因此，周恩來1956年1月14日在中共中央召開的關於知識分子問題會議上的報告，也包括陳毅意見在內。
正如陳毅所說，關於知識分子問題的指示和周恩來的關於知識分子問題的報告是“頗為全麵”的。對知識分子充分發揮其力量，不斷提高其政治覺悟，大規模擴大其隊伍，盡可能迅速地提高其業務水平，都講到了。報告強調了知識分子在各條戰線上的重要作用，也強調了“黨中央認為：對於舊時代的知識分子必須幫助他們進行自我改造，使他們拋棄地主階級和資產階級的思想，接受工人階級的思想。”報告特別指出：“目前在知識分子問題上的主要傾向是宗派主義，但是同時也存在著麻痹遷就的傾向。”還具體規定“必須保證他們至少有六分之五的工作日用在自己的業務上，其餘的時間可以用在政策學習、必要的會議和社會活動方麵。”指示和報告都是符合當時知識分子隊伍基本需要的，對知識分子的隊伍中先進、中間、落後和極少數敵對的情況也有明確的分析，並沒有象在實踐中特別是在反右的拔白旗”以後那樣給廣大知識分子一律扣上資產階級知識分子的帽子。 所以這次關於知識分子問題的指示和報告，與隨後不久，毛澤東在《論十大關係》講話中提出的“百花齊放、百家爭鳴”的方針，鼓舞了廣大的知識分子，激發起加強自身思想改造、學習馬列主義和鑽研業務的熱情。
1957年的反右派鬥爭陳毅沒有參加。因為他在1956年秋季因疲勞過度，在出席印度駐華大使的宴會中突發腦貧血暈倒；經查還有高血壓、動脈硬化、心肌硬化等病，休養長達一年多未能視事。
然而作為副總理的陳毅即使能夠“視事”又有何用呢?反右擴大化之風刮起後，不可抗拒。陳毅的好友不止一個被劃為右派、陳毅的成都老同學、勤工儉學同去法國、同被押回的金滿城，在人民文學出版社工作，也被打成右派。陳毅所能做到的，隻是照常和他來往，並彙集大包材料，讓他撰寫有關留法勤工儉學的書稿，使他得到些慰藉而已。
當然，既然管科學、管文化，在具體工作上陳毅還是有權照顧各種人才，促進各種業務的。他對中國圍棋(以及象棋)的發展作的貢獻便是突出事例之一。他多次召集棋藝界講話，傳達中共中央的關懷和國務院的規定。他告訴大家：賀老總同意，錢由他出，編製上劃歸體委管理，待遇可按大學教授、講師的標準，可以自辦棋類刊物，出棋譜、出個人專輯，光明、文彙、新民等報刊登載棋譜和比賽情況。在他的鼓勵和支持下，新中國第一部《圍棋名譜精選》很快問世。陳毅的題詞說明他的見地。
紋枰對坐，從容談兵。
研究棋藝，推陳出新。
棋雖小道，品類最尊。
中國絕藝，源遠根深。
繼承發揚，專賴後昆。
敬待能者，奪取冠軍。
後來，他又把圍棋溶合進中日友誼的暖流中去，確實推動了兩國棋藝的發展和人民的友好。日本棋院先後授予他名譽七段、名譽八段。
對於多種體育、文藝活動，他都很關心，而且積極使他們成為外交工作的開路先鋒，東方歌舞團便是他很重視的“文藝大使”。
運動一個接著一個，“大躍進”和人民公社運動又來了。陳毅的頭一度發熱膨脹，也跟著說了一些冒進的話，但當外交部院子裏也築起了小高爐冒煙煉鐵的時候，他的頭腦很快清醒起來。外交部不辦外交!花大功夫去煉報廢的鐵疙瘩!尤其是全國不講科學，把真正的科學家恥笑為扯革命後腿的資產階級知識分子，使陳毅感觸殊深。