1691年以後清朝對喀爾喀的政策仿效了他們對待東部蒙古人的模式。汗國 (愛馬克 )也被編入旗籍。雖然朝廷確認了薛禪汗、土謝圖汗和紮薩克圖汗的頭銜 ,但隻給了他們名義上的統治權。 1728年,當賽因諾顏汗在土謝圖汗的領地上被立起來後 ,愛馬克就變成了 4個盟。旗和盟都由理藩院委派的劄薩克掌管。消除喀爾喀自治的時間不少於 40年。
在行政上外藩蒙古各旗與蒙古八旗是分開的 ,在整個清代都保持著更大的自治權。因而 ,皇帝創建了一係列行政職務監管外藩蒙古事務。18世紀中葉 ,皇帝委派一名將軍監管喀爾喀旗務 ,他駐紮在烏裏雅蘇台。烏裏雅蘇台將軍取代了原先設在科布多的指揮部 ,該部是 1718年設於當時的喀爾喀與準噶爾邊界的。科布多成了新機構的治所 ,有自己的辦事大臣 ,管理漠西蒙古疆域 (1761年)。1758年,有一位大臣駐於庫倫,管理哲布尊丹巴呼圖克圖的事務。1786年,庫倫辦事大臣又接管了東部土謝圖汗和薛禪汗的愛馬克行政管理事務。
到清代末期,外藩蒙古共有大約18個盟201旗 (譯者按:原文為200個旗,經詳查後應為201個旗,其中漠南51旗,漠北86旗,漠西64旗)。由於夏冬季節逐水草而遷徙的範圍被限定在清廷劃定的區域之內,傳統部族民眾的生活發生了變化。蒙古人不能遷往本旗之外的牧場了。1843年以後,想遷出限定區域的蒙古人和喇嘛需要申領關防。此外,在泛滿洲化的背景下,在清廷的鼓勵下,藏傳佛教寺廟在蒙古地區急速擴張,對蒙古文化產生了意義深遠的影響。
作為征服精英集團組成部分的蒙古貴族內部是有區別的。皇帝施予內蒙古貴族的恩寵最多最厚,他們與清統治者結盟的曆史也最久。雖然清統治者確認了喀爾喀可汗們的傳統的地位,但他們非常謹慎地限製喀爾喀貴族的領地和爵位。有一項研究表明,喀爾喀劄薩克中有一半是一等台吉 (蒙古的親王銜),超過三分之一是輔國公,而內蒙古各旗的劄薩克中有五分之三是擁有頭三等爵位的王公。雖然也有明顯的例外,但喀爾喀貴族和青海、新疆的蒙古貴族一樣,貴為額駙者較少。
無論地位高低,所有蒙古人都得服從北京設立的官僚規製。他們的爵位須得到理藩院的確認,該院保存著貴族爵位證書,並負責處理繼承事務。沒有理藩院的批準,任何人不得承襲爵位。即使清廷真的懲罰蒙古貴族,也比懲罰皇親國戚寬容得多。有一項研究表明 ,多數蒙古貴族得到了提升而非降級 ,雖然世襲爵位依輩分遞減 (除非擁有者得到 “世襲罔替 ”之特權)。
蒙古人給予了清朝很有價值的幫助。駐紮在清俄邊界上 82個要塞中的許多官兵是蒙古人 ,他們還出兵參加了征伐漠西蒙古人的大多數戰役。蒙古王公和滿族人同在理藩院為官。許多蒙古人擔任清朝的文武官職 ,並以出色的成績獲得貴族爵位。其中一個例子是班第 (死於 1755年),他是隸屬於蒙古正黃旗的博爾濟吉特蒙古人。他從八旗官學畢業後進入官場 ,先後在理藩院、兵部和各省任職。他在 1754—1755年平定準噶爾之役中的表現得到了皇帝的認可 ,並獲得世襲一等子爵。班第是 50名畫像懸掛在紫光閣、畫像上有乾隆皇帝親筆題名的大臣之一。雖然班第本人被升為一等公 (1755年),他去世以後 ,他兒子巴祿承襲的是子爵爵位 (譯者注 :此處原文有誤 ,應為一等誠勇公)。
清廷以官職和榮譽表彰著名的蒙古部族後代 ,與對待滿洲征服者英雄的後代一樣。土謝圖汗愛馬克的名將桑齋多爾濟是土謝圖汗的弟弟察琿多爾濟的後代。他是清廷公主之子 ,在迎娶一位公主之前就被提拔到北京的宮廷任職。他在 1756年平定青滾雜卜叛亂中起了重要作用 ,後來擔任駐庫倫的蒙古大臣 ,與他們家族的其他許多成員一樣。
策淩 (死於 1750年)是另外一個值得注意的例子。策淩是一位喀爾喀貴族 ,在他的部族領袖土謝圖汗於 17世紀 80年代歸降滿洲人後 ,他被引介到清宮。1692年,康熙皇帝叫他到上書房學習。 1706年,他迎娶了皇帝的十公主。1710年十公主去世後 ,策淩率下屬來到額爾德尼召西北的牧場 ,他在那裏成功地統率清軍在平定厄魯特的戰役 (1721年)中打了勝仗。1723年,已是郡王的策淩奉命巡視阿爾泰山各處關隘。他幫助族人獲得了賽因諾顏汗位 ,代表朝廷在恰克圖進行談判 (1727年 ),並簽訂了條約。他因 1731年平定厄魯特之役中的戰功而被封為親王 ,並獲賞銀 10000兩。翌年 ,他被授予 “超勇 ”稱號 ,以表彰他在額爾德尼召擊敗厄魯特戰役中發揮的作用。作為烏裏雅蘇台將軍和賽因諾顏汗的盟長 ,他被允許 “像皇室成員一樣 ”係黃帶子。策淩是在太廟立有牌位的僅有的兩個蒙古人之一。策淩的孫子拉旺多爾濟迎娶了乾隆皇帝的七公主 (參閱第四章)。策淩家族與皇家的姻親關係一直保持到清王朝結束。第七代孫那彥圖親王 ,迎娶了慶親王奕劻的長女。義和團運動後慈禧太後逃往西安時 ,那彥圖陪伴左右在她召見蒙古貴族時充任翻譯。