1941年6月22日，法西斯德國向蘇聯發動突然襲擊。6月29日，德軍19山地步兵軍在北極地區發起進攻，企圖奪取摩·曼斯克和基洛夫鐵路，進入白海沿岸地區並占領阿爾漢格爾斯克。作戰一開始，蘇聯北方艦隊竭盡全力支援第14集團軍粉碎敵人的進攻。艦隊用火炮和飛機支援防守部隊的作戰，在德軍占領的海岸實施戰術登陸和偵察佯動登陸，組織水兵分隊加強步兵並保障軍事運輸的暢通。
6月29日，蘇軍守衛斯烈德尼半島的第135步兵團遇到德軍猛烈進攻，北方艦隊的“古比雪夫”號驅逐艦炮擊進攻的德罕達數個時之久。次日，“古比雪夫”號驅逐艦、“烏裏茨基”號驅逐艦和兩艘“MO”型護衛艇被派往莫托夫灣，向斯烈德尼半島通道上的德軍炮擊3個小時。此後，“雷電”號和“旋風”號護衛艦、“MO”型護衛艇。炮擊了進攻的德軍。
從1941年9月起，數艘“轟鳴”型新式驅逐艦多次對德軍進行炮擊，支援了幾乎沒有大炮的第135步兵團。這對粉碎德軍進攻斯烈德尼半島和雷巴契半島，起到了極為重要的作用。北方艦隊的艦艇和岸炮還積極地支援了防守西利查河一線的部隊，以掩護部隊調整部署，保護從海上撤退傷員，壓製德軍炮火，保障登陸隊登陸。1941年，北方艦隊的艦艇為炮擊敵岸上目標共出航63次，消耗102毫米至130毫米炮彈7344發。據不完全統計，艦艇部隊共摧毀22個炮台、17挺重機槍、116個火力點和一些掩蔽部與土堡壘，炸毀6座彈藥庫，殲滅大量德軍。戰爭初期，陸軍航空兵主要參加坎達拉克沙方向的反擊戰，而在摩爾曼斯克地區的活動有限。
但艦隊航空兵在支援第14集團軍的瀕海翼側方麵則起了很大作用。它們轟炸了進攻的德軍和德軍機場，進行了空戰，以掩護己方部隊和保衛摩爾曼斯克城。在1941年的6個月作戰中。艦隊航空兵共出動飛機1萬架次，其中用於支援第14集團軍作戰的占70%。在此期間，北方艦隊飛行員擊落德機近150架，摧毀各種火炮陣地10個、倉庫11座、汽車76輛、橋梁數座和一些渡口，並殲滅大量德軍。
在摩爾曼斯克方向上戰鬥最激烈的時候，北方艦隊在德軍側翼和後方實施了數次戰鬥登陸作戰，以牽製德軍，並使己方地麵部隊能夠得到增援和固防禦陣地。登陸隊主要是由自願報名的水兵或步兵部隊臨時組成的。在登陸作戰中通常使用軍艦，主要是護衛艦、掃雷艦和“MO”型護衛艇作為登陸工具。登陸時間一般選在白天，而且多在德軍常握製空權的情況下實施突擊上陸。這使登陸行動、登陸保障器材和登陸地域的選擇受到極大的限製。登陸部隊通常以較小的兵力，隻攜帶步槍、衝鋒槍和機槍等武器，在離前線數公裏的地方登陸。保障登陸的，主要是驅逐艦、護衛艦和殲擊機。
1941年7月6日，一支由529人組成的登陸隊在涅爾皮奇耶灣成功地進行了首次登陸。7月7日夜，在安德烈耶夫灣又進行了有500人參加的第2次戰術登陸，其目的是將進攻的德軍引離主要方向。登陸隊順利地完成了任務，於第二天乘北方艦隊的艦艇撤回。7月6日首次登陸的部隊，上岸後向第52步兵師方向突進，與其會合後，對進攻的德軍從陸上實施反擊。當西利查一線的局勢進一步惡化時，第14集團軍和北方艦隊指揮部決定使用更大兵力在德軍後方登陸。第3次登陸的部隊，由1個步兵團和1個海軍獨立陸戰營組成，共1600人，用18艘各種艦艇輸送。7月14日，在飛機的掩護和驅逐艦炮火的支援下，在大西利查灣西岸實施了登陸。德軍從前線抽調大量兵力來抵抗登陸隊，卻未能將其趕下海去。7月16日，北方艦隊又派遣1個步兵營增援已登陸的部隊。登陸隊雖未完成自己的全部任務，但對第14集團軍粉碎德軍向摩爾曼斯克發動的7月攻勢卻起了非常重要的作用。至1941年10月，在第14集團軍瀕海兵力集團和北方艦隊的聯合打擊下，德軍在瀕海方向總共隻前進了幾十公裏，其兵力和戰鬥技術裝備受到了巨大損失。