第三種說法持光緒帝自然病死之說。如《德宗實錄》、《光緒朝東華錄》、《清史稿·德宗本紀二》等所謂正史或官修史籍內，均載光緒帝係正常死亡。再如《萇楚齋三筆》卷六則稱：早在光緒三十四年二、三月間，光緒帝久病未愈，早入膏肓，是時肝氣大發，以手扭太監頂戴，以足踢翻電燈，情勢日及。又光緒臨終前一段時間，一直為其治病的六位名醫之一杜鍾駿所著《崇德請脈記》一書，對光緒帝之病情、診病經過以及光緒帝臨終前的病狀，敘述非常詳盡，證明光緒帝確是正常死亡。
第四種說法，一些學者從中國第一曆史檔案館所藏的光緒帝脈案中考證出，光緒帝是由於長期多係統的慢性消耗疾病，最後體力衰竭而死，並非他人所毒死。其主要依據是：（一）從光緒帝早年的脈案及其自述之“病原”得知，他自幼多病，且有長期遺精病史，身體素質極差。如光緒二十三年載湉自稱之“病原”中稱“遺精之病將二十年，前數年每月必發十數次，近幾年每月不過二三次、且有無夢不舉即自遺泄之時，冬天較甚。近數年遺泄較少者，並非漸愈，乃係腎經虧捐太甚，無力發泄之故。”光緒年方弱冠即患遺精，且在大婚之前。（二）戊戌變法，他在政治上遭受重大變故，其病情也開始加重，出現多種病症，氣血雙虧，每況愈下。當然，載湉病勢轉重，決非偶然，乃與其政治處境密切相關。（三）臨終前半年已病入膏肓，危在旦夕。其病狀表明，光緒帝的心、肝、脾、肺、腎皆有虧損，髒腑功能失調，氣血兩虛，陰陽俱衰。（四）從其死前三四日內及其臨終前病情看，並未發現突發性中毒或受其他傷害的現象。同時，根據很多文獻的記載，清廷對於籌辦光緒帝喪事的措施，早在西太後患病之前就有所準備，並非因西太後自知不起，必欲先製光緒帝於死命而臨時倉促之所為。（五）認為造成光緒帝壯年夭亡的另一個主要原因是與他所處的時代和環境有著密切的關係。慈禧之所以立光緒帝繼承皇位，一方麵是因自己的親生兒子同治帝19歲時早亡，沒有子嗣繼其位，另一方麵是慈禧權欲熏心，想立一幼君，以便再次垂簾聽政。因此她一人作主，使自己胞妹（醇親王福晉）的兒子載湉得以入宮為帝，而光緒帝幼年入宮後即在孤獨中成長，加之宮中禮儀繁瑣，像一條無形的鎖鏈束縛住幼年的光緒帝，致使他失去童年的歡樂，因而他從小心情抑鬱、精神不振，造成體質孱弱。成年以後雖有緩和，但至28歲以後又急轉直下，這主要與他的政治遭遇有關，光緒帝被幽禁，康、梁流亡日本，譚嗣同等六人被殺。光緒帝成了籠中之鳥，任由西太後擺布，時刻處在驚恐憂慮之中，因而曾哀歎：“朕並不如漢獻帝也！”在這種日夜不安、誠惶誠恐的環境中，光緒帝的精神全麵崩潰，舊病複發，後果隻有一個，非死不可。
由於上述種種傳聞，使光緒帝的死因成為晚清曆史上又一大疑案。