1935年3月29日，孔憲權隨紅五軍團和中央軍委三局到達貴州省畢節地區黔西縣，並駐紮在地主宋少前的家中。宋少前開了一家藥鋪，他積極配合紅軍工作，並幫助治療傷員。由於孔憲權手術後的傷口並未愈合，隻好留在宋少前家中繼續休養。當時身為營級軍官的孔憲權受到了團級以上傷病員的待遇，得到了300多塊銀元作為生活費，並配有一位醫生和一位通訊員。
一年多以後，孔憲權傷勢痊愈，但是左腿卻整整短了10厘米。從此以後，隻好跛著腳生活。在遵義縣的楓香鎮，孔憲權幹過不少營生。他曾經挑著擔子，走街串巷地吆喝著賣貨，當過泥瓦匠。除此之外，曾經念過私塾的孔憲權，還利用自己所掌握的文化知識為村民打抱不平，幫他們打官司，寫狀子。日子久了，村民與孔憲權越來越熟悉。在得知他是一名因傷留下的紅軍戰士後，大家更是崇敬有加。
新中國成立以後，孔憲權在報紙上偶然間看到了熟悉的名字——貴州省軍區司令員楊勇、政委蘇振華。看到曾經的戰友的名字，孔憲權格外激動，並立即寫信聯係。收到信的蘇振華大吃一驚，不禁脫口而出“沒想到孔憲權還活著！”曾經與孔憲權一起戰鬥的黃克誠大將在《我對長征的回憶》中寫道：
“第十二團政治委員鍾赤兵和參謀長（誤，應為作戰參謀）孔權，都在婁山關戰鬥中負了重傷，腿被打斷。當時部隊中沒有麻醉藥品，鍾赤兵硬是咬緊牙關鋸掉了一條腿，最後隨部隊堅持到達陝北。孔權當時留下來就地寄養，以後就與部隊失去了聯係。全國解放以後，我突然接到了孔權的來信，知道他還活著。孔權在信中表示，雖然身體殘廢了，但還可以做點力所能及的工作，要求組織上考慮分配他工作。我把他的來信轉給了有關部門。”
後來，經過多方協調，老戰友們眼中“打不死的程咬金”——孔憲權不但恢複了黨籍，還成為了遵義會議紀念館的第一任館長。
從士兵到館長，孔憲權付出了艱辛和努力，無論是傷殘落魄的時候，還是情況好轉以後，他始終以紅軍戰士的標準嚴格要求自己。1952年，孔憲權擔任遵義會議紀念館籌備委員會秘書，參與遵義會議紀念館建館的籌備工作。
當時，遵義會議紀念館是中華人民共和國成立後最早建立的21個革命紀念館之一，沒有任何參照和係統流程。孔憲權邊實踐邊摸索，先是以文化部的指示精神為標準，對紀念館地址及周邊環境進行了修繕和清理，然後調動人員大量征集紅軍在貴州的文物、資料等。此後，為了讓紀念館中所展示的內容更加豐富，孔憲權還組織成立了籌備處，並派專業人員外出進行采訪，針對紅軍長征經過貴州的路線，曆時10個多月的時間，走過了44個縣（市）及川南、滇東5縣，征集文物多達1286件，更加全麵地了解並掌握紅軍在貴州的詳細資料。1957年7月，遵義會議會址正式對外開放。任職期間，孔憲權一心撲在紀念館的建設上，不間斷地為解放軍官兵和青少年學生講述紅軍的英雄事跡，提倡繼承和發揚革命傳統。
1958年11月，鄧小平參觀遵義紀念館時，稱讚孔憲權說：“你是遵義會議紀念館館長最合適的人選。”同年，孔憲權來到北京，並有幸到朱德、彭德懷、胡耀邦等領導家中做客。
1960年6年，在孔憲權組織安排下，紀念館的業務人員根據300多萬字的文字資料，整理並編寫了一本關於紅軍長征經過貴州的書，名為《紅軍長征在貴州》，由貴州人民出版社出版。1964年11月，毛澤東主席為遵義會議紀念館題寫了“遵義會議會址”六個大字。
從普通士兵到遵義會議紀念館館長，孔憲權的傳奇故事廣為流傳，美國作家哈裏森·索爾伯茲裏在所撰的名著《長征——前所未有的故事》中也有所記錄。1988年11月7日，時年78歲的孔憲權不幸逝世。時任中共中央總書記胡耀邦親自發了唁電：“對長征老戰友孔憲權同誌的逝世深表哀悼。”同時，全國七大軍區也發來唁電表示沉痛哀悼。