由於這次爆炸受害範圍僅限於北京城西南角長三四裏，周圍十幾裏的一小塊地方且災害區的人全部赤裸，而衣服卻飄蕩到幾十裏外的山上。使得人們對引起這場災害的原因百思不得其解。
有人認為是火藥致災。由於明末王恭廠是作為工部製造、儲存火藥的火藥庫。因此，自然很多人會認為，是王恭廠的火藥爆炸引起了這場災難。但是，這次奇災相當於 3萬噸黑色火藥爆炸的能量，而據史料記載，王恭廠內貯存的火藥最多不超過幾百噸，根本不足以形成將數裏外紫禁城中“大樹二十餘株盡拔出土”，庭院內“坑深數丈”這樣大的破壞力。
有人認為是隕石墜落。此說根據當時出現了“颶風一道，內有火光”，“西安門一帶皆霏落鐵渣，如米者，移時方止”，以及呈方向性的衝擊波、隕擊坑等記載，認為這場災變成因類似通古斯大爆炸，係隕石墜落造成。可是作為天文學很發達的我國，當時卻無隕石的記載，直到現在爆炸現場也根本沒有發現任何隕石。
還有人認為是地震。古籍對當天的記載，確實肯定地提到了地震。突變前地聲、火球很像地震的前兆，而整個突變過程都很像是地震。可是，地震說無法解釋受害者被脫光了衣服的現象。
也有人認為是颶風成災。這些學者解釋說很可能在災變發生的一瞬間，大氣壓幾乎為零，而人體內的氣壓遠遠超過外界，於是，就出現了受害者皆赤體的現象。同時各種雜物隨風飛升，被拋至遠處。不過，爆炸中出現的地震、火球、地聲現象是這種說法解釋不了的。
除此之外，還有多種猜測分析，如球形閃電、外星人入侵等等。但究竟哪一種或是哪幾種原因造成的這次慘絕人寰的大爆炸，至今還沒有令人信服的結論。
袁崇煥之死真是千古奇冤？
袁崇煥，祖籍廣東東莞。明萬曆中進士，從政之初，任福建邵武知縣。天啟二年（1622年），袁崇煥任兵部職方司主事。明朝後期，後金不斷侵擾明朝邊境，袁崇煥深感其辱，於是單騎出關考察關外形勢，回到北京後，袁崇煥自請守衛遼東。天啟六年（1626年），努爾哈赤率軍攻打袁崇煥守衛的寧遠城時被炸死，袁崇煥升至遼東巡撫。後被宦官彈劾，因而被撤職。
崇禎皇帝登基之後，為了解除後金對明的邊境壓力，任命袁崇煥為兵部尚書兼右副都禦史，督師薊、遼，兼督登、萊、天津軍務。崇禎二年（1629年），皇太極親率大軍避開袁崇煥的防區，直逼北京城下。袁崇煥得知消息後率部星夜馳援京師，迫使後金軍退回關外。後金軍撤退後，剛愎自用的崇禎皇帝中了皇太極的反間計，反而將袁崇煥逮捕下獄。《明史·袁崇煥傳》說：“會我大清設間，謂崇煥密有成約，令所獲宦官知之，陰縱使去。其人奔告於帝，帝信之不疑。”王先謙《東華錄·天聰三年》也有類似的記載，崇禎三年（1630年），崇禎帝以“袁崇煥咐托不效，專恃欺隱，以市米則資盜，以謀疑則斬帥”等罪名將袁崇煥處死於西市。
當時，京城百姓對袁崇煥恨之入骨，據史書記載：“遂於鎮撫司綁發西市，寸寸臠割之。割肉一塊，京師百姓從劊子手爭取生啖之。劊子亂撲，百姓以錢爭買其肉，頃刻立盡。開腔出其腸胃，百姓群起搶之，得其一節者，和燒酒生齧，血流齒頰間，猶唾地罵不已。拾得其骨者，以刀斧碎磔之，骨肉俱盡，止剩一首，三天讀懂中國五千年曆史懸案傳視九邊。”
由於努爾哈赤死於袁崇煥的大炮之下，而袁崇煥是崇禎皇帝中了皇太極的反間計而死，且“自崇煥死，邊事益無人，明亡征決矣”。因此有人認為袁崇煥的死是千古奇冤，袁崇煥是不折不扣的民族英雄。但也有人認為，袁崇煥的死在很大程度上歸罪於自己。那麼，袁崇煥到底是個什麼樣的人，認為袁崇煥並不是冤死的人又有什麼證據呢？
首先，錯失良機。寧遠大捷後，本是最好的反攻時機。當時努爾哈赤回到老家，曾哀歎若是此時明將率軍進擊，加上朝鮮、毛文龍部及周邊軍隊，後金四麵受敵，必會敗得很慘。然而袁崇煥有識無膽，竟然白白放過這個大好時機，讓努爾哈赤得以緩過一口氣來。曆史上努爾哈赤便是在這個時候頒下數條法令：包括通商、釋奴等等才使後金政權緩過勁來。