北海瓊島的曆史價值還表現在千年以來，北京城市規模形成和發展中的特殊位置作用。
北京在千年以前，曾是契丹族政權遼代的陪都南京，又稱燕京，是沿用唐代幽州舊城營繕建置。遼末，崛起於鬆花江的女真族建立政權，金在滅遼過程中，攻占燕京，並在燕京城垣的基礎上營建金中都。遼南京，金中都的城址，約踞現在北京市城區的西南隅，那時的北海瓊島，是南京和中都城的東北方向的郊外，遼、金皇室在此均有活動的傳聞和記載。金大定六年（1166）世宗完顏雍在此營建大寧宮，是為今北海有確切記載之始。金大定二十一年（1181）大寧宮更名壽安宮，明昌二年（1191）壽安宮更名萬寧宮，是金代帝後遊幸和處理朝政的一處殿堂羅列，頗為壯觀的離宮。
金貞祐二年（1214），金宣宗完顏珣為避北方蒙古鋒芒，決定遷都開封，命定國公完顏承暉留守中都。第二年，1215年四月，蒙古鐵騎攻克萬寧宮，五月攻陷中都城，宮室為亂軍所焚，完顏承暉自殺。金朝結束在中都的統治，蒙古占領者改金中都為燕京。就在這一年的八月，成吉思汗的孫子、元大都的締造者、元世祖忽必烈誕生。1227年，成吉思汗病死於征服西夏取勝之後的軍旅中，臨終留下聯宋滅金的方略。此後，蒙古經過太宗、定宗、憲宗幾代大汗的征伐和汗位的爭奪。1260年三月，年過不惑的忽必烈在開平（蒙古上都）廢選汗舊製，即皇帝位，設燕京宣慰使，決定將自窩闊台（元太宗）以來的蒙古首都自和林南遷。忽必烈自和林移駕燕京，駐蹕萬寧宮，即北海瓊島。第二年修燕京舊城及瓊華島。1264年，又重修瓊華島，在原廢基址上建廣寒殿，這年十月，忽必烈在瓊華島會見高麗國國王。1265年十二月，我們至今尚能欣賞到的陳列在北海團城玉甕亭中的“瀆山大玉海”雕造完成，忽必烈下令置於瓊華島廣寒殿中。1266年四月，另一件更具皇權象征意義的“五山珍禦榻”造成，置於瓊華島廣寒殿，可見瓊華島在當時最高統治者政治活動中的地位。
1267年，忽必烈決定放棄燕京舊城，另建新城。新城選址以周邊具有大麵積湖泊的瓊華島為中心，利於漕運。1271年，瓊華島賜名萬歲山。這一年十一月，建國號元，第二年二月，改中都為大都。自此，元大都開創了北京作為中央統一政權首都的曆史。
下麵引述一段元末陶宗儀的《輟耕錄》中對元大都形勝的描述：
至元四年（1267年）正月，城京師，以為天下本。右擁太行，左注滄海，撫中原，正南麵，枕居庸，奠朔方，峙萬歲山，浚太液池，派玉泉，通金水，縈畿帶甸，負山引河，壯哉帝居，擇此天府。
這段文字，恰如一個氣勢宏偉的山河地形沙盤，標示出萬歲山太液池（即北海瓊華島）在元大都城池中的核心地位。
自秦漢以來，中國封建社會中央政權的帝都，存在自鹹陽、長安、洛陽、開封漸次東移的現象，北海瓊華島成為自元大都以來北京作為京都的城市原生點，也確立了至今北京城市規劃仍以保護和沿襲發展的特殊地位，在北京古都風貌的展現中，顯得尤為突出。這一點隻要站立在車水馬龍的北海大橋上，稍加體會，便能感受到，現代生活與古代北京沒有時空界隔的融合。現代北京的飛躍和古代文明的交彙，正反映了國際城市所應具有的厚重的文化底蘊與勃勃生機。
北海瓊華島，既是中國現存的最早的皇家園林，也是北京最早的皇家園林實物。不言而喻，它對北京明清皇家園林的興建，曾產生過重要的影響，而且，它自身也曾是明清皇家園林增飾、刪改、疊加的一座皇城禦苑，有著近千年滄桑變化的可讀性和可辨識性，北海的價值，始終伴隨著北京由封建帝都走向現代世界城市的步履。它的價值觀，可以用以下的四句話加以概括：
天賦的原生性，文化的彙聚性，生態的覆蓋性和城市的功能性。
鑒於北海所擁有的無可比擬的曆史藝術和文化價值，特別是由一座離宮別苑為內核擴展而成的千年都市，曾有過的幾代輝煌，這種現象，在人類文明史上，是罕見的。記得在頤和園申報世界遺產的過程中，專家學者在論證申報文本時，特別在項目提名時，在《頤和園》名稱前，冠以“北京的皇家園林”定語，為北海瓊華島和北京其他的皇家園林，預留了項目擴充的申報空間。