安福國會召開後，首先需要解決的問題是選舉大總統。皖係組織安福俱樂部操辦國會選舉最主要的政治目的就是把馮國璋趕下台。按照1913年10月《大總統選舉法》的規定，大總統的任期為五年。袁世凱於1913年10月10日就任大總統，死後黎元洪繼任，1917年7月黎去職，由馮國璋代理。因此，馮之任職到1918年10月9日即滿法定期限，10月10日應為本屆大總統任職之日。所以安福係大造輿論，必須盡速改選總統。馮國璋自知為皖係所不容，一再表示"決不再作馮婦"，不願再當總統。皖係本想推段祺瑞為大總統，但此時段由於受到各方麵的壓力，不便直接登台：首先是皖係的賣國獨裁政策激起各方反對，段祺瑞在全國人民眼中的形象已很不光彩，被看作禍國殃民的罪魁禍首。其次是直、皖兩係矛盾日益尖銳，在前方的直係將領屢屢發出罷兵議和的通電，反對皖係的武力統一政策。如果安福係公然去馮選段，勢必加深直、皖分裂，導致整個北洋係解體。同時，段祺瑞對西南護法各省用兵失利，武力統一政策破產，也使段處於不利地位。於是段知難而退，表示不但自己不任總統，而且為了避免北洋派分裂，可以陪馮國璋一起下台，放棄內閣總理的職位。在這種情勢下，段祺瑞和皖係軍閥、安福係政客共同議定，選舉北洋派元老徐世昌為大總統。徐世昌，字卜五，號菊人。前清進士，曾任翰林院編修。1895年（清光緒二十一年）隨袁世凱在天津小站編練新建陸軍，成為袁的主要策士。後曆任清朝軍機大臣、巡警部尚書、東三省總督、郵傳部尚書、皇族內閣協理大臣，並授體仁閣大學士。1914年袁世凱廢棄國務院，改設政事堂，他為第一任國務卿。袁氏稱帝時，封他為"嵩山四友"之一，可不對袁稱臣。此人資曆甚深，有豐富的官場政治經驗，為人圓滑，處世八麵玲瓏，長於權術，善觀風色。在直、皖對立和南北鬥爭中，他兩麵討好，以"調和者"自居；對皖係不即不離，對直係暗表親近，為直、皖兩係均能接受之人。段祺瑞更以徐世昌為文人，不掌兵權，易於操縱，故決定推出徐做大總統。馮國璋在自己不能保住總統權位的情況下，也讚成徐世昌上台，以緩衝直、皖矛盾。此外，以梁士詒為首的舊交通係和研究係都與徐世昌有政治淵源，也傾向徐。9月4日，參、眾兩院議員舉行總統選舉會，共出席議員436人，徐世昌以425票當選為中華民國第二任大總統。10月10日，徐在懷仁堂宣誓就職。同日，徐發布命令，免去段祺瑞國務總理職務，而以錢能訓代理。馮、段同時下野。馮返回河間老家休養，政治上完全失勢。而段仍任參戰督辦，手中掌握著7支裝備精良的參戰軍（後改為國防軍、邊防軍）；同時又控製著安福國會；內閣中也由皖係黨羽占據重要職位，所以皖係仍能控製北京政局。
安福國會的召開和徐世昌當選大總統，遭到西南護法各省及直係軍閥的後起之秀吳佩孚的反對。西南護法各省從"法統"觀念出發，認為安福國會是在皖係軍閥廢棄《臨時約法》、另組非法的臨時參議院所修定的國會組織法和兩院議員選舉法的基礎上產生的，因而是非法的；兼之其選舉過程全被皖係權勢和金錢所操縱，西南五省根本未參加選舉，所以不承認安福國會。他們並不反對徐世昌個人，但也不承認他的由非法國會中產生的總統地位，而仍承認馮國璋的代理總統地位。吳佩孚由於反對皖係的武力統一政策，也與西南持一致立場，並致電徐世昌，力勸其不可就任大總統，又通電各省，主張另選總統。所以直、皖矛盾並未因馮國璋、段祺瑞同時下台而消弭，反而愈演愈烈，以致1920年7月，終於爆發了直、皖戰爭，結果直勝皖敗。7月19日，段祺瑞通電下野，北京政府為直、奉兩係（以直係為主）所控製。28日，北京政府免去段祺瑞本兼各職，29日，明令懲辦徐樹錚、曾毓雋等安福係十大禍首。8月3日，下令解散安福俱樂部，7日，通緝王揖唐及安福係其他重要分子。至此，安福係隨著皖係軍事上的失敗而做鳥獸散。安福國會也在8月30日宣布閉會，隻是由於徐世昌及署理國務總理靳雲鵬與直係頭目曹錕、吳佩孚搞了一筆政治交易，才未加諸。
中日軍事協定簽訂