事實上，忽必烈第一次發兵東征，主要意圖就是通過武力威脅，迫使日本臣服，並不想占領日本。而總指揮忻都返回中國後為了保住自己的麵子，就跟忽必烈說，蒙古兵已經攻入了日本，並且打敗了他們。
作為無敵於天下的蒙古軍隊來講，這樣的消息是合情合理的。忽必烈很高興，他以為日本吃了這次苦頭後，會給臉就要的。於是派杜世忠等人持國書出使日本，以建立友好關係。不想日本政府拒不接受國書，反將這些人全部殺掉了。
忽必烈知道這個消息是四年後，南宋滅亡時，他才想起了杜世忠等人。當他再讓南宋降將範文虎派人出使日本時，這些被派出去的人又遭殺害。
忽必烈哪裏受過這樣的氣，一個小國居然敢這樣輕視我大元帝國。一定要把他們殺得一幹二淨才罷休！
忽必烈命範文虎去江南收集張世傑舊部及其他自願從軍者計十萬人，戰船三千五百艘，組成江南軍，由範文虎統率，從慶元（今浙江寧波）起航，跨海東征日本。另一方麵，命洪茶丘至東北，招募沈陽、開原等地自願從軍者三千，歸洪茶丘統領。那個一旦遇到特殊情況就喪失信心與智慧的前東征總指揮忻都仍統領蒙族軍。考慮到高麗跟日本人的仇恨，忽必烈又任命高麗將領金方慶為征東都元帥，統率高麗軍一萬、水手一萬五千，戰船九百艘，軍糧十萬石。三軍合計近四萬人，組成東路軍，取道高麗東征日本。
軍事部署完成後，忽必烈於至元十八年（公元1281年）正月，召集兩路征東軍統帥會議，並任命宿將阿刺罕為兩路軍總指揮。會議確定，兩路軍各自擇日出發，於六月十五日至壹岐島會師。同時，忽必烈命令各船攜帶農具，以備占領九州島後做屯田之用。
從這件事就可以看出，忽必烈和他的蒙古軍隊並非是以殺人為業的，他能統一地球四分之三的陸地，還是具備了一定智慧的。
至元十八年（公元1281年）初，元世祖忽必烈征日軍事部署已經基本完成，即將擇日下令出征。恰值此時，高麗王上書朝廷稱日本武士犯邊。於是，忽必烈下令征日大軍出發。五月三日，元軍東路征日軍進攻對馬島的世界村（上島佐賀浦）、大明浦，守島日軍堅決不想活了，頑強抵抗，但他們被全部殺掉。元軍占領對馬島後，大肆殺掠。二十六日，東路大軍進入隱歧島。元軍占領隱歧島後，理應按忽必烈在軍事會議上的指示，在此等待江南軍。但是，蒙古人忻都自恃有上次戰爭的經驗，且兵力多於上次，尤其是出於對於南宋降將蔑視的心態，恐怕江南軍搶占首功，因而在沒有對日軍的防禦措施進行偵察的情況下，貿然率軍自隱歧島出發，駛向博德灣。
他真是丟盡了蒙古人的臉，在遇到日軍的頑強抵抗後，戰鬥持續到六月十三日仍舊不能進得半步。此時，正值盛夏時分，蔬菜和飲水供應都非常困難，內陸士兵長期在海上生活和戰鬥，不但疲憊不堪，還非常容易地患上了各種疫病。在這種情況下，搶占博德灣的計劃已難以實現，遂決定於六月十五日從誌賀島撤退，駛向壹岐島，與江南軍會師。
日本人占了地利，所以，就在七月二十七日元軍準備撤到壹岐島的途中時，先頭部隊受到了日本水軍的攻擊。範文虎與忻都想要先攻大宰府，結果兩個人就像患了偏癱一樣，遲遲不展開反攻，隻在海上飄蕩。到了八月一日，海上一陣台風襲來，元軍的厄運再次到來。
在此次“神風”的襲擊下，蒙古東路軍損失三分之一，江南軍損失一半，一些靠近海岸的士兵被日本人屠殺或溺死。也就是說，蒙古人第二次東征日本又以慘敗而告終了。
蒙古人東征的失敗讓忽必烈知道了一件事，這個世界上還真有自己的民族征服不了的國家。他經過各種資料的彙編與分析，得出一個結論，這個結論也是日本人最信奉的：日本有神風保佑，人間一切力量都不能左右日本。
很多人都見識過台風的威力，我們現在已經不知道當年那兩次台風的級數了，但有一點是可以肯定的，元軍即使不遇上台風，攻下日本也是非常困難的。