是因為李自成起義軍的軍餉得不到保障，而軍心不穩嗎？李自成大軍在北京通過肅貪追贓搞到了七千萬兩銀子，相當於明朝的十年稅收，這筆軍餉足可支撐他龐大的軍隊。
既然不是軍紀渙散導致的潰敗，那麼是什麼原因導致了號稱百萬雄兵，又有著雄厚財力保障的起義軍在進京 40天後突然間失去了戰鬥力——在清軍的攻擊下一觸即潰，兵敗如山倒，而且從此一蹶不振？
仔細地研究曆史，或許我們能得出一個驚人的結論，原來李自成並非敗於清軍和吳三桂，而是敗於當時肆虐橫行的鼠疫！
李自成行宮
鼠疫是鼠疫杆菌借鼠蚤傳播為主的烈性傳染病，係廣泛流行於野生齧齒動物間的一種自然疫源性疾病，也叫做黑死病。臨床上表現為發熱、嚴重毒血症症狀，伴有淋巴結腫大、肺炎、出血傾向等。此病遠在 2000年前即有記載。世界上曾發生三次大流行，第一次發生在公元 6世紀，從地中海地區傳入歐洲，死亡近 1億人；第二次發生在 14世紀，波及歐、亞、非；第三次是 18世紀，傳播 32個國家。14世紀大流行時波及我國。
按照大興縣誌記載，李自成進京前，北京出現了大量死耗子，隨後軍民發病，高燒、四肢無力、脖子腫大，而且患病者十死七八。這是什麼病？按現代醫學對照病症一看，這原來是可怕的鼠疫，大頭瘟或疙疽所描述的其實就是鼠疫的典型特征——淋巴腫大。鼠疫於崇禎十六年秋出現，十七年（1644年）春天，天氣轉暖，跳蚤、老鼠開始趨向活躍，大規模的鼠疫自然爆發，鼠疫先“消滅”了崇禎的禦林軍，讓李自成輕鬆進京。然後，鼠疫又感染了進入北京城的李自成大軍，起義軍自然戰鬥力大減，當然打不過清兵。最可怕的是，敗兵因此成了鼠疫傳染源，據文獻記載“賊過處皆大疫”。因此李自成雖然此時財雄天下，可以大規模招兵買馬，但新兵入伍即染鼠疫失去戰鬥力，兵力再多也沒用，始終無法抵擋清軍的虎狼之師。由於軍人是集體生活，所以鼠疫流行對古代軍人的打擊是毀滅性的。鼠疫蔓延軍營，且長時間無法擺脫，李自成的精神遭受毀滅性打擊，因此痛失江山並一蹶不振，“無可奈何花落去”。以當時的科技水平，無論是崇禎或是李自成都不可能了解這種可怕的傳染病，都不知道自己的精銳部隊已經在短時間內失去了戰鬥力。他們的失敗不可避免。
也許有人會問，清軍就不會被鼠疫傳染嗎？科學研究發現，鼠疫傳播過程有一個必不可少的傳播中介——跳蚤。由跳蚤吸咬病鼠或病人的血後，跳蚤被鼠疫杆菌感染而發病。發病的跳蚤吸血困難而十分饑餓，因而不斷叮咬人、鼠並反吐被鼠疫杆菌汙染的血。導致更多人、鼠被感染鼠疫。但是，奇怪的是，跳蚤有一個奇怪的習性——它討厭馬的味道。我們在現代傳染病研究的文獻中可以發現鼠蚤的寄生對象沒有馬。所以騎兵很少會被傳染。而清軍八旗兵幾乎全是騎兵。所以清兵能夠在鼠疫流行中幸存，以飽滿精神攻擊對手。
翻看曆史，精明能幹的努爾哈赤不能戰勝不大過問政事的萬曆皇帝滅掉明朝，而明顯才幹不高的順治卻能取代勵精圖治的崇禎與豪情萬丈的李自成入主中原，僅僅因騎兵招跳蚤討厭！真正令人拍案稱奇！
明朝滅亡後崇禎子女跑哪兒去了？
明崇禎十七年（1644年），闖王李自成在西安建立大順政權後，率領農民起義軍直搗北京。同年三月十六日包圍北京，開始發動猛攻。崇禎十七年三月十九日，崇禎皇帝見大勢已去，迫周皇後自殺，又手刃妃、嬪、公主後，到萬歲山（今景山）吊死在一棵槐樹上。明朝就此滅亡。與此同時，讓人們感到困惑不解的是明朝末代皇帝的子女們哪兒去了？
金庸先生曾在小說《鹿鼎記》中描繪了一位白衣俠女，纖塵不染，神功蓋世浪跡江湖的尼姑形象。據說她乃是大明崇禎皇帝的女兒長平公主，但這畢竟是小說故事。據《明史》記載：崇禎皇帝在皇宮中砍傷 16歲的長平公主後，長平公主暈死在血泊中，長平公主後來被人發現，抬到周皇後的父親周奎家中，5天後竟然蘇醒過來。當她醒來的時候，北京城已經成了大順天下。周奎不敢收留她，就把她交給了李自成，李闖王見公主居然死而複蘇，感到很意外，於是將她交給劉宗敏救治。“大順”隻在北京城裏待了兩個月，就結束了它的曆史使命。李自成沒有來得及帶上長平公主，就在清軍的追擊下敗逃遠去。