在清朝王爺中，恐怕沒有誰留下的千古謎團比多爾袞多：努爾哈赤死時，他的母親阿巴亥是被逼殉死還是自盡？他擔任攝政王，孝莊太後是否下嫁與他？他稱“皇父攝政王”的真實含義是什麼，是否太後下嫁的旁證？他一生多病，39歲猝死塞外的病因是什麼？還有，他死後先是被追封為皇帝，為什麼又在一夜之間被焚骨揚灰，成了死不足赦的罪人？這些謎團，至今撲朔迷離，給後人留下了極大的想象空間。
先說生母殉葬之謎。多爾袞的母親阿巴亥，烏拉那拉氏，是清太祖努爾哈赤的第四個妻子。她是海西烏拉部長滿泰貝勒的女兒，生於明萬曆十八年（1590年），12歲嫁努爾哈赤。當時，努爾哈赤已43歲。兩年後，大妃（大福晉）孟古哲哲葉赫那拉氏（皇太極之母）病逝，努爾哈赤很快立阿巴亥為大妃。她先後生下努爾哈赤的第十二子阿濟格、第十四子多爾袞、第十五子多鐸。後金天命五年（1620年），努爾哈赤因阿巴亥傾心於大貝勒代善，與她憤而離異。但感情難以割舍，不久又與她複婚。天命十一年（1626年）八月，努爾哈赤在返回盛京途中病危，速召阿巴亥。她立即乘船沿渾河而下，在船上與努爾哈赤相見。行至距盛京尚有20公裏的靉雞堡，努爾哈赤病逝，遺體當夜急送盛京。努爾哈赤臨終前，對阿巴亥仍充滿眷戀。但她做夢也想不到，努爾哈赤撒手塵寰之日，也就是她死期來臨之時。
關於阿巴亥的死，在清朝的官修史書中就有不同說法。
在成書最早的《清太祖武皇帝實錄》中，阿巴亥被描繪成容貌豔麗，卻心懷嫉妒的人，因此屢屢引起努爾哈赤不悅。努爾哈赤擔心自己死後，阿巴亥會危害國家，所以，預先遺言給年長諸子，到時候必須令她殉死。就在努爾哈赤死去的第二天清晨，努爾哈赤年長諸子代善、皇太極等告訴阿巴亥，按照父親遺言，她必須自盡，以便死後繼續服侍他。當時，阿巴亥隻有37歲，風姿綽約，正值盛年。基於對人生的留戀和對愛子的牽掛，她百般支吾，不願殉死。代善、皇太極堅持必須遵從先帝遺命。阿巴亥被逼無奈，隻好盛裝打扮，佩戴珠寶飾物，請求諸貝勒善待兩幼子多爾袞、多鐸，隨即在辰時（早晨7～9時）自盡。阿巴亥死時，阿濟格22歲已經成年，多爾袞15歲，多鐸13歲。但這種有意醜化阿巴亥的說法，似乎有些牽強，因而有研究者推測，這部編寫於清太宗時代的《清太祖武皇帝實錄》企圖隱瞞曆史上的某些真相。
根據朝鮮史籍《春坡堂日月錄》記載，努爾哈赤臨終時，曾遺命由幼子多爾袞繼承汗位，代善為攝政。但努爾哈赤死後，代善支持皇太極登基。為確保多爾袞母親不加反對，必須逼迫其自盡。還有一種說法，努爾哈赤並未確指繼承人，但他曾明確宣布，日後將由掌管八旗的八和碩貝勒共同執政，並從中推舉一名新汗。努爾哈赤死時，阿濟格、多爾袞和多鐸各領一旗。其他和碩貝勒擔心，在其母阿巴亥的支持下，他們三人聯合在一起，力量會變得十分強大。因此，四位年長的和碩貝勒代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極，才決定阿巴亥必須自盡。如果這種推測言之成理，阿巴亥應是被迫自盡的，並非遵照努爾哈赤的遺詔。所謂“遺詔”，純屬偽造。《清太祖武皇帝實錄》中有關阿巴亥的記述，也是無中生有。
此後，關於多爾袞生母的記載，在清朝官修史書《清太祖武皇帝實錄》中幾經修改。
清朝入關後，順治帝福臨年幼，多爾袞總攝朝政，權勢達到頂點，他追諡其母為“孝烈武皇後”，並配享太廟。他還命令編寫本朝曆史的史官，從《清太祖武皇帝實錄》中刪除不利於其母的記載。然而，一旦多爾袞逝世，在諸王羅致他的諸多“罪狀”中，就包括篡改曆史、使其母配享太廟。隨即，“孝烈武皇後”的諡號被追奪，並重新恢複了《清太祖武皇帝實錄》中已被刪除的有關阿巴亥的內容。
最後，在乾隆年間編纂的《清太祖實錄》的最後定本中，關於阿巴亥的死，做了新的解釋：一是否定了努爾哈赤生前有遺囑的說法，“上（指努爾哈赤）於國家政事，子孫遺訓，平日皆預定告誡，臨崩（死）不複言及”；一是對阿巴亥的死做了含糊其辭的處理，隻用了“以身殉焉”四個字。至於是被逼殉死，還是主動殉死，完全沒有交代。但如此更改，難免有欲蓋彌彰之嫌，說明阿巴亥的死，很可能是諸王矯詔，逼她殉死。