三叉神經炎：臨床上較少見，多為其末梢部分受損，常因口腔、副鼻竇等慢性化膿性感染所引起，偶或在瘧疾、上呼吸道感染後發病。一般為持續性鈍痛，彌散而深在。受累神經分支的走行區，尤其穿出骨孔處壓痛較顯著。其分布區內常有感覺障礙、反射改變（如角膜反射消失）或咀嚼肌麻痹等。如侵害半月神經節，則可出現帶狀皰疹。
舌咽神經痛：亦為短暫發作性劇痛，有時可與三叉神經下頜支痛相混淆，但其疼痛部位主要局限於一側舌根、軟齶、扁桃體、咽部及耳等處，且常在進食、吞咽、咳嗽、說話時誘發。另外，也有疼痛觸發點，但多位於舌根或扁桃體部。卡因噴塗於該區能使疼痛暫獲緩解，即可確診。
蝶齶神經痛：偶可與三叉神經第I、I支痛相混淆。但其痛區較三叉神經痛廣泛而深在，常始於鼻根和眼後部，繼而迅速擴及同側顏麵下部，並可向咽部、耳部以及頸臂或枕部放射。疼痛發作持續時間多較長，達數十分鍾至數小時，且往往伴鼻粘膜和眼結膜充血，以及鼻塞、流涕、流淚或流涎等症狀。行蝶齶神經節封閉常可立即止痛。
血管神經性顏麵痛：此病的命名及定義比較含糊，有學者稱之為麵型偏頭痛，其疼痛厚因可能與血管運動障礙有關，此病多見於青壯年。其疼痛分布與三叉神經痛不同，並不沿一定的神經分布，往往超出了三叉神經的分布範圍，疼痛部位多由顏麵開始，向顳部、頭頂、枕部甚至肩部放射。疼痛性質較為彌散深在、不易定位，疼痛開始發作時間較慢，持續時間較長（可持續數小時，甚而數日），可為鈍痛，亦可銳性痛、灼痛等。常伴有顳動脈充盈緊張，.若壓迫顳淺動脈或頸動脈，則可使疼痛減輕，病人不懼怕說話、咀嚼、吞咽及漱口等動作，也無誘發疼痛的“扳機點”。本痛用普魯卡因阻滯神經傳導時，不能抑製疼痛發作，給以血管收縮藥物，鎮痛止痛藥（如麥角胺）往往有效。
周期性偏頭痛性神經痛：本病又稱叢集性或組織胺性頭痛，其表現亦為一側麵部發作性劇痛，有時易誤診為三叉神經第I、I支痛。此種疼痛主要位於眼、顳部，甚而波及整個一側麵部乃至頸、肩部。疼痛多為跳痛或灼痛性質，常於夜間突然發作。往往持續數十分鍾至1-2小時。發作期間常伴患者流淚，鼻塞或流涕等現象。必要時可作組織胺試驗幫助鑒別（皮下注射磷酸組織胺溶液0.1毫克，倘在20-40分鍾內出現疼痛發作，即可確診）。
偏頭痛：典型的偏頭痛多見於青、中年女性，常有頭痛史及明顯的家族史，為血管舒縮不平衡所造成的單側頭痛。疼痛發作前多有視覺先兆，如視物模糊不清或眼前出現黑點等。疼痛位置深在，其範圍往往可越出三叉神經分布區域。疼痛性質多為搏動性跳痛或鈍痛，持續時間長，一般數小時甚或長達一天才能緩解，發作時往往伴惡心、嘔吐及顏麵運動紊亂等。服用麥角胺類藥物可預防疼痛發作。
舌灼痛（舌麻刺痛）：此種舌部疼痛，常因咀嚼不慎或其它原因引起的舌根部不適或疼痛，如粗糙堅硬的食物或過燙的飲料損害等。因此病人經常伸舌照鏡檢視，當其一旦發現舌很部的結構如葉狀乳頭或淋巴濾泡時，就疑為贅生物而感到懼慮，故在長時期內頻繁的自行檢視，導致舌肌與筋膜的過度牽伸而發生舌與咽部的麻刺痛。此種疼痛性質為灼熱樣鈍痛，無陣發性疼痛，不影響語言、咀嚼及吞咽動作，而往往隨著工作或學習的注意力集中而使麻刺痛消失。由於病人經久的伸舌或扭曲習慣，使舌的向外伸展長度明顯增加，故檢查時不需要牽拉即能看舌根部組織結構，有的舌緣或舌尖部粘膜及乳頭可見水腫、充血等。
副鼻竇炎：急性上頜竇炎時，通常有上頜部持續性鈍痛和局部壓迫感，個別重病例可因水腫壓迫鄰近的神經分支而使疼痛沿三叉神經徑路放射。額竇炎時，主要為額部鈍痛伴眼眶周圍脹滿感，而且多為持續性，但也可因分迠物引流不暢而陣發性加劇，並呈燒灼樣劇痛，特別是在臥位時尤重。這些疼痛偶爾可與三叉神經第I、I支疼痛相混淆，但病前有感冒史，鼻腔有膿性分秘物、粘膜充血、水腫，局部有叩、壓痛，以及X線攝片顯示病理改變等，可資鑒別。個別疑難病例，可借下述方法協助鑒別額竇炎和眶上經痛，用浸過乙醚的紗布敷於額竇區（緊閉眼）而使局部冷卻，若為額竇炎，則因減少充血而使疼痛減輕或消失，而在眶上神經痛時，則由於對冷刺激敏感反而疼痛加重。
鼻中隔彎曲：有時亦可引起一麵痛，可能係由於鼻中隔彎曲部機械壓迫中鼻甲而反射性刺激蝶齶神經節所致。本症常見於窄長麵型伴鼻部長而鼻腔狹窄者。其表現為發作性或持續性一側麵部鈍痛或灼痛，並伴有眼後壓迫感，嚴重者疼痛可向同側顳部、乳突及枕部放射。檢查時常見鼻中隔後上部彎曲，如局部噴塗可卡因溶液，可暫時止痛，即可確診。手術切除鼻中隔彎曲部分往往可解除疼痛。
急性青光眼：本病係因眼壓增高刺激三叉神經第I支乃至第I支，而常伴有較持續的患側前額、眼眶周圍劇痛及眼球脹痛，嚴重時則可向顳部放射。檢查時可見眼充血、眼壓增高、瞳孔擴大和對光反應遲鈍或消失、視力減弱等。
急性牙髓炎：在臨床上最易將三叉神經痛誤認為牙痛，以致許多病人因此而拔牙，甚至拔除全部牙齒；同樣，有時也將牙痛誤診為三叉神經痛而行神經分支酒精封閉。急性牙髓炎時，通常伴有上牙或下牙的自發性劇烈疼痛，並且可由於影響三叉神經第I或第I支而沿其徑路放射。早期，疼痛多為發作性，持續15-30分鍾，間歇2-3小時，冷、熱或機械刺激病牙往往可誘發或加劇疼痛。隨病變不斷進展，疼痛越來越劇烈和持久，多呈跳痛性質，並沿相應的三叉神經分支向遠、近端放射，以致病者不能指出具體發病部位。此種疼痛有一顯著的特點，即夜間疼痛異常劇烈，另外根據發作持續時間長，無誘發疼痛“扳機點”，口腔檢查常見齲齒，X線攝片有陽性發現等，可與原發性三叉神經痛相鑒別。