在魏忠賢的支持下，客氏也更加跋扈。客氏聽說張貴妃懷孕了，就對張貴妃說：“聽說你有身孕了，這真是陛下的福分，當然更是你的福分了。我這裏有宮中秘傳的保胎藥，你吃吃看，肯定好使。”張妃年輕，哪裏會料到客氏暗藏殺機，吃藥不久，就腹痛難忍，流產了。
東林黨人對於閹黨對他們的迫害和為所欲為忍無可忍。都禦史楊漣上疏熹宗，彈劾魏忠賢，給他羅列了二十四條罪狀。因為這些罪狀有根有據，並且都很嚴重，魏忠賢還真有點害怕。他到後宮，見到熹宗，撲通一聲跪下，眼淚劈裏啪啦就掉了下來。熹宗問道：“忠賢，你這是怎麼啦？”
“陛下，你把我的東廠提督免了吧。”
“這是從何說起？莫非是朕虧待了你不成？”
“陛下待我恩重如山，我幾輩子都忘不了，下輩子我還給陛下當牛作馬。隻是我當這東廠總督，得罪人太多。我都是為陛下做事，他們不敢把陛下怎麼樣，就拿我當箭靶子。這不，楊漣又捏造罪名彈劾我。我一個小小的太監，刑餘之人，哪擔當得起這個呀！陛下可得為小人做主啊！”
“你就為這個事啊？難道你還不相信朕嗎？朕什麼時候相信過他們的胡說？我根本就沒把楊漣的奏疏當作一回事。”
魏忠賢聽了皇帝這番話，心裏的石頭總算落了地。但他不肯放過進讒言的好機會，便說道：“陛下，他們用的還是那一套老辦法，名義上是指責我，實際上是攻擊陛下。比如，他們說，現在是生民凋敝，國運衰微。陛下聽聽，這哪裏是說我呀，這不分明是說陛下治國無方嗎？”
熹宗說：“是嗎？我怎麼沒有見到？你不識字怎麼反而記住了？”
魏忠賢一時有點語塞，停了一下，又立即說道：“這是他們給我念的時候，我聽到的。我對他們攻擊陛下的事總是特別留心，自然就記住了。”其實，這句話倒是真話，他讓識字的太監給他念，然後斷章取義，把人家本來是反問的話給記下來，作為攻擊他們的把柄。“楊漣自己並不幹淨。去年熊廷弼理應論死，可是楊漣受了熊廷弼的賄賂，那些東林邪黨就都替熊廷弼講情。”
“確有此事？”熹宗驚奇地問。
“那還假得了？我們東廠不是白吃飯的。”
第二天上朝時，魏忠賢宣布熹宗的旨意說：“近日楊漣上疏彈劾忠賢。經查，其中多不實之詞。自皇上登基以來，忠賢忠心耿耿，堪為楷模。雖屢受小人攻擊，仍不改夙誌，精神可嘉。皇上怎能因為有人攻擊，就把忠賢趕走？皇上決意留忠賢於禁中。楊漣去年就接受熊廷弼賄賂，為熊廷弼開脫。現在又挾嫌誣告，實為不赦。今免官問罪。”
魏忠賢說罷，一下子就在熹宗麵前跪下幾個人，都想進言。魏忠賢一看勢頭不妙，就大聲說道：“皇上疲倦，散朝。”熹宗巴不得趕快散朝好回後宮，聽魏忠賢這麼一說，果然站起來就走。但第二天就有七十多人聯名上疏，指責魏忠賢不法。熹宗哪裏聽得進去！
楊漣被關進檻車，送往大獄。一路上有上萬人擠在道路兩邊，他們邊哭邊喊：“楊大人無罪！”“楊大人為民請命！”還有人在路邊立上佛龕，祈禱神佛保佑楊漣平安歸來。楊漣見此情景，不覺淚流滿麵，堅信自己做得對。
審問楊漣的時候，判官徐大化是魏忠賢同黨。魏忠賢在朝上替熹宗宣布的聖旨就是徐大化先寫好了，然後一句一句教給魏忠賢的。為了討好魏忠賢，他對楊漣狠下毒手。他問楊漣：“楊漣，你為什麼羅織罪名，誣告魏總督？”
“我彈劾魏閹，所列二十四罪句句是實，絕無誣告。”
“你死到臨頭還嘴硬！大刑伺候。”接著，一頓大棒就向楊漣打去，直打得他昏死過去。
徐大化令人用涼水把他澆醒，又問他：“你挾嫌誣告，招也不招？”
“不招！”
“再打！”
就這樣，楊漣在獄中被打得體無完膚，直到被活活打死。
沒過幾天，工部郎中萬又上疏彈劾魏忠賢。魏忠賢當著熹宗的麵就說：“皇上早已查明忠賢無罪，你又來誣告。這是抗旨！來人，給我打！”上來幾個東廠的人，不由分說，把萬按倒在地，掄起棒子就打，直打得萬滿地打滾，氣絕身亡。
就這樣，正直的大臣有的被迫害而死，有的被趕出朝廷。葉向高受不過他們的汙辱和排擠，辭官歸家。一時間，朝廷中的正人君子為之一空，而魏忠賢的爪牙卻布滿了重要的崗位。他們編寫了《東林點將錄》《縉紳便覽》《東林同誌錄》等書，把東林黨人或不肯依附於魏忠賢的人士都列在上麵，尋找機會殺戮迫害或趕出朝廷。熊廷弼到底在天啟五年（公元1625年）被他們殺害。而那些諂事魏忠賢的人，則被魏忠賢稱為“義兒”，受到百般重用。