到西夏鼎盛時期，黑水城已不再是一座單純的軍事城堡，逐漸變成一座經濟、文化都較為發達的繁榮城市。當時的黑水城內，官署、民居、店鋪、驛站、佛教寺院以及印製佛經、製作工具的各種作坊布滿了城區，一派繁榮昌盛的景象。
1226年，北方蒙古汗國的成吉思汗率領大軍征伐西夏，首先攻克了黑水城，並由此南下，直取西夏的國都中興府，次年，西夏滅亡。元朝建立後，由於黑水城是漠北通往內地的重要交通樞紐，元朝統治者不僅派遣了大量軍隊來黑水城駐防，還從各地遷來許多漢族和蒙古族人，來這裏與當地人共同發展農牧業生產。這一時期的黑水城繼續發展，成為了當時的繁華城市。是當時“北走嶺北、西抵新疆、南通河西、東往銀川”的交通要衝和元朝西部地黑水城遺址區的軍事、政治、文化中心。
但是好景不長，14世紀中葉，這裏的情況發生了巨大的變化。昔日的綠洲被沙漠吞噬，變成了一片荒漠，昔日繁華昌盛的黑水城也變成了一座廢城。
1908年，俄國人科茲洛夫受黑水城傳說的吸引，為了尋找那藏在井中的大批珍寶，他率隊來到我國進行“探險”。此時正值我國腐朽的清王朝行將崩潰，對帝國主義列強的文化侵略失於防範。當年 3月科茲洛夫終於找到了哈拉浩特，並在這裏進行了發掘。1909年 5月，他們從西藏東部返回時又重到哈拉浩特，對這座古城再一次大肆發掘。他們雖然沒有找到所曾幻想的“神秘寶藏”，但卻在城外的一座塔內發現了一大批西夏文文獻。其中既有刻本，又有寫本，既有大量的佛經，又有多種多樣的世俗文獻。除此之外，還有漢文、回鶻文、蒙文、敘利亞文、突厥文等多種文獻。此次發掘甚至被稱為找到了一個“完整的書庫”。這批文獻運到彼得堡（列寧格勒）後，共編了 8000多個編號，大約有兩千冊書。
科茲洛夫的野蠻發掘給黑水城遺址造成了毀滅性的破壞，他在黑水城周際一共挖掉了 30多座原先保存完好的佛塔，幾乎毀了黑水城 80%的塔！科茲洛夫因為他的野蠻行為，在離開黑水城時似乎“良心”有所發現，他在自己的“考察記”中這樣寫道：“隨著考察隊與死亡之城距離的增加，不由自主的難過之情越來越強烈地控製了我。我仿佛覺得在這毫無生命的廢墟中，還存留著為我所親近、珍視以後將不斷與我的名字聯係在一起的東西，還有一些我舍不得與之別離的東西。我無數次的回望這座被塵土遮蓋的城堡，在和自己‘蒼老的朋友’告別時，我帶著某種可怕的感覺意識到，哈拉浩特城（黑水城）現在隻聳立著一座孤零零的塔了，這座塔的內容已經無可挽回地死亡了——被人類的好奇心和求知精神給摧毀了……”
失色的黑水城，成了今天那些仍然在關注著西夏文化的人們心中永遠的痛。此外，就要被大漠掩埋了的它向人們證實著這樣一個不爭的事實：今天被湮沒在沙海裏的城池是西夏王國當年最漂亮最發達的城市，而這裏的每一個沙丘都是牧人們當年的家！發白的牛骨、殘存的瓦礫、考古專家剛剛發現的 600年前的兒童幹屍都在向人們述說著黑水城的過去。而黑水城的敗亡之謎也吸引著我們繼續向前探索……