1.對企業共同合作開發的項目，凡符合上述條件的，由合作各方就自身承擔的研發費用分別按照規定計算加計扣除。
2.對企業委托給外單位進行開發的研發費用，凡符合上述條件的，由委托方按照規定計算加計扣除，受托方不得再進行加計扣除。
對委托開發的項目，受托方應向委托方提供該研發項目的費用支出明細情況，否則，該委托開發項目的費用支出不得實行加計扣除。
3.企業根據財務會計核算和研發項目的實際情況，對發生的研發費用進行收益化或資本化處理的，可按下述規定計算加計扣除：
（1）研發費用計入當期損益未形成無形資產的，允許再按其當年研發費用實際發生額的50%，直接抵扣當年的應納稅所得額。
（2）研發費用形成無形資產的，按照該無形資產成本的150%在稅前攤銷。除法律另有規定外，攤銷年限不得低於10年。
4.企業實際發生的研究開發費，在年度中間預繳所得稅時，據實計算扣除，在年度終了進行所得稅年度申報和彙算清繳時，再依照本辦法的規定計算加計扣除。
5.企業集團根據生產經營和科技開發的實際情況，對技術要求高、投資數額大，需要由集團公司進行集中開發的研究開發項目，其實際發生的研究開發費，可以按照合理的分攤方法在受益集團成員公司間進行分攤。
（四）企業研究開發費用加計扣除的限定條件
1.法律、行政法規和國家稅務總局規定不允許企業所得稅前扣除的費用和支出項目，均不允許計入研究開發費用。
2.企業未設立專門的研發機構或企業研發機構同時承擔生產經營任務的，應對研發費用和生產經營費用分開進行核算，準確、合理的計算各項研究開發費用支出，對劃分不清的，不得實行加計扣除。
3.企業必須對研究開發費用實行專賬管理，同時必須按照本辦法附表的規定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發費用實際發生金額。企業應於年度彙算清繳所得稅申報時向主管稅務機關報送本辦法規定的相應資料。申報的研究開發費用不真實或者資料不齊全的，不得享受研究開發費用加計扣除，主管稅務機關有權對企業申報的結果進行合理調整。
企業在一個納稅年度內進行多個研究開發活動的，應按照不同開發項目分別歸集可加計扣除的研究開發費用額。
4.企業研究開發費各項目的實際發生額歸集不準確、彙總額計算不準確的，主管稅務機關有權調整其稅前扣除額或加計扣除額。
5.企業集團采取合理分攤研究開發費的，企業集團應提供集中研究開發項目的協議或合同，該協議或合同應明確規定參與各方在該研究開發項目中的權利和義務、費用分攤方法等內容。如不提供協議或合同，研究開發費不得加計扣除。
企業集團集中研究開發項目實際發生的研究開發費，應當按照權利和義務、費用支出和收益分享一致的原則，合理確定研究開發費用的分攤方法。
企業集團母公司負責編製集中研究開發項目的立項書、研究開發費用預算表、決算表和決算分攤表。
稅企雙方對企業集團集中研究開發費的分攤方法和金額有爭議的，如企業集團成員公司設在不同省、自治區、直轄市和計劃單列市的，企業按照國家稅務總局的裁決意見扣除實際分攤的研究開發費；企業集團成員公司在同一省、自治區、直轄市和計劃單列市的，企業按照省稅務機關的裁決意見扣除實際分攤的研究開發費。
（五）企業研究開發費用加計扣除的申報資料
企業的研究開發費用加計扣除需向主管稅務機關申報後，經主管稅務機關同意後方可實施。企業申請研究開發費加計扣除時，應向主管稅務機關報送如下資料：