1918年，段祺瑞再任國務總理，仍主"武力統一"，派直係軍閥吳佩孚等率軍進攻湖南，與徐樹錚等組織安福俱樂部。西南各省軍閥為維護自身利益在廣州組織護法聯合會，謀與廣州軍政府對抗而與北方軍閥妥協。不久，非常國會改組軍政府，將大元帥製改為總裁合議製，選舉孫中山、岑春煊、唐紹儀、伍廷芳、陸榮廷、唐繼堯、林葆懌七人為總裁，岑春煊為主席總裁，意在排擠孫中山。孫中山憤而辭去大元帥職位，離廣州赴上海，護法運動至此失敗。孫中山對革命前途深感失望，遂埋頭於《孫文學說》的著述中。
月，段祺瑞、徐樹錚利用安福俱樂部操縱國會選舉，選徐世昌為大總統。新國會成立後以安福係馬首是瞻，故又稱之為安福國會。直係軍閥吳佩孚等不甘心為段祺瑞所利用，通電主張"和平"，反對段祺瑞的"武力統一"。南方護法軍政府複電讚成。總統徐世昌也發布停戰令。在各方壓力下，段祺瑞被迫下令前線各軍暫取守勢。於是，南北議和開始。
本年，北京政府與日本簽訂《陸軍共同防敵軍事協定》和《海軍共同防敵軍事協定》，日本軍隊大批進入我國東北地區，遭到留日學生和國內各界人士的強烈反對；中日訂立滿蒙、山東鐵路借款合同各2000萬元；北京陸軍部與日本銀行團訂立參戰借款合同2000萬元：美國向英、法、日三國提議聯合組織四國銀行團，共同對華投資，包攬貸款；上海英美煙公司煙廠工人罷工：上海英商祥生船廠工人罷工；上海日商日華紡織公司女工千人罷工；陳獨秀、胡適等主編的《每周評論》在北京創刊；孫中山於夏天致電列寧和蘇維埃政府稱："中國革命黨對貴國革命黨所進行的艱苦鬥爭，表示十分欽佩，並願中俄兩黨團結共同鬥爭。"
炮擊督署事件
炮擊督署事件是孫中山在護法戰爭中為維護《臨時約法》，打擊軍閥企圖扼殺軍政府的陰謀而采取的一次軍事行動。
年，張勳複辟失敗後，段祺瑞乘機控製了北京中央政權。他雖以再造民國的"英雄"自居，但卻拒絕恢複《臨時約法》和國會，暴露出假共和、真專製的麵目。為此，孫中山毅然舉起了"護法"的旗幟，表明了堅持民主革命立場，反對專製統治的態度和決心。隨後，孫中山組織了護法軍，召開"非常國會"，在廣州成立了以維護"約法"為目標的軍政府。這時，盤距兩廣的桂係軍閥陸榮廷和稱霸雲南的滇係軍閥唐繼堯，為鞏固地盤，都想利用孫中山的威望，與段祺瑞的"武力統一"相對抗，表示願意追隨孫中山，參加護法戰爭，廣東便成為護法運動的根據地。隨後，湖南、貴州、四川、陝西、湖北、河南、山東等10多個省區，紛紛打出了護法的旗幟，宣告自主，脫離北京政府。孫中山乘機製定護法戰爭的軍事計劃，準備會師武漢，大舉北伐。
然而西南軍閥隻是借"護法"之名，來加強對抗皖係軍閥的聲勢，並非想助孫中山恢複共和製度。隨著護法戰爭的順利發展，他們的真麵目便暴露出來。當桂係和滇係軍閥分別控製了湖南、四川兩省後，很快與直係軍閥實行妥協。1917年11月28日，桂係軍閥陸榮廷不顧孫中山的反對，通電主和。桂係軍閥還暗中勾結西南各省，組織"護法各省聯合會"，與軍政府分庭抗禮，排斥孫中山。陸榮廷曾幾次表示不與軍政府合作。孫中山為了使護法運動堅持下去，一麵爭取地方派軍人為同盟，以與桂、滇軍閥抗衡；一麵派人到各縣招收民軍，擴充實力。但是，桂係軍閥廣東代理督軍莫榮新在接到各縣關於孫中山招收民軍的報告後，卻命令各縣將孫中山所派招兵人員及新招衛土60餘人以土匪的罪名任意槍殺。孫中山要求莫榮新嚴懲肇事者，向軍政府謝罪，莫不予理睬。1917年12月下旬，有兩個招兵人員在廣州被捕，孫中山寫信要求保釋，但莫榮新連信也不回，就把這二人槍決了。這一係列的事件，使孫中山忍無可忍，決定懲罰莫榮新。