這種帶有玄學色彩且漏洞百出的私人著作卻偏偏比正統的《明史》得到了更多人的信服。這又是為什麼呢？分析其因有兩點：一方麵是史料撲朔迷離，世人皆愛怪誕喜慶的劇情。由此故老相傳，不斷添筆潤色，使這種本身就有些神話意味的說法變得愈加離奇卻也漸趨周全。另一方麵，明史是清朝人寫的。清朝讓一個幽靈一樣的朱三太子弄得不得安寧，便篡改曆史，明證朱允炆是自焚而死，免得老百姓舉一反三的可能性也是存在的。以清朝文字獄的現象來看，這種做法並不是新鮮事。而民間有諸多記載朱允炆於“靖難”後仍在某處存活的史料，兩相比較，使得民間私著得到了廣泛的認同。
宮中大火之後，連明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的自焚而死。《明太宗實錄》記載，有一次明成祖對身邊的大臣說：“朕於宮中遍尋皇考宸翰不可得，有言建文自焚時，並寶璽皆毀矣，朕深慟之。”
寶璽被焚怎麼可能沒有一點殘骸呢？建文帝很有可能帶著寶璽逃跑了，到時憑借寶璽東山再起也未可知，這種疑慮與擔憂始終縈繞在明成祖心中。
於是明成祖朱棣利用龐大的國家機器開展低調的排查活動，本次活動時間跨度長達二十八年。朱棣先後總共派兩人去搜尋朱允炆，一個是鄭和。鄭和以貿易和宣揚文化為名，帶著龐大的船隊開始了他的遠洋航行。最後雖然沒有找到朱允炆，但是成就了一代航海家的威名流傳六百餘年。其先後到達過爪哇、蘇門答臘、蘇祿、彭亨、真臘、古裏、暹羅、榜葛剌、阿丹、天方、左法爾、忽魯謨斯、木骨都束等三十多個國家，最遠曾達非洲東部及紅海、麥加，並有可能到過澳大利亞、美洲和新西蘭。鄭和下西洋是當代航海事業的頂峰，後世幾百年中，幾無人能及。同時他也把大明的盛名及中華文化傳播到了世界各地，讓世界都知道，在東方，有個叫明朝的國家，超級強大，也超級友好。這大概算是朱家叔侄鬩牆帶來的意外收獲。
另一個是叫胡濙的六品戶科都給事中，在陸地上進行排查。朱棣之所以選用胡濙，是因為此人官小，不易引人注意。更重要的是此人一生謹慎，守口如瓶。
在《明史·姚廣孝傳》和《胡濙傳》裏的記載大致為：明成祖朱棣當了皇帝後，對建文帝自焚而死，一直心存懷疑，也有人告訴他那具燒焦的屍體是馬皇後的，建文帝削發為僧外逃了。他就把建文帝的主錄僧溥洽抓了起來關進監獄長達十餘年，逼他供出建文帝下落。派戶科都給事中胡濙遍行郡、鄉、邑長達十六年，搜尋建文帝下落。胡濙訪得建文帝離開皇宮後，削發為僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周遊避難，而是被僧溥洽所救，一直藏在江蘇吳縣普洛寺內，此後一心為僧，無複國之意。近年徐作生也通過查閱大量文獻和實地考察後，指出：永樂二十一年（1423），建文帝死於江蘇吳縣穹窿山，終年四十六歲，葬於皇駕庵後的小山坡上。可信與否便不得而知了。
關於建文帝的下落，現代的一個說法源自極為出名的“紅崖天書”。1999年11月，江南造船集團公司高級工程師林國恩發布了他對“紅崖天書”的最新破譯。他認為：“紅崖天書”是明建文四年（1402），建文帝被朱棣篡奪了皇位，逃到了貴州後，使用變體組合文字所書寫的討伐朱棣篡位的檄文。譯文：“燕反之心，迫朕遜國。叛逆殘忍，金川門破。殺戮屍橫，罄竹難書。大明日月無光，成囚殺之地。須降伏燕魔做階下囚。丙戌（年）甲天下之鳳凰（禦製）。”1999年12月8日的《新民晚報》上登載了這則來自新華社貴陽的“專電”。
但是這個說法有諸多漏洞。從朱允炆一生來看，其資質平庸，雖從小在儒家文化教育下成長，但終究浮於紙麵，不知人世深淺。如果說流落民間讓他人世閱曆有了脫胎換骨的改變，那也無法從本身資質上發生蛻變，從而另創文字以隱檄文。再反觀之，以這種類似天書的檄文，聲討其皇叔朱棣的罪行，從而號召天下共抗之，簡直就是一廂情願。