良渚文化玉器在地下埋藏四五千年，大多因受沁而在質地和色澤上發生變化，有的成為表麵光亮的黃褐色，有的變為雞骨白。因而人們往往會提出這一樣一個問題，這些玉器是不是真玉？
真玉在礦物學上包括硬玉和軟玉兩種，均為鏈狀矽酸鹽礦物。硬玉即翡翠，中國的翡翠製品出現較晚。軟玉是致密塊狀的角閃石組角閃石類的透閃石-陽起石係列礦物，呈顯微纖維結構，質地堅韌，比重2.96至3.17，摩氏硬度5.5～6.5度。
軟玉是中國古代最常用玉材，其品種有白玉、青玉、碧玉、墨玉、黃玉等。
綜觀太湖流域新石器時代玉器的發展，最遲在馬家浜文化時期就開始了有意識地製作玉器，當時采用原料大多是石髓、瑪瑙、瑩石之類的美石，尚未發現透閃石-陽起石係列的軟玉。對軟玉的認識和利用，大致濫觴於崧澤文化。在崧澤文化墓葬出土的玉器中，軟玉已占相當比重。發展至良渚時期，雖然瑩石、葉臘石、綠鬆石、葉蛇紋石等似玉美石仍在使用，但數量已較少，且主要用於製作管、珠等小件的飾品，此時大部分玉器為軟玉製品。這一點通過對草鞋山、張陵山、寺墩、福泉山、反山、瑤山等遺址出土的不同階段、不同規格的玉器標本所作的礦物學比重測定、顯微纖維結構分析、稀土元素特征測定、PIXE分析等，得到了證實。如南京礦產地質研究所鄭建曾鑒定了良渚文化玉器59件，其中草鞋山5件、張陵山12件、寺墩33件、張陵山東山9件；中國地質科學院地質研究所聞廣曾鑒定了良渚文化玉器23件，其中草鞋山11件、張陵山4件、寺墩2件、張陵山東山6件。上述玉器中有14件由兩位先生分別取樣各自鑒定，故實際鑒定玉器為68件。除絹雲母、纖維蛇紋石、瑪瑙、硬水鋁石5件外，63件皆為透閃石-陽起石係列的軟玉。這表明良渚文化玉器是以軟玉亦即真玉為主體。
良渚文化玉器的原料來源，學術界一直存在著異地運輸和就地取材兩種觀點。
就目前材料看，良渚人就地取材的可能性更大些。理由有二：一是如果把對良渚文化出土玉器標本所進行的礦物學測定結果，同其他地區的玉石標本進行比較的話，可以發現，良渚文化的軟玉樣品大都是接近平行的顯微纖維結構，不同於新疆和田的軟玉及河南淅川、四川汶川、遼寧寬甸等軟玉，與已知的中國各玉礦所產軟玉的典型顯微纖維結構均不相似。這至少表明，良渚文化玉器的原料不是來自中國目前已知的軟玉產地。二是1982年地質專家在江蘇溧陽南部天目山餘脈小梅嶺地區發現了透閃石軟玉礦床。經取樣鑒定，硬度5.5～6度，比重2.98，質地細膩堅韌，色澤呈白色、青綠色，有較好的透明度，呈蠟狀光澤。1990年，考古和地質工作者在江蘇溧陽小梅嶺聯合調查，發現了產於中生代燕山期花崗岩與下二疊紀棲霞組鎂質大理石岩接觸帶玉礦。這雖是迄今為止在江浙一帶發現的唯一玉礦，但已能說明在礦物資源上，良渚文化人群有可能在本地區發現並開采玉石資源。
值得注意的是，良渚文化玉器所用軟玉大致分為兩類：一類質地細膩，含雜質和雜色較少，未受沁時呈半透明的淡湖綠或綠色，受沁後則呈“雞骨白”或“象牙黃”。這類玉料多用以琢製琮、鉞、璜、玉梳背等器型。另一類所含雜色和雜質較多，未受沁時呈墨綠色，受沁後呈現出紋理與濃淡不一的斑雜畫麵。此類玉料主要用來琢製玉璧、高節玉琮等器物。這種人為造成的玉料差異可能體現了玉材品位與不同等級的某種聯係。
人們特別感興趣的問題是：在既沒有青銅、更沒有鋼鐵的良渚文化時代，對硬度超過一般岩石和金屬的玉料，是怎樣進行加工使之成為品類多樣、紋飾繁細的精美玉器的呢？
當時製作玉器的各種工具，至今幾乎沒有發現確切實物，因此人們隻能主要根據玉器上遺留下來的各種加工痕跡和棄料，並借助於明清以來有關琢玉工藝的文獻記載和遺留實物來進行探討。