公元196年七月，楊奉與漢獻帝一行抵達目的地，才發現故都洛陽已經殘破不堪。留守洛陽的百官有的餓死在斷壁殘垣之間，有的僥幸苟活，正忙著采集草籽來充饑。
荀彧聽說了漢獻帝的行蹤，便向曹操建議道：“現在，天子已經重返洛陽，而洛陽一片破敗，忠義之士無不希望扞衛國家的根基，老百姓懷念大漢昔日的輝煌而更加悲傷。在這樣的時刻，以尊奉天子的行為來招徠民意便能合乎天下大勢，以大公無私的品格令諸侯臣服便是最高明的策略，以弘揚正義的舉措去吸引英雄便是最值得稱頌的美德。如此一來，就算這世上仍然存在開曆史倒車的頑固分子，他們對您的阻礙作用也無異於杯水車薪。”
曹操聽了這番話，立即致信楊奉，表示自己糧食充足，可以接濟洛陽。八月，曹軍進入洛陽，一直排擠曹操的韓暹望風逃走。曹操一到洛陽便被漢獻帝任命為錄尚書事和領司隸校尉，開始參與朝政。九月，曹操接受董昭的意見，借口洛陽缺乏糧食，將漢獻帝及朝廷百官遷到自己的根據地許縣，並將許縣改名為許昌，作為東漢政權的新都城。曹操自任大將軍，徹底擺脫了楊奉等人對漢朝政權的控製，將漢獻帝牢牢地控製在股掌之中。
將漢獻帝迎往許昌，可以說是曹操政治生涯中的一個驚世傑作。劉協從登基即位的那一天開始，便是一個隻有皇帝之名而無皇帝之實的傀儡，這一點大家都心知肚明；然而他畢竟是國家最高權力的象征，誰掌握了他，誰就能以皇帝的名義向其他地方割據政權發號施令，這一點卻隻有曹操一人真正明白，這就決定了曹操日後所能達到的高度。
漢獻帝遷往許昌之後，曹操以天子之名加緊了剪除異己的步伐。漢獻帝先是下詔給當時已經據有青、冀、幽、並四州之地的袁紹，譴責他仗著地廣兵多而營私結黨，擅自討伐，有力地打擊了袁紹的囂張氣焰。隨後，漢獻帝又下詔給呂布，稱讚他誅殺董卓的功績，令其與曹操共同輔佐朝政。針對獻帝東遷後關中出現的權力真空現象，曹操采取了三個措施：一是任命侍中鍾繇為守司隸校尉，直接監督控製關中諸軍；二是命令涼州大將馬騰、韓遂分別將兒子送到許昌作為人質；三是通過漢獻帝的號令將關中的最高管轄權暫時交到自己手中。
第二年，曹操又派出使者，任命當時已經盤踞江東的孫策為騎都尉，命令他與徐州的呂布一起討伐在壽春稱帝的袁術。呂布雖然在事實上控製著徐州，卻也對曹操的強勢生出了幾分忌憚，隻得請求朝廷正式任命自己為徐州牧。荊州牧劉表為了自保，不得不在名義上臣服於曹操所控製的東漢政權，年年都向漢獻帝敬獻貢品。
公元198年正月，漁陽太守鮮於輔認為曹操“奉天子以令諸侯，終能定天下”，便率自己的部眾歸順了曹操。鮮於輔因此被任命為建忠將軍，都督幽州六郡，成為了曹操在袁紹後方安插的一顆棋子。
曹操“奉天子以令不臣”的棋局可謂布置得相當成功。漢獻帝遷都許昌之後，曹操不僅獲得了董昭、鍾繇等原漢室的臣僚，而且贏得了大批士人的歸心。經荀彧推薦，荀攸、郭嘉分別投奔曹操麾下，避亂江南的杜襲、趙儼也於次年返歸許昌。“許都新建，賢士大夫四方來集。”對曹操充滿政治信心的謀士從各方紛至遝來，為曹操出謀獻策，使曹操能“任天下之智力”，最終平定了廣闊的北方。在後來與袁紹的決戰中，曹操對天子的尊奉更是為他贏得了義戰之名，帶來了最終決勝的重要砝碼。
赤壁的“連環”之局——一場撲朔迷離的驚險戰役
一統北方之後，曹操回到鄴城，著手從軍事和政治兩方麵為南征做好準備。
公元208年七月，曹操采用首席戰略顧問尚書令和侍中荀彧的策略，親率大軍南征荊州。新繼位不久的荊州牧劉琮在驚慌失措中接受勸降，偷偷地歸附了曹操陣營，這時候正屯兵在樊城前線隨時準備抵禦曹軍的劉備卻還完全蒙在鼓裏。一直到曹操大軍抵達離樊城咫尺之遙的宛城時，劉備才意識到劉琮已經投誠。為避免陷入孤立，劉備隻好放棄樊城，率軍向南逃跑。
曹操得知劉備南逃的消息，立即召集曹純和荊州降將文聘等人，率領五千精騎追擊劉備。曹操率領的追兵日行三百裏，最終在長阪追上了劉備。劉備的兵力多達十萬，其中真正具有戰鬥力的士兵卻鳳毛麟角。