分肯定地指出，“萬惡的李蓮英眼看太後壽命已經不久，自己的靠山快要發生問題了，便暗自著急起來”。據德齡的記載，清宮大太監李蓮英等人，平日依仗著主子慈禧的權勢，經常中傷和愚弄光緒帝。他們深恐慈禧死後光緒帝重新主政，會清算他們以前犯下的種種罪孽，所以就先下手為強，在慈禧將死之前，先把光緒帝謀害。更有一位曾給光緒皇帝治過病的名醫叫屈桂庭的，撰定了《診治光緒皇帝秘記》一文（載《逸經》第二十九期），文中寫道，當他在光緒帝死去的前三天再次去醫病時，發現光緒帝突然腹部劇痛，他認為“此係與前病絕少關係”。這些記載均言辭鑿鑿，堅持認為，光緒帝是死於慈禧指使的謀殺。
第二種說法，則認定光緒帝是被袁世凱、奕劻進藥毒死的。堅持這一說法的學者首先認定戊戌政變是源於袁世凱的告密這一邏輯推演出，正是由於袁世凱的告密，慈禧才鎮壓了維新運動。光緒帝因此被囚，險些被廢。這樣，慈禧病危之時，袁世凱就擔心慈禧死後光緒帝會重新執政，遂先與慶親王奕劻勾結，準備廢光緒帝立奕劻之子。然而，這一行動並沒有成功，這樣，別無他途，於是進藥毒死了光緒帝。據《國聞備乘》記載：“迨奕劻薦商部郎中力鈞入宮，進利劑，遂腹瀉不止。次日鈞再入視，上怒目視之，不敢言。鈞懼，遂托疾不往。謂恐他日以大逆之名，賣己以謝天下也。”溥儀在《我的前半生》一書中就十分明確地談到這一點，說：“我還聽見一個叫李長安的老太監說起光緒之死的疑案。照他說，光緒在死的前一天還是好好的，隻是因為用了一劑藥就壞了，後來才知道這劑藥是袁世凱使人送來的……據內務府某大臣的一位後人告訴我，光緒死前不過是一般的感冒，他看過那些藥方，脈象極為平常，加之有人前一天還看到他像好人一樣。病重消息傳出不過兩個時辰，就聽說已經‘晏駕’了。”