第一個功能是設備級的控製功能。比如，雷達的掃描範圍（比如說，在360度空域範圍內全方位發射電磁波，還是在指定區域內發射一定範圍的電磁波），雷達掃描一圈的周期設定（相控陣雷達，比如說掃描360度是設定為10秒或20秒），讓雷達看飛機還是看船（看飛機是脈衝多普勒模式，而看船則不是），通信設備采用哪幾個頻點工作，各個通信鏈路對應的目的地址（是傳往戰鬥機還是指揮所）以及各個分係統工作狀態和健康狀況（故障或正常）等。這個功能主要由分係統對應的控製計算機來完成。但對於各個分係統的工作方式的指令，卻是操作員通過顯示控製台上的人一機界麵，由鍵盤、鼠標或摸球輸人到操作員工作站進而通過以太網送往服務器，再由服務器將控製指令發往分係統的控製計算機的。
第二、三、四個功能是係統層次上的功能，由服務器來完成。情報綜合中的“情報”有幾個來源，一是預警機自身配備的雷達、IFF和ESM等“耳目”所感知到的信息，也有通過數據鏈從地麵指揮所或協同作戰的戰鬥機或其他的預警機送來的信息。以雷達為例，一方麵，雷達每掃描一圈就會形成一個點，這個點指示了可能存在目標的位置，稱為點跡，用以指明目標的位置（如距離、方位和高度）；而經過連續的幾圈掃描，就會形成一係列點跡，雷達計算機要判斷這些點跡分別對應哪些目標，要把對應同一目標的點跡連起來，這樣，就能觀測到目標的飛行軌跡，也就是航跡。把眾多的對應不同目標的“點”能夠各歸其類，是需要采用一定算法的。另一方麵，有些目標，不僅雷達看到了，其他傳感器，如ESM、IFF甚至地麵雷達也看到了，地麵雷達看到的結果可以由地麵指揮所通過數據鏈上傳到預警機，預警機要把來自不同“耳目”的觀察結果統一起來，做到對於一個目標，最終隻有一個觀測結果；對於不同的目標，必須有不同的觀測結果，並且通過數據鏈分發出去，這就是形成戰場統一態勢。當然，統一態勢的形成是要由所在戰區內的最高指揮機構來完成的，一般不會是預警機來做最高層次上的情報的綜合。
數據庫服務中的內容主要包含對作戰區域內的己方和敵方指揮所、雷達、高炮陣地的分布及其威力覆蓋範圍情況，以及參與作戰的己方戰鬥機或其他武器係統的配置情況，還有機場分布情況，等等。通過這些數據庫，預警機可以對敵我態勢進行估計，並且根據威脅情況，在地麵指揮所授權的情況下進行指揮，也就是選定戰鬥機，並告訴戰鬥機該以什麼樣的路線在什麼時刻以什麼樣的方式進行攔截或攻擊，專業上叫做“引導解算”。對於ESM，在偵察到新的情報後需要與電子偵察數據庫進行比對，這種識別數據庫可以放到ESM主控計算機中。對於通信係統，各條鏈路加密所使用的密鑰，也是放在通信分係統的主控計算機中的。
第五個功能是對操作員的命令的輸入/輸出和顯示，主要由操作員工作站來完成。操作員輸人的主要手段是鍵盤和摸球。為了方便地進行輸出和顯示，通常采用圖形輸出功能比較強大的工作站。
在預警機中，還有一個功能也是不可缺少的，那就是數據記錄和回放。為了提高技術戰術水平，或者為了排除故障，在預警機執行作戰或訓練時，需要把各個設備的工作狀況以及預警機的各耳目搜集到的情報記錄下來，事後可以進行重放分析。通常，這個功能需要一台工作站來支持，同顯示控製台上的操作員工作站通常選用相同的硬件型號和操作係統。
由於預警機上的軟件功能複雜，規模龐大，軟件的開發需要多個研製單位和多名設計師通力合作，耗費很長時間才能完成，靠手工藝式的作坊生產是不可能也是不應該的。美國阿波羅登月計劃耗巨資精心編製的控製軟件，僅在“阿波羅14號”飛船的10天飛行中就發現了13個軟件錯誤。由於軟件錯誤，還曾使1962年的“水手1號”探測器發射失敗。