其二便是江陰六氏現存有《江陰六氏宗譜》六冊五卷。該宗譜為清乾隆三十六年（1771）孟夏方孝孺十五世孫六英輝、六宗績、六英開修訂，卷三“祖塋穴位全圖”中載有“金陵雨花台墓圖”，其中牌坊寫著：“十族遺骸埋聚寶，千年古塚表長幹。”此處的“聚寶”即“聚寶門”（中華門）外之聚寶山（今雨花台），而“長幹”則是“古長千裏”（亦在今中華門附近）。這裏牌坊上的聯語與上述韓國鈞所書內容有共通之處。
另據《江陰六氏宗譜》《遜誌齋集》等記載，當年魏澤冒死所救的應為兩個孩子，一為三子德宗，一為四子朗。方朗被一個叫袁柳莊的人藏於箱子送到江陰外婆陸氏家收養，以缺方字末筆之“六”為姓。這一點從寧海張立平先生寄去江陰的《寧海漫記》中得到了證實。現在江陰方氏後裔尚有數十人。
記載最詳盡的為“方”“六”二脈，但人數最多的一支是安徽省廬江縣的何姓。據方氏後人何國權說，廬江方氏後人多達兩萬左右。方氏被滅十族時，方孝孺第三子（應與上述方氏之子不為一房）方聖僥幸脫逃，後其長子方通遷至廬江繁衍至今，現有《方何宗譜》為證。這支方氏後人迫於形勢，不敢以方為姓，因此就以“何”字作為姓氏，死後才歸姓方。
雖然民間傳說各個版本不盡相同，並有諸多證據加以佐證，但是明文正史裏，諸多文人筆筆相傳，方氏被誅十族無一幸免言之鑿鑿。朱棣以鐵血手腕著稱，駕馭如雲猛將，一朝令下誰敢違逆。明朝特色的特務係統——錦衣衛和東廠全力搜捕之下，方氏族人該是如何逃生的呢？憑借了哪些力量才得以延續？
中國自古就有俠義之士，民間傳言民族英雄袁崇煥遭構陷身死，江湖義士力保其子避過朝廷追殺。同在明朝，同樣的忠君愛國卻遭滅門之戮。江湖義士舍命搭救雖是戲文，但是這種人文精神從來都是存於國人血脈之中的，民間傳說不失為一種參考。
在明史中有一條明確的方孝孺門人和朋友的線索：“永樂中，藏孝孺文者罪至死。門人王稌潛錄為《侯城集》，故後得行於世。”
文中所描述的情形，顯然有方孝孺門人逃過了此劫，否則藏匿文集的事就更不必提了。另有：“明朝萬曆年間，萬曆下詔為方孝孺平反，並賜給祭田，將孝孺公次子中憲後人從鬆江府華亭縣尋回，世居浙江寧海。”此事明清兩代《寧海縣誌》均有記載，可見方孝孺有後人存世，且在方孝孺案平反後，被妥善安置。
且據《鬆江府誌》載，方孝孺的摯友原刑部尚書魏澤不但未被殺害，反而收留了方孝孺九歲的兒子方德宗。而從皇帝下詔到尋回方孝孺後人，這期間沒有明顯的時間間隔，這至少說明在士族官員這個層麵有人對方孝孺後人的生存現狀是知情的。若無地方官的庇護，以明朝嚴苛的戶籍製度沒有人可以隨意遷徙。
門人廖鏞、廖銘、王稌在方孝孺被殺後，偷偷收殮其遺骸，並將其葬於聚寶門外山上（今南京中華門外雨花台東麓）。民國《鄞縣誌》述：方孝孺長子中愈之後方九成，自明萬曆年間，由慈溪遷至鄞縣，居於白嶽鄉方家。在慈溪時姓朱，到鄞縣後複姓方，方九成為此始祖。
方孝孺有一嫡親叔叔，叫方克家，其子方孝複於洪武二十五年（1392）被流放到慶遠（今廣西宜山一帶）充軍，以軍籍獲免。方孝複的兒子方琬，後來也得釋為民。
方孝孺作為帝師之一，在建文帝時期的權力達到唐朝時期宰相的高度，這在洪武帝建立的體製下幾乎是逆天的存在。明朝的國家體係建立之初，朱元璋有感於曆史中王朝興替，便和手下謀士劉基等謀劃一個萬世王朝。整個國家體係是將人都固定在自己的籍貫和職業上。基本上父親做什麼兒子就做什麼，職業世襲，生活的範圍也是固定的。而在中央政府的權利分轄則是分權至六部，沒有了宰相作為文官對皇帝的製約，可以說明朝是皇權最集中的朝代。方孝孺作為建文帝的帝師，官居翰林學士，皇帝以父兄之禮待之，便是明王朝無敵的存在。方孝孺在任職期間，推動了削藩、更定官製、修《太祖實錄》等一係列重大事件，更有對外用兵的詔檄亦出其手。他在整個朝廷的文武官體係樹立了強大的威信。方孝孺進入仕途的前後經曆如同諸葛亮在讀書人心目中的地位一般：少年聰慧其名簡在帝心，在家鄉被吃官司判了鐵案，拿到洪武帝前一看，憑著名字就把罪名一筆勾銷。洪武帝之所以沒有給他顯赫的官職，是為了磨煉其心性留給子孫啟用，是前途光明的備選幹部。如此典型性的人物，殺與不殺都成為一個重大的全國性政治事件。用誅十族的方式殺，幾乎從原則上徹底否定了洪武帝。這種殺亦體現了朱棣對其父親深深的怨念。