後來的適應器都是在先前特質的基礎上變化而來的。要想知道一個適應性問題的某種解決方案如何進化，我們必須了解這個適應器改良修正之前的形式。但正是由於我們並不了解人類祖先的心理特質，所以也很難弄清楚選擇壓力如何對這些心理特質進行塑造，使它最終變成我們現在所擁有的心智。
通過對擁有共同祖先的不同分支或不同種比較分析，生物學家常常可以重構出促使這些物種進化的選擇壓力。在一個種群當中，所有的物種都來自同一個原型，因此，物種之間的差異可能是它們需要麵臨的不同環境所造成的。當一種特征隻存在於某個進化分支上的兩三個物種中時，我們也許就可以這樣推測：這幾個物種都曾麵臨某些獨特的環境壓力。通過這種方式（將特質差異和環境變異聯係起來考慮），我們往往可以把某個特征與某些特定的環境壓力對應起來。
但是，比較法並不足以支撐通俗進化心理學宏大的研究計劃。通俗進化心理學試圖揭示心理特質（比如語言和更高級的認知形式）的進化過程，認為正是這些心理特質構成了人類天性。平克爾就曾經論證說，語言是一個適應器，它可以對有限的詞彙進行無限的組合，形成複雜的句子以滿足人與人之間的語言通信。也許平克爾是對的，語言確實是一個適應器。但是，為了考察語言為什麼會進化，用於解決什麼問題時，我們需要對早期的語言使用者進行研究，看看語言到底給他們提供了什麼適應性功能。如果采用比較法來分析上述問題，我們應該將人類的一些心理特質和與人類具有同一祖先的其他物種進行比較。這樣，問題就來了：在現存的物種當中，和人類親緣關係最近的是黑猩猩和倭黑猩猩，人類和它們的共同祖先生活在距今６００萬年前。即便如此，我們的這些近親都不具備任何複雜的心理特質（比如語言）。所以，我們不可能通過弄清楚人類和人類近親曾經麵臨的環境壓力，來了解我們共同的心理適應器是為了適應怎樣的環境。相反，我們應該關注的倒是６００萬年前，是什麼樣的環境壓力使得人類和人類近親在進化樹上分道揚鑣。
如果某個物種在進化樹上和人類更為接近，和我們一樣擁有更加高級的認知能力，對這個物種的生活方式和生態學進行研究，將提供非常重要的信息，有助於我們了解這６００萬年來發生的進化事件。所以，通過比較法，也許我們就可以確認該物種和人類共同麵臨的，而黑猩猩和其他靈長目動物不需要麵對的特定環境壓力。滿足這個條件的物種隻有其他人族（ｈｏｍｉｎｉｎ），比如南方古猿和其他人屬物種。然而不幸的是，其他人族動物已經全都滅絕了。死去的人族動物不可能向我們（如實）講述他們的進化曆史。所以，采用比較法來探討人類心理特質的進化史時，我們還缺乏充分的證據（這也可以解釋為什麼在語言的進化這個問題上尚存在幾種不同的理論觀點，因為沒有一個理論能夠提供壓倒對手的證據）。
不過，在探究特定的人類適應器時，比較法有時的確能為我們提供一些有用的信息。但正如俄勒岡州立大學的哲學家喬納森·卡普蘭所指出的，比較法的適用範圍僅限於那些隻在部分人群中出現的特征，而對普遍特征無效。導致鐮刀形細胞性貧血病的基因是一種抵禦瘧疾的適應器———當一個人攜帶有兩份該基因拷貝時就會發病，隻有一份該基因拷貝時就不能抵抗瘧疾。所以，我們可以對擁有該基因和缺少該基因的人群進行比較，得出與該基因相對應的環境壓力。
既然比較法可以研究生理適應器，那麼認為它可以用來研究某些心理適應器也就順理成章了。但遺憾的是，通俗進化心理學認為，人類身上的所有適應器，都在全人類中具有普遍性。這樣一來，研究者在探討普遍（但卻是人類獨有）的人類特征時，比較法根本就派不上任何用場。因此，當通俗進化心理學試圖對所謂的普遍人類天性的進化過程作出解釋時，它隻能停留於主觀推測的水平。
通俗進化心理學聲稱，人類天性是在更新世時期形成的，當時的人類過著“狩獵－采集”的生活。但是，這種說法在兩個時間端點上都不能成立。
毫無疑問，人類的某些心理適應器肯定是在更新世時期才出現的。然而，另一些心理適應器卻擁有更加久遠的進化曆史，比如說人類和其他靈長目共有的那些心理狀態。美國鮑林格林大學的進化神經科學家耶克·潘克斯皮（ＪａａｋＰａｎｋｓｅｐｐ）已經證明，人類有些情緒係統的進化曆史比更新世更為悠久。他稱之為關心（ｃａｒｅ）、恐慌（ｐａｎｉｃ）和玩耍（ｐｌａｙ）的情緒係統，可以一直追溯到靈長目動物的早期進化過程，而害怕（ｆｅａｒ）、憤怒（ｒａｇｅ）、尋覓（ｓｅｅｋｉｎｇ）和性衝動（ｌｕｓｔ）等情緒係統的進化，則早在哺乳動物出現之前就已經開始了。
