元朝書院傳授的內容，主要是儒家經書和理學家的著作，學習內容為《六經》、《論語》、《孟子》等，以及周敦頤、程頤、程顥、張載、朱熹等理學家的著作。書院中講授者，有不少是著名的學者。值得注意的是，元朝有的書院還教授其他學科。醫學，南陽府博山書院設有數學、書學，鄱陽縣鄱江書院設有蒙古字學等。這在元朝書院中是頗具特色的。
由於元朝對書院采取了保護、提倡和加強控製的政策，元代的書院一方麵在數量上得到了較大的發展，遍及於全國許多地區；另一方麵，由於政府任命書院的教師，控製書院的招生、考試及學生的去向，政府撥學田給書院，使書院官學化的傾向越來越嚴重，許多書院甚至已完全被納入了地方官學係統，與路、府、州、縣學一樣，成為科舉的附庸，喪失了書院淡於名利、誌在問學修身的初衷。盡管如此，元代的書院對於當時文化教育的普及，理學的傳播，以及人才的培養，仍起到了積極的作用。書院的組織和管理製度(1)書院組織書院主持人稱洞主、山長、堂長、院長、教授等。在規模等，然後再讀《四書集注》，再抄讀《五經》。在讀經書的基礎上讀史書——《通鑒》，並讀韓愈的文章及《楚辭》。最後練習作文。
(3)書院學規
南宋的朱熹製定了《白鹿洞書院學規》，提出書院的教育方針是實施“五教”：“父子有親，君臣有義，夫婦有別，長幼有序，朋友有信”。為了實現這個方針，朱熹還提出了為學、修身、處事和接物的重要原則。
為學之序：“博學之，審問之，慎畏之，明辨之，篤行之”。
修身之要：“言忠信，行篤敬，懲忿窒欲，遷善改過”。
處事之要：“正其誼(義)不謀其利，明其道不計其功”。
接物之要：“己所不欲，勿施於人；行有不得，反求諸己”。
《白鹿洞書院學規》概括了儒家道德修養的基本原則，體現了封建社會教育的主要精神。它不僅是南宋時期書院的教規，而且用。
講會行會講，要標誌。1175年)會上朱熹熙八年(學，並把派共同講學、互相論辯樹立了榜樣，開書院“講會”之先河。此後各學派學者紛紛參加各地書斃組織的講會，宣講自己的觀點，書院也因此逐步形成了講會製度。直到明清時期，書院講會製度仍然流行。從講會製度的組織、儀式、規模及規約來看，講會製度已超出了書院教學的範圍，成為一個地區性的學術討論會及學術交流會。這樣，既擴大了書院的影響，提高了書院的社會地位，又豐富了書院的教學內容，提高了書院的教學水平和學術研究的水平。
5．書院的教學特點
(1)教學和學術研究相結合
曆史上許多著名的書院，既是教學活動的中心，又是學術研究的勝地。在南宋，朱熹等一批學者研究理學，在書院講授的也是理學；陸九淵等研究的是心學，在書院講授的也是心學。曆代書院的主持人大多是著名的學者，他們用學術研究促，又以教學帶動了學術研究。學術研究是書院教學的書院的教學又是學術研究的成果得以廣泛傳播和進一重要條件。學術研究和教學相結合，是書院教學的突這是很有參考價值的。自由講學與自由聽講允許不同學派共同進行講學。在南宋時期，朱熹和陸個不同的學派，但朱熹卻特約陸九淵到白鹿洞書院講了不同學派共同講學之新風。曆史上有許多學派正是觀點的爭辯而逐步發展起來的。書院請名師講學時，各界人士前來自由聽講，朱熹、陸九淵在各地書院講學時，前來聽講的四方學子往往多達數百人。-朱熹的學生黃幹在白鹿洞書院講“乾坤二卦”時，“山南北之士皆來集”。書院提倡自由講學，自由聽講，來者不拒，熱情相待，互相切磋。取長補短的作法，可以把書院內的教學工作與書院外的學術活動有機地結合起來。這些傳統和經驗，有利於開闊學生的視野，有利於消除各個學派之間的門戶之見，對於提高教學質量和學術水平也是十分有益的。這在一定程度上也體現了“百家爭鳴”的精神，盡管這種“爭鳴”的範圍有限，但較之隻準先生講學生聽，隻此一家別無分店的一般學校教育卻自由得多。