1905年初，秋瑾回國省親，據說也做一些類似於“中介”的事情，她奔走於滬杭紹之間，重要的史實是和蔡元培見過一麵，並參加了光複會。光複會是什麼組織，一言以蔽之，就是一個暗殺組織，是以暗殺清廷官員為己任的。秋瑾隨後又於當年的7月份再度赴日，因為錢少坐的是三等艙，到日本後就生病了。比較巧合的是，她這一次入的仍然是同一所學校，因為她日常居住和學習的實踐女子學校中國留學生分校就在東京的赤阪區檜町十番地，與同盟會籌備會議的會場在同一條街上，這樣的近水樓台，使她的加入同盟會好像也成為一種必然，她也被推為浙江的主盟人。
這一次不是初來乍到了，秋瑾後來對實踐學校的教育多有批評，甚至對校長本人也有言辭激烈的批評。當時的一個大事件是，清政府和日本文部省公布了《清國留學生取締規則》，這使得在日留學的8000名留學生大憤，秋瑾激烈地反對這個規則，主張退學回國，以示抗議，以洗國恥，並組織了敢死隊，與日本政府交涉。陶成章在《浙案紀略》中說：“是時，取締規則風潮起於學界，學生盛倡歸國主義，瑾亦主張之，因結敢死隊，瑾又為其指揮，紛擾者匝月。”1905年12月8日，陳天華投海自盡。於是在日本留學生中引起了軒然大波。在永田圭介的《秋瑾——競雄女俠傳》（2007年群言出版社版）一書對這一段有這樣的記述——
翌日(12月9日)，留學生們公推秋瑾為召集人，在留學生會館中的錦輝館召開陳天華追悼會，會上，她公布判處反對集體回國的周樹人(魯迅)和許壽裳等人“死刑”，還拔出隨身攜帶的日本刀大聲喝道：“投降滿虜，賣友求榮。欺壓漢人，吃我一刀。”
這可是第一次披露秋瑾和魯迅之間的正麵衝突。由此看來，在留日學生中也有兩派，一派主張回國，一派主張留在日本學習。要知道魯迅和許壽裳都為官費留學，而秋瑾等是自費留學，這是從經濟角度講的。而從政治理想上來說，魯迅也熱血沸騰過，也曾參加了光複會，但真的當暗殺任務落在他身上時，他還是沒有去執行，這正是魯迅可愛而複雜的一麵。而關於秋瑾要殺魯迅一事的背景，包括周作人和其當事人的回憶文章中都曾經提到過，但從沒有說到秋瑾和魯迅的正麵衝突，沒有敢提要害的部分，可能還是為名人所諱吧，因為這倆人都是名人且同為紹興人。而魯迅先生本人好像也沒留下片言隻語，或者是我們看不到，如果照魯迅先生的脾氣，他不會不記的，至少會記在心上的。秋瑾的形象後來被先生寫進了小說《藥》裏，這是更為深刻其實也是更為悲觀和絕望吧。至於說魯迅對秋瑾的正麵評述，那也是來自於魯迅的學生許欽文的間接引述，隻可略備一說。
1906年，秋瑾回到國內，在上海北四川路厚德裏9l號租了房子，開始籌辦《中國女報》，這自然是具有開創意義的大事。隻是辦報需要錢，錢從哪裏來，秋瑾隻得四處奔走，多方募集，又在報上大登廣告，號召大家入股。可是響應者寥寥無幾，杯水車薪。走投無路的秋瑾最後終於想到了一個辦法，那就是到湖南的公婆家去籌款。她的公婆家很有錢，而秋瑾娘娘家由於父親去世，在錢財上已經無力支持她。初冬，秋瑾回到湖南湘潭王家。公公知道兒子與兒媳之間不和，見到兒媳突然光臨，以為她回心轉意了，就熱情接待。秋瑾對公公說自己想辦學，但缺少經費，希望公婆家能給予資助。為了使兒子能和兒媳破鏡重圓，秋瑾的公公爽快地拿出一筆錢送給秋瑾。幾天之後，秋瑾又改成男裝，不辭而別。所以後來有人說，秋瑾為了革命完全是不擇手段了，而魯迅想著老母、想著朱安、想著弟弟和弟媳，即還想著人間的一切煙火，所以讓他去參加暗殺行動，他必是有所顧忌的。