藥物是燒煉內丹的原料，無論煉內丹還是煉外丹，均需先投藥物。煉丹和做飯一樣，不能火燒空鍋，需添水加糧，方能做成飯菜。水和糧，在煉丹中就是藥，用水和糧做成的飯，在煉丹中就是丹。怛曆來修煉內丹的人，對藥物的命名極多，亦較雜。為了使人們易於了解，現將最突出的幾種對藥物的標名試述於下。
一、坎離
坎離兩卦，陰中含陽，陽中含陰，陰陽互含，相戀相交，互為窒宅，混合而不可分割，關係緊密，以此比喻人身元精與元神相交互養而合凝成丹之妙用。同時坎離兩卦，相為承受，互為運轉，其形式相似車輪上下輾轉，陰陽易位，互為運用，以喻人身陰陽之理。
甲、坎離代日月
日、月為易，易是陰陽之用。故本經雲：“易謂坎離，坎離者乾、坤二用。”又雲：“坎離冠首，光耀重敷。”宇宙形成之後，就有了日和月。日為陽以離火代之，月為陰以坎水代之。天地是宇宙之象，坎離又是宇宙之用，天地位於上下，坎離往來於東西，自然陰陽升降於其中。因之，四時成序，萬物隨之有生長收藏。
乙、坎離源於乾坤
乾坤是陰陽之體，坎“月”離“日”是陰陽之用，先有陰陽之體，後有陰陽之用，所以，離日坎月均由乾天坤地中生出。從卦象來說：乾卦得坤卦中爻為離，離屬陽代火，火代日；坤卦得乾卦的中爻為坎，坎屬陰代水，水代月。天地之間就因有日月往來，自然形成明生歲成，水火相交，萬物由生，陰陽進退伸屈，萬物隨之自然形成新陳代謝。
丙、坎離代元神與元精
人身是一小天地，人身中的元神與元精，就像天空中的日和月。天地間的陰陽造化是由日和月起作用，無疑元精與元神主宰著人身之百骸，在丹道講，就是煉丹的藥物。元精與元神驅人爐鼎之內，通過符火烹煉，藥物自然轉化，直至使二者合凝，內丹就可結成。故《悟真篇》雲：“既驅二物歸黃道，爭得金丹不解生。”
丁、坎離在人類代表男女
坎卦一陽在內，故為男。離卦一陰在內，故為女。坎離交媾，陰陽和合，人類由此繁衍而生。故本經上卷中說：“坎男為月，離日為女，日以施德，月以舒光。”
戊、坎離在煉外丹代鉛汞
鉛代水，汞代火。鉛中有兌金，汞裏有震木。由此可見，坎離雖為二體，其中四象五行具備。坎卦中爻一陽，是納戊土，離卦中爻一陰，是納己土。鉛汞均由土產，坎離兩卦，容藏著金、術、火、水、土，互含著相生關係。煉外丹也就是使鉛、汞二者合凝為目的，鉛與汞的合凝，其實四象歸並，五行會聚，盡含於其中。
為何將人身藥物取為鉛汞呢？鉛和汞原為燒煉外丹的藥物，前人為了使人易於理解與操持，故以鉛和汞借名。鉛在人身為腎水，水是人身元陰真氣，故稱元精，又謂真鉛。鉛屬太陰月所生。汞在人身則為神火，神火是人身的元陽氣，故稱元神，又謂真汞。汞屬太陽，日精所產。二者都是日月靈氣，乃天地之至寶、人身之至貴。煉外丹者，如將鉛汞混凝，就結成丹頭。煉內丹者，若將元神與元精相結，就產生了丹基。外丹的燒煉程序是消鉛益汞，直到將鉛陰消盡，達到純汞，而汞也就起了變化，外丹就可以結成。燒練內丹的程序是剝陰益陽，直至將陰剝盡，達到純陽時，其陽本身亦發生變化，內丹由此結成。
己、坎離代魂魄
人身的元精屬陰，元神屬陽，陰陽和台產生“魂魄”，而後肜體合一，性命亦由此構成。魂魄是元神元精的生成物，修丹時先從後天形體性命中著手，因之標魂魄。
1.魂魄為陰陽。魂為陽，取卦象為離，在天應日。魄為陰，取卦象為坎，應天為月。魂為陽之神，口中之金，為日精所化。魄為陰之神，月中之玉，是月華所生。日魂月魄，相映生明，兩者互賴，不可分離。
2.魂魄為元神與元精。魂在人身象征君王，安居宮廷之內。魄為精氣，象征大臣，守衛城郭之外。人身的元神旺，就像人君處正，國政穩定；人身的精氣足，如同大臣忠誠、國政穩定、城郭堅固、萬民安居樂業。元神旺盛，精氣十足，情性相依，神清體健，百脈調和。
3．修煉內丹的關鍵是使魂魄合一。故老子日：“載營魂抱一，能無離乎。”魂屬陽，主動；魄屬陰，主靜。二者合一則身健，二者分離則身疲。精氣與元神本不相離，因情欲牽誘，以致魂飛揚於上，魄沉滯而降於下。魂飛魄敞，陰陽分離，水火不濟，則死期來臨。因此，修煉內丹的唯一運轉搏煉，即驅使精氣與元神二者和凝歸一，使之成丹。《黃庭經》雲：“安爐立鼎法乾坤，鍛煉金華製魂魄。”本經亦雲：“魂魄相拘，陰陽為度，魂魄所居，陽神日魂，陰神月魄。魂之與魄，互為室宅。”都係同一道理。
庚、坎離在自然界及其在丹道中的應用
四時運行，寒暑往來，明生歲成，都是坎（月）離（日）起著它本身的作用。丹道同然。煉丹時的進陽火與退陰符都是人身元精與元神起著它本身的作用，故本經上卷中說：“故推消息，坎離沒亡。”