甲、水、火、土三物之用
水、火、土三物（前邊說過），可以用坎、離兩卦綜合之。坎卦雖屬水，但中間一爻為陽，故納戊土；離卦雖屬火，但中間一爻為陰，敞納己土。由此可見，坎離之中，水火之間含藏著陰陽二土。故本經講的“二者以為真，金重如本初，其三遂不入，火二與之懼，三物相含受，變化狀若神”，正說明水、火中含著真土的義理。
乙、水、火二物之用
水、火二物在奠基采藥時不但易名為金、水，而且金、水二物同出而易名。金、水均在人身坎宮相為含生，互為體用，也就是鉛中藏銀，銀出鉛中，先後天互為輔助之意。故本經上卷中說：“母隱子胎，水為金子，子藏母胞。”又雲：“金氣亦相須。”均是闡明金、水相須為用的關係。
丙、金、水之用
金、水分坎、離，喻人身元精與元神以及喻作鉛、汞而論修丹之理。金是坎中所生的一點真鉛，借喻元精，水是離宮所產的一點真汞，借指元神，此兩者是為修丹的唯一藥物。在天則為日、月；在運化則為陰、陽；在地則為水、火；在人身則為元精與元神；在煉外丹則為鉛、汞。修丹的唯一妙用就是使此兩者平衡和合，相為製約，互為交會，直至達到和凝一體成就真丹。故本經上卷中說：“以金為堤防，水如乃就遊，金計有十五，水數亦如之，五分水有餘，二者以為真，金重如本初。”同時又以金喻月、火喻日闡明修丹二者互為運用之關係，“金之為物，火愈煉而愈堅”。意即：金為月，月本有質無光，是借日之火方可生輝，既此日之火愈強，月之光必然愈顯。從五行生克關係來講，火能克金，丹道者，火克金是為修丹之妙用。故本經上卷中講“金入於猛火，色不奪精光……金不失其重……金本從月生，朔旦受日符，金返歸其母，月晦日相抱”。在煉丹的第一層次又將金砂並列，金喻鉛，砂喻汞，納入中宮文烹武煉，自然結成丹基，百脈調和，精神爽快。故本經上卷中說的“金砂入五內，霧散若風雨”者正指此而言，“金”又指煉成的丹。
丁、砂、銀之用
伯陽祖師又恐後世不易掌握，故借煉外丹的朱砂與水銀同人灰池之中，以火煆之，則白金浮起，而水銀沉底的這一原理，來比喻金丹與元精同類合體，互為相因的關係。人身真鉛通過久煉產生的精華，就是金丹。金之為物乃砂土中所產，而其稟質，實由砂中之水銀得真氣曆久所化，此乃活水銀汞也。而煉丹之法，用金砂水銀同入灰池中以火煆之，則白色浮起，而水銀沉底，此乃死水銀鉛也。故金之生成，皆稟於水銀也。
《金穀歌》日：“若要水銀死，須先死水銀，水銀若不死，如何死水銀。”亦是此義。
戊、術、水、火、土之用
木、水、火、土四類均在生克中而反傷本體。如木逢水雖得長生，但逢金之後，仍反傷自身；水遇金而長生，逢土倒受克製；火見木得生，逢水還是淹克；土雖能生成萬物，遇木者仍可拘製。唯獨金，逢水則沉，遇木則克，入火成器，得土長生，其三質永不變不敗，因之稱萬物之寶。故本經中說：“金性不敗朽，故為萬物寶，術士服食之，壽命得長久。”丹道則將煉成的“真丹”稱“金丹”、“金華”者乃源於此。
三、土
甲、土在五行中的含義及作用
1.土在五行中的生克作用。土能生金，能克水，而與水合並之後又能生木。
2．土旺四季。土雖能生金克水，但金、木、水、火均不離土，故土在五行之中有綜合作用。
乙、土在丹道中的含義及運用
1．土在丹道中仍為藥物。土有陰陽之分，坎中的一陽為戊土，離中的一陰為己土。離宮之土代元神，坎宮之土代元精，二土交合方成真丹。
2．土在人身為意。真意（萬緣俱消，一念純淨）是為先天真土；思慮雜念，為後天之土。人身的元神、元精以水、火代之，水、火不能自濟，必賴真土作媒介，方能交會。故本經講的“子午數合三，戊己號稱五，三五既和諧，八麵定綱紀”及“水盛火消滅，俱死歸厚土，三性既合會，本性共宗祖”，均是闡發水、火為金、木之子，而金、木均係土之所生。由此可證：金、木、水、火四象均以土為宗。又如人的喜應五行為火，怒為木、哀為水、樂為金。待人身的先天真意（真土）一靜，則喜、怒、哀、樂寂然虛靜。故丹道中常講土能族五行、合四象者正指此而言。本經中說的“土旺四季，羅絡始終，青白赤黑，各居一方，皆稟中宮，戊己之功”，亦是此意。
丙、土在燒煉外丹時的含義及運用
古人在煉外丹的理論上，借土為爐灶，又稱土釜。它的用意是：“烹煉藥物，調停火候，均在爐灶土釜之中。”這種道理，仍依土在五行之中起著綜合作用這一宗旨，故將土作為煉丹的爐。