蒙古人入主中原，對大中原文化造成了巨大的破壞，造成漢人的綱常倫理紊亂了近百年。明朝是一個剛從蒙古人統治下翻身的帝國，這時的人心思維未必會把嫡庶傳承看得那麼重。朱元璋將皇位傳給成熟穩健的兒子朱棣必然是強於年輕青澀的孫子朱允炆。時值當下百年正統旁落，朱元璋初定帝國，南宋趙姓正統餘威尚在。朱元璋認為大明朝迫切需要正統的傳承肯定，持古禮廢宋統成為當時的政治方向，不顧實際剛需而矯枉過正也在所難免。兄終弟即的傳承思想貫穿整個宋朝，對於士農工商來說是自然而然的事，何況朱棣本身便是朱元璋的親生兒子。從朱棣能夠以地方軍屢屢戰勝中央軍隊，乃至中央軍隊未戰先降，可見朱棣已然得到大部分人心。當時反對、謾罵朱棣的官員並不會少，唯獨將方孝孺以“誅十族”的方式殺死，若說僅僅因為帝王一怒流血千裏的解釋並不合理。
經曆了人生起伏、沙場喋血的一代帝王，僅憑儒生的幾句話激得滅人滿門確實有些兒戲。但若其摻雜了政治因素，便一切都能解釋通了。同時這種政治迫害更多的是一種輿論控製以及精神導向，那麼徹底地殺光滅絕就不是殺戮的主題了。而且過於徹底的殺害，也會使得臣子寒心。所以按照當時的政治背景，使得方孝孺的後裔續存有了土壤。
不得不說的是，朱棣打出的旗號“清君側”隻是委婉修辭而已，其實大家都明白這是篡位。這種方式得到的皇位畢竟不穩。皇帝一上位就搞白色恐怖，心中不滿的官員大有人在。朱棣殺侄子朱允炆，大家再指指點點也是幹預皇家家事，雖然皇家的家事一向是被用來說三道四的。在這種人心不定的情況下，朱棣想要誅滅方孝孺的全部親族，難度是非常大的。完全毀滅一個剛剛走過鼎盛時期的家族，各族各姓都會想今日的方家是否就是明日的我家。皇權無限製的濫用，會讓每一個士族從本能上產生恐懼，以此做出庇護方孝孺親族的舉動實為最正常不過。
關於方孝孺被誅十族的詳細文字記載，有明崇禎《寧海縣誌·方孝孺傳》《明史紀事本末》、明末鄉賢大家黃宗羲的《方正學孝孺》《文正方正學先生孝孺》等。另外，崇禎年間編纂的《熹宗實錄》也記載了方孝孺被誅十族的故事，而且還記載了當年方孝孺的幼子被人救出，假借餘姓延續方姓一脈，至天啟二年（1622），方孝孺十世孫伏闕上書以聞，得以贈恤的故事。也許是《明史》主編張廷玉等人對暴君朱棣有畏懼之心，《方孝孺列傳》隻是說他被淩遲磔殺，並未記載被滅十族，株連坐死八百餘人（有一說為873人）等字眼。
現在方孝孺後人除方姓、六姓、何姓、才姓外，還有餘姓、亢姓等姓氏，除生活在中國外，還有一些生活在美國、加拿大、朝鮮等地，總數達數萬之眾。
方孝孺雖已辭世六百多年，但其剛正之精神，浩然之正氣，至今仍被人推崇。作為有擁立之功的重臣，一紙登基詔書便可換來子孫幾世富貴，而方孝孺不為名利所動，讓世人看到了讀書人的錚錚鐵骨。對那些逢權貴而哈腰，見孔方兄則俯首的貪腐官員們，方孝孺是他們的一麵鏡子。
方孝孺的屍骨已不能考，血脈的流傳真偽是老人絮絮的執念。那種剛正精神和浩然正氣，會以精神血脈的形式流傳於世間。寧海人的橫言敢怒，或許是那場大災難裏，方孝孺施於我們最好的遺世恩澤。