這還遠遠不夠，仇士良接著下令關閉長安城門，搜捕在京的公卿百官和金吾台官兵，掀起了又一輪血腥屠殺，這一次殺死千餘人。京都之地，恐怖之城。
甘露之變事起，宦官們協調了內部關係，加強了族類意識，對於官僚士大夫，不論有黨無黨、何派何係，一律視為仇敵。巡邊宦官田全操回京途中揚言：“我入城，凡儒服者，無貴賤當盡殺之！”（《資治通鑒》卷245）宦官對所謂逆人親黨進行大清洗，城中有許多流氓強盜也冒充禁軍，大搞打砸搶活動，頓時“橫屍流血，狼藉塗地，諸司印及圖籍、帷幕、器皿俱盡”。宰相王涯、賈餗、舒元輿三人被逮捕下獄，在嚴刑拷打下自誣謀反。官僚士大夫身家性命毫無保障，心靈受到震撼，把仕途看作畏途。
長安城被攪得天翻地覆，一片血雨塵囂。兩天後，緊閉了的大明宮右側福建門才被重新打開。百官恢複早朝。
那些幸免於難的官員紛紛和家人訣別，揮淚進宮朝會。因為人數過少，早朝的班列顯得空空蕩蕩的。官員們都經過了嚴格搜身，神策軍士兵緊握兵器，隻準每位官員攜帶一名隨從入官。
文宗見沒有一名宰相上殿，便對宦官說：“宰相王涯等為什麼不上朝？”
仇士良說：“王涯等謀反，已逮捕下獄！”順手就把王涯“謀反”的狀子及有關“罪證”呈上。事已至此，文宗隻好敕令起草詔令，宣布李訓等罪狀。
李訓準備投奔鳳翔的鄭注，途中被盩厔鎮守將宗楚擒獲。押送到昆明池時，被貪功的押解官兵所殺。
鄭注聽到長安有變的消息，帶領鳳翔藩鎮軍隊五百餘人連忙赴京，準備配合李訓的政變。到達扶風時，李訓提前行動失敗的消息傳到軍中，鄭注決定先退回鳳翔另做打算。
鳳翔監軍太監張仲清得到仇士良的密令，假裝迎接歸來的節度使鄭注，並在監軍府為鄭注洗塵。鄭注剛坐下，就被張仲清的伏兵按倒砍掉了腦袋。
李訓的族弟李仲景、戶部員外郎李元皋也牽連被殺。李訓、鄭注兩家遭族誅。結果李訓、鄭注兩人的宗族、賓客收押的人很多，日夜嚴刑逼供。
中書令裴度不忍心，上書力爭，才保全了其中幾十人的性命。
王涯、舒元輿、賈餗、王璠、郭行餘等人也都被滿門誅殺。當時京師死者狼藉，王涯等人雖貴為宰相、大將，但都暴屍街頭無人敢於收殮。後來經令狐楚奏請，唐文宗才叫京兆尹薛元賞收葬王涯等十一人，各賜葬衣。仇士良暗中派人將他們的墳墓都給刨了，將屍骨投入渭水，以解心頭之恨。
之前在各地被禁錮看管的太監現在全都得到赦免。有幾封誅殺相關地方宦官的詔書已經發出，政變後收到詔書的地方官都不敢執行，將詔書廢而不行。宦官集團氣焰喧囂直上，朝臣集團則在以後很長一段時間內陷入癱瘓狀態。仇士良等人開始毫不掩飾地幹政。
仇士良在政變後成了第二個王守澄，宦官權勢由此達到頂峰。“自是天下皆決於北司，宰相行文書而已。”宰相成為花瓶式的擺設，仇士良變成了名副其實的宰相。
朝廷宰相在在這次事件中全部被殺，李石、鄭覃續起拜相。但他們也是有名無實，每次要做什麼決策，或者奏事的時候都要看仇士良的臉色，隻要仇士良不高興，就會惹來一頓訓斥。朝綱日益混亂。李石是一個有正義感的官員，見仇士良等人動不動就拿李訓、鄭注的事情來威脅朝臣，就反問仇士良：“李訓、鄭注是禍亂朝政的罪魁禍首，但不知李訓、鄭注是由何人推薦提拔的？”
仇士良無言以對，對李石恨之入骨，決心暗殺李石。時隔不久，李石騎馬上朝的中途遭到刺客射殺。李石受傷後伏在馬背向家逃去。不料他的家門口也埋伏著刺客。刺客見馬跑來，揮刀就砍，幸好隻砍斷馬尾，李石得以幸免。唐文宗知道後命令神策軍遣兵護衛李石，並下令捕刺客。
最終自然是查無結果。百官人人自危，以致有人不敢上朝。為逃避殺身之禍，李石上表請求辭去相位。李石最終出任荊南節度使，
從此朝中再沒有敢於直麵宦官的人了。開成五年（840年）正月初四，唐文宗李昂在憂愁和傷感中駕崩於太和殿，享年三十二歲。
唐武宗會昌三年（843年），仇士良從崗位上退了下來決定告老還鄉，他的那些徒子徒孫們群起相送。
臨走之前，仇士良向大小太監們傳授了伺候皇上的秘訣，準確地說應該是控製皇帝的秘訣。其精髓就是“不可讓皇上閑著”。他說：“皇上閑了就要看書，接見大臣，就會采納他們的意見，智深而慮遠。如果這樣，我們這些人的恩寵就會薄了，權力也小了。你們今後要想盡辦法弄錢財，蓄養獵鷹好馬，每天讓皇上沉溺於聲色犬馬，使他高高興興而不想閑著。這樣，他必然會排斥儒學之士，不想關心政事，凡事都聽我們的，這樣，我們的恩寵和權力就能長久了。”
仇士良這番話，道出了自古宦官專權幹政的訣竅與經驗。仇士良回鄉後不久就去世了，被追封為揚州大都督。第二年，有人告發仇家暗藏兵器數千件，想造反。唐武宗下令追削仇士良官爵，抄沒仇家。仇士良的報應雖然來得晚了一點，但總算是來了。