深入認識人類的進化曆史，將大大影響我們對人類心理特質的理解。
不妨來看看人類的擇偶行為。布斯認為，人類的擇偶策略是在更新世時期進化形成的，專門用於解決人類所獨有的適應性問題。於是，在對人類同時追逐短期伴侶（通常指在一段穩定關係中的短期出軌）和長期伴侶的行為進行觀察之後。他把這些行為解釋為一組心理適應器的綜合運作結果，這些心理適應器可以無意識地計算每一種擇偶策略的繁殖收益，當一次短期擇偶的潛在收益超出了相應的潛在代價時，這些適應器就會引發個體的背叛行為。
然而，如果我們把擇偶行為放到人類存在以前的進化曆史當中，我們將會看到一幅完全不同的景象。實際上，人類的近親黑猩猩和倭黑猩猩都是性行為非常隨便的物種，所以當人類祖先踏上一條獨特的進化分支時，很可能也攜帶了類似的欲望機製，傾向於多夫多妻的擇偶方式。而後在人類進化史上出現的很多心理特質，都是在這個基礎之上慢慢形成的。有些情緒係統後來之所以會出現，是因為它們有助於伴侶之間的關係愈加穩固。但是，這些情緒僅在人類文明中存在，其他靈長目動物則沒有。所以，我們沒有理由認為，欲望機製和上述情緒機製是同時進化而來的，從屬於一個綜合的擇偶策略。相反，它們很可能分屬於兩個不同的係統，在不同的進化節點上得以進化，對不同的適應性需求作出應答，並用於截然不同的意圖。
倘若上述擇偶心理學解釋成立，那就說明我們人類的性行為原本就不會“從一而終”。更確切地說，人類擁有各種相互衝突的強烈願望。早期進化形成的欲望機製促使我們對性關係非常隨便，而後來進化出的情緒係統又促使我們和固定對象保持長期的伴侶關係。所以，我們人類出現這樣的心理衝突，與其說是因為在更新世時期進化形成的心理適應器使人類無意識地對背叛的收益和成本進行計算，還不如說是由於獨立進化出的不同情緒機製相互衝突所導致的。
“現代人的頭顱內裝著石器時代的心靈”，這種說法在進化曆史的晚期同樣也站不住腳。如果堅持認為人類有適合更新世時期的心理特質，那我們就大大低估了自然選擇和性選擇的作用，它們能促使進化速率改變。近期研究已經表明，隻需要經過１８代（對人類來說大約為４５０年）的時間，自然選擇就可以使一個群體的某些重要特質發生根本性的變化。
當然，如此迅速的進化過程，隻有當一個群體麵臨的選擇壓力發生急劇變化時才有可能出現。但是，毫無疑問，自更新世時期以來，環境改變已經使人類心理所要麵對的選擇壓力發生了翻天覆地的變化。突如其來的農業革命和工業革命，幾乎顛覆了人類的整個社會結構。當人們在解決獲取資源、選擇配偶、結盟和爭取社會地位等問題時，就不得不麵臨全新的挑戰。人類的其他活動（比如蓋房子、保存食物、避孕和接受教育等）也在很大程度上改變了選擇壓力的內容。正因為我們知道某些生理適應器（比如對瘧疾的抵抗力）是在更新世之後才慢慢出現的，所以我們有理由相信人類也進化出了相應的心理適應器。
此外，人類心理特質的形成發展是基因和環境之間交互作用的過程。
即使在更新世之後人類基因沒有發生什麼進化（這一點值得懷疑），但人類的生存環境已經完全不同，所以我們身上擁有的那些從更新世進化過程中幸存下來的基因，將會和現在的新環境發生交互作用，從而產生新的心理特質，這與更新世時期的祖先們所擁有心理特質在很多方麵都大為不同。因此，固執地認為我們現在的心理特質仍然適應於更新世狩獵－采集的生活方式，並沒有說得過去的道理。
通俗進化心理學家認為，通過對更新世時期人類祖先的生活方式進行推測，他們已經發現了許多控製著現代人行為的心理適應器。既然這種方法“業已奏效”，那它肯定建立在至少一部分真實的人類進化史之上。上述論點是否可靠，在很大程度上取決於通俗進化心理學家在宣稱他們獲得了重大發現時，證據是否有力。但是，所謂的證據通常都來自標準的紙筆型心理測試數據（比如由選擇題組成的調查問卷），有時也包括少量行為學的數據。我在《不斷適應的心靈》一書中對此作過詳細的分析，認為這些證據很明顯都沒有決定性。最近，美國辛辛那提大學的哲學家羅伯特·Ｃ理查得森不無戲謔地說，最受通俗進化心理學家歡迎的進化觀點，實際上是“對研究結果的推測和意淫”。所謂的證據乍看起來很有說服力，但這並不是因為數據本身足夠好，而是因為通俗進化心理學家很少考慮其他的理論解釋。不妨用一個例子來說明這種情況。
