不過，非洲起源說隻是一種假設，它仍受到亞洲起源說的挑戰。早先未確定出在印度尼西亞發現的爪哇直立人的年齡究竟有多老，1994年重新測定30年代在印度尼西亞莫佐克托發現的直立人頭骨化石的年代為距今180萬前；1985年在中國重慶巫山龍骨坡發現了距今約200萬年前的早期直立人化石。如果這些化石的時間與性質不誤，那麼亞洲直立人的出現幾乎和非洲的能人、早期直立人同時。雖然這不足以說明亞洲人類是獨立起源的，但至少對非洲起源說所持有的直立人是距今150萬年或180萬年前走出非洲的觀點，產生了衝擊。目前人們開始傾向於，早期人類在大約200萬年前開始走出非洲。
雖然學術界多數人傾向於南方古猿是人類的直接祖先，但正如吳汝康先生指出的，從現有的各方麵資料來看，南方古猿還隻是從猿到人過渡階段較晚的類型，應當還有比現有的南方古猿更早一些的過渡階段的早期類型，這些早期類型的化石，還有待未來的發現。比南方古猿更早的古猿在亞洲有土耳其的安卡拉古猿、中國的祿豐古猿，在歐洲有希臘的奧蘭諾古猿，在非洲有肯尼亞的肯尼亞古猿等，它們都是在地質時期的中新世（距今2300萬至500萬年前）中、後期繁衍的大型古猿。由於這些古猿化石主要是少量破碎的頭骨和牙齒，肢骨的材料更少，目前尚不能肯定它們已能兩足直立行走。
二、現代智人起源探索
大約200萬年前走出非洲後的這些人的命運如何，即他們是否從直立人順利地進化到了現代智人，學術界存在著爭論。概括起來主要有兩種觀點，即現代智人起源的“單中心論”和“多地進化說”兩種假說。
由直立人進化而來的智人分為早期智人和晚期智人。早期智人是直立人與現代智人間的過渡類型，出現於距今約20萬年前；晚期智人即現代智人，是指具有現代人體質特征的人類，大約形成於距今5萬年前。現代智人一般依據體質上某些能遺傳的性狀而劃分不同人種（或種族）。即白種人（或高加索人種、歐羅巴人種）、黃種人（或蒙古人種、亞美人種）、黑種人（或尼格羅人種、阿非利加人種）三大人種。或把棕種人（或澳大利亞人種、大洋洲人種）從黑種人中劃分出來，形成四大人種。所有的人種，都屬於同一生物種——智人種，人種間的差異相當於同一物種之下的亞種或更小的地方變種。那麼，這些人種的遺傳性狀是何時開始形成的呢？
單中心論者認為，人種分異始於智人階段。在人類的發展過程中，並非世界各地所有的直立人都能進化為智人，或者並非所有的早期智人都能進化為晚期智人，僅是世界某一特定地區的古人類首先演化為現代體質類型的智人，然後由這單一的中心向亞、非、歐洲等地區遷徙和擴散，最終分別替代了各地原有的古人類，並適應當地的環境而形成了具有不同體質形態的人種。因此，這種觀點也被稱為“遷徙論”或“替代論”。對於這個單一演化中心的所在地，曾經出現過西亞起源說，但目前則以非洲起源說為主。
20世紀50年代，美國人類學家豪厄爾等人認為，在以色列發現的距今約4萬至6萬年的智人化石，是世界上已發現的最早的具有現代解剖特征的人類，現代人的祖先正是由西亞這一中心向四周遷徙和擴散，分別替代了各地原有的古人類，最終演化為現代各人種的。但不久，在非洲發現了更早的具有某些現代人解剖性狀的智人化石，在歐洲發現了所謂“進步性尼人”化石，亞洲也發現了許多智人化石。
於是，西亞說受到了挑戰。
非洲因發現有大量的從人科古猿到現代智人的係列化石，曆來受到人類學界和考古學界的特別關注。在南非、埃塞俄比亞、坦桑尼亞、肯尼亞都發現了早於10萬年且具有現代人解剖特征的人類化石。許多人類學家相信，非洲是現代智人最早的起源地。非洲智人化石的研究結論也得到了分子人類學研究成果的支持。
1987年，美國加利福尼亞州大學伯克利分校的分子生物學家坎恩、威爾森等組成的研究組，選擇了現代非洲、歐洲、亞洲、澳大利亞等地147位婦女胎盤細胞內線粒體中的脫氧核糖核酸（mtDNA）進行了分析比較，提出了生活在地球上的現代人類的共同起源於非洲的觀點，即“夏娃理論”。隨後該研究組采用改進的方法進行了進一步的研究，並為這一結果提供了新的證據支持。概括起來，這一假說的主要內容有四個方麵：