侵占東北之後，怎麼進行統治，日方最初並無定論。石原莞爾提出統治東北要用日本陸軍大將或中將，組織一個總督府。像對台灣和朝鮮一樣，建立一個殖民地。板垣征四郎則提出過，直接把東北滿蒙變成日本的領土。
就在爭執不下的時候，土肥原提出了一個折中方案，即成立一個由日本控製，脫離中國本土的滿蒙五族共和國，關於這個國家的首腦，他提出利用閑居在天津的前清宣統帝溥儀。因為當年馮玉祥發動“北京政變”，從故宮趕走溥儀時，正是土肥原將走投無路的溥儀接到了天津，保護了起來。此時，溥儀正住在天津日租界，一個叫靜園的公館裏。1931年11月4日，土肥原於深夜，踏進靜園公館，不久，溥儀在他的策動下到達大連，偽滿洲國正式出爐。
1935年6月，土肥原苦心經營，策動陰謀，逼迫國民政府簽署《秦土協定》，取得了察哈爾大部主權。造成中國喪失察哈爾省80%的領土。
1935年10月，土肥原策劃華北自治運動。
1937年“七七”事變後，他率日軍第十四師團入侵中國，在保定、石家莊、邢台、邯鄲等地多次與中國軍隊發生激戰。但因孤軍深入，1938年在蘭封險些被中國名將薛嶽的第一兵團圍殲。
1938年6月後，土肥原專心於特務工作，“土肥原機關”改稱“重光堂”，在上海設辦事處。該特務機關成立後，在土肥原的主持下，先後對唐紹儀、吳佩孚、靳雲鵬做工作，但因這些中國舊軍閥多仍有民族氣節，土肥原未能取得預期效果。其間，土肥原被指暗殺了不肯與日方合作的吳佩孚。
土肥原所謂的“出亂子”，對中國人來說，伴隨的總是屠殺、劫掠、喪失家園和無窮盡的災難。他可以犧牲五年時光等待升遷，隻是因為深信自己的努力，對帝國征服“支那”有著重要的意義。他的“守信用”隻因為這樣更能網羅漢奸為日本的侵略政策服務。為此，給無辜的人們帶來怎樣的苦難，“好人”土肥原是不會在意的。
土肥原的現象其實很值得我們深思。東北的抗戰之所以打得艱苦卓絕，不僅僅因為敵人的殘暴，還因為敵人中有大批像土肥原這樣，把侵略當作理想，並全身心為這一理想而奮鬥的所謂“誌士”。
再看看石原莞爾，這個“九一八”的策劃者被稱作“關東軍的大腦”。
日本有個著名指揮家小澤征爾，他的名字，據說即取自其父崇拜的兩個人——“阪垣征四郎”的“征”和“石原莞爾”的“爾”。
阪垣征四郎，日本陸軍大將，作為甲級戰犯在東京審判中被判處死刑，雖然臭名昭著也算聞名遐邇，這個和他齊名的石原莞爾，又是何許人也，許多中國人對其可能會深感茫然。
石原莞爾，被稱為“日本陸大有史以來最傑出的大腦”，是日本傑出的戰略理論家，他曾經預言了東條英機上台即意味日本覆亡，戰爭將以原子彈的爆炸結束，甚至在二戰剛結束就堅稱日本將以發展經濟再度複興，蘇聯集團將在冷戰中自行崩潰消亡。
1937年9月27日，被日本軍政兩界均視為天才，擔任參謀本部第一部長的石原莞爾，因力主不擴大與中國的戰爭，與當時軍界主流發生衝突，被左遷為“關東軍參謀副長”。一年以後，因就滿洲國的統治方式跟關東軍參謀長東條英機發生矛盾，他主張將“滿洲國”扶植為日本的盟國而不是完全的占領地，被東條取消了在“滿洲”問題上的發言權。三年後幹脆被免職，編入預備役。1944年，這名中將甚至卷入了暗殺東條英機未遂的事件。
因此，在某種程度上，石原被視為日本軍界尚屬理智的典型，連戰爭末期繆斌到日本討論中日單獨議和的可能性時，都會先拜訪石原。
這樣一個在瘋狂的日本軍界獨自清醒的人物，究竟是怎樣的形象呢？檢看當時照片，我們會驚異地發現，在他自己的影集中，此人有著各種各樣的變身，忽而身著西服，忽而身著和服，忽而身著軍裝，甚至——會和太太一起穿著中式大褂照相。
在那個軍人執掌一切的時代，大多數軍人留下的照片都是身著戎裝，仿佛脫了軍服就不知道穿什麼好一樣，石原這樣不斷變換形象的癖好，可算頗為異類——似乎隻有中國名將張自忠與其有類似的愛好。
喜歡不斷變更形象的張自忠，似乎暗喻著自己一生從西北軍猛將到被冤為漢奸，再到殺身成仁，以鮮血還自己以清白的曲折曆程，有著同樣癖好的石原莞爾，這種多變的形象，又暗喻著什麼呢？
也許，背後有著同樣的含義。
被視為理性戰略家的石原莞爾，正是“九一八”事變的始作俑者和直接責任人。1929年7月，石原莞爾發布了三篇論文：《戰爭史大觀》、《回轉國運的根本國策——滿蒙問題解決案》和《關東軍滿蒙領有計劃》，提出“滿洲土地無主論”，認為隻有占領滿蒙，才能滿足日本發展的需要。這三篇論文，成了日本侵略東北的戰略指導，在日本深受重視。在中國曾被反複提起的田中奏折，日本學界認為並非事實，但又多認為並非全然是偽造，而是石原莞爾等人的作品，也是日本少壯派軍人對擴張的藍圖。
1931年，正擔任關東軍參謀的石原莞爾架空司令官本莊繁，和阪垣征四郎合作，直接策動了“九一八”事變，整個事變的作戰計劃完全由石原起草。事後，石原又親臨錦州前線，無視日本政府的態度發動了對錦州的進攻。“九一八”事變打開了日本擴張侵略的潘多拉盒子，給亞洲各國帶來極大痛苦，也最終把日本帶入深淵，石原可謂其中的最直接責任者。對此，石原一直承認不諱，並自稱“滿洲國之父”。其在對中國的侵略中，起到了急先鋒和幕後軍師的作用。
這樣一個激進的石原，在“七七”事變時卻變得如同完全相反的一個人，他力主日軍撤出長城以北，至少是不惡化衝突事態，這種變色龍一樣的主張難免令人疑惑。