布斯認為，嫉妒是一種進化形成的情緒機製，它能夠及時提醒我們防止伴侶的背叛傾向，盡量減少我們在繁殖投資上的損失。他還說，在遠古時代，背叛給男女兩性帶來的損失是不一樣的。對男性而言，伴侶的性背叛意味著他很可能撫養著其他男性的子女，白白浪費大量資源；而對女性而言，當她的伴侶和另一個女人發生感情糾葛時，第三者會從她的伴侶身上索取大量資源。實際上，布斯自稱確實已經在男女兩性中發現了嫉妒這種情緒機製的不同“進化特征”———男性對性背叛的線索更加敏感，而女性對感情背叛的線索更加敏感。
支持上述理論的數據主要來自一些由選擇題組成的調查問卷。例如，其中一道選擇題問被試者，當他們麵對以下兩種情形時，覺得哪一個更不能接受：（１）想象你的伴侶對另一個人產生了深深的眷戀；（２）想象你的伴侶正在投入地和另一個人做愛。調查結果顯示，更多男性認為伴侶的性背叛比感情背叛更不能接受。
但是，這樣的數據根本不足以支持關於嫉妒心理的性別差異假設。事實上，男女兩性可能已經進化出了相同的能力，對不同的背叛行為進行評估，看這些行為是否威脅到了他們已經大量投資的現有伴侶關係，讓醋意和威脅程度成正比。不過，男女兩性對同一種行為的威脅程度具有不同的看法。已有研究表明，不管是男性還是女性，大家都相信男性比女性更有可能發生無愛的性行為。因此，男性通常會認為伴侶的性背叛更具威脅性，因為女性的性背叛往往和感情背叛交織在一起；而女性的看法則相反。所以，布斯的問卷調查結果也可以這樣解釋：這種大家普遍同意的性別差異，影響了人們對行為的威脅性作出的評估。
另外，對於某些與布斯的理論（兩性在心理機製的進化上存在差異）不兼容的數據，上述假設也可以提供很好的解釋。首先，男同性戀者對性背叛的重視程度比異性戀的女性更低。同時，相比異性戀的男性和女性，男同性戀群體更少認為性背叛會威脅到他們原有的伴侶關係。因此，正是由於男女兩性都擁有相同的嫉妒情緒機製，隻不過醋意的濃度和性背叛的威脅程度成正比，所以男同性戀者才偏離了常規男性模式，他們並不認為性背叛對伴侶關係具有絕對的威脅性。
其次，當麵對伴侶的性背叛時，不同文化背景的男性有截然不同的反應。比如，隻有四分之一的德國男性回答說，伴侶的性背叛比感情背叛更難以接受。有意思的是，布斯和他的同事自己都曾這樣寫道，“德國人對待性行為，包括婚外性關係的態度，比美國人更加開放”。因此，與美國男性相比，德國男性認為性背叛對伴侶關係的威脅程度比較低，也更少因為伴侶的性背叛而哀傷。文化差異再次證明了我們的假設，醋意的濃度與性背叛對伴侶關係的威脅程度成正比。
不曉得通俗進化心理學家為什麼要拒絕承認男性和女性擁有同樣的嫉妒情緒機製，而個人態度的不同是因為對背叛行為威脅程度的評估不同。
根據通俗進化心理學的觀點，文化差異隻是普遍人類天性在不同環境條件下產生的結果。雖然他們已經從性別差異中得出了許多嘩眾取寵的理論，但實際上文化差異的影響更深刻。如果說文化差異是由於共同的天性在不同的輸入信息下產生的不同輸出結果，那麼態度和行為上的性別差異也一樣。
達爾文留給我們的寶貴知識遺產之一是，人類的心理是通過某些適應過程進化而來的。畢竟，現代人大腦消耗的能量比一個內燃機還要多———這個器官隻占全身重量的２％，卻要消耗身體１８％的能量。在人類進化史中，如果它不曾具備什麼重要的適應功能，我們現在肯定不會有這麼一個器官。
進化心理學麵臨的挑戰在於，它必須把這種普遍事實轉換成一套塑造人類心理特質的適應性過程，並找出有證據支持的具體細節。但是如前所述，在最近２００萬年間，能夠為人類心理適應器的進化過程提供支持的證據卻十分缺乏。而且，這類證據很難物化，我們可能已經永遠失去了這些證據。關於人類心理進化的諸多知識，我們要麼不知道，要麼僅限於推測。這可能是嚴峻而又殘酷的事情。
當然，有些推測十分糟糕，通俗進化心理學的很多推論就大有問題。
他們先把更新世時期的曆史切分為各種相互獨立的適應性問題，然後把心理也割裂成一個個單獨的部分，使每個部分對應一個適應性問題；最後，他們試圖用紙筆測驗所獲得的數據來支持前麵的假設。通過這種方式，我們不可能真正了解人類的進化史。進化心理學在這方麵應該有點長進。不過，即便它做得再好，對於這個問題———我們人類的所有複雜心理特質為什麼能夠得以進化———也可能永遠無法給出答案。