田文死後，公叔任相，他妻子是魏國的公主，公叔對吳起非常畏忌，便想害吳起。他有個仆人對他說：“吳起很容易除掉。”公叔說：“怎麼辦？”仆人說：“吳起為人有節操，廉潔而重視聲譽，你可以先向武侯說：‘吳起是個賢明的人，我們魏國屬於侯一級的小國，又和強秦接壤，據我看，恐怕吳起不想長期留在魏國。’武侯必然要問：‘那怎麼辦呢？’你就伺機向武侯說：‘君侯可以把一位公主許配給吳起，他如果故意留在魏國就必定欣然接受，如果不願留在魏國就必然辭謝。以此就可以探測他的想法了。’然後你再把吳起邀到你的府上，使公主故意發怒而輕慢你。吳起看見公主那樣輕賤你，他想到自己也會被輕賤，就會辭而不受。”於是照計行事，吳起果然看見公主輕慢魏相就辭謝了武侯。武侯因而對吳起有所懷疑而不信任他了。吳起害怕武侯降罪，於是離開魏國到楚國去了。
楚悼王平素聽說吳起很能幹，吳起一到楚國就被任為相。他嚴明法令，撤去不急需的官吏，廢除了較疏遠的公族，把節省下的錢糧用以供養戰士。主要目的是加強軍隊，破除縱橫捭闔的遊說。於是南麵平定了百越；北麵兼並了陳國和蔡國，並擊退了韓、趙、魏的擴張；向西征伐了秦國。因此諸侯都害怕楚國的強大。原來楚國的貴族都想謀害吳起。到楚悼王死後，公族責成和大臣叛亂而攻擊吳起，吳起跑到楚悼王的屍體旁伏在屍體上，意在以此或者可使作亂者有所顧忌，若作亂者無所顧忌，射我必中王，中王，自然就暴露他們是反叛的罪人。但追殺吳起的楚貴族還是射殺了吳起，箭也射到了悼王的身上。這一年是公元前381年。悼王葬後，太子（楚肅王戚）即位，就派令尹（楚國的最高軍政官員）全部殺了因射刺吳起而同時射刺中了悼王屍體的人。由於射刺吳起被誅滅宗族的有七十多家。
吳起在政治、指導戰爭諸方麵積累了豐富的經驗，他把這些經驗深化為軍事理論。《漢書·藝文誌》著錄《吳起》48篇，已佚，今本《吳子》6篇（《圖國》、《料敵》、《治兵》、《論將》、《變化》、《勵士》），係後人所托。其主要謀略思想是：“內修文德，外治武備”。他一方麵強調，必須在國家和軍隊內部實現協調和統一，才能對外用兵，提出國家如有“四不和”，就不能出兵打仗；另一方麵強調必須加強國家的軍事力量。
吳起繼承了孫武的“知己知彼，百戰不殆”的思想，在《料敵》篇中強調了了解和分析敵情的重要意義，並且具體指出了處於6種情況的國家，不可輕易與其作戰。他懂得戰爭是千變萬化的，要根據不同的情況而采取應變的措施。在《應變》篇具體論述了在倉促間遭遇強敵、敵眾我寡、敵拒險堅守、敵斷我後路、四麵受敵及敵突然進犯等情況下的應急戰法和勝敵的策略。
《治兵》《論將》和《勵士》3篇主要闡述了他的治軍思想。他認為，軍隊能否打勝仗，不完全取決於數量上的優勢，重要的是依靠軍隊的質量。質量高的標準是：要有能幹的將領，要有經過嚴格訓練的兵士；要有統一的號令；要有嚴明的賞罰。他重視將帥的作用，尤其是重視將帥的謀略，強調好的將帥應有優良的品質和作風。重視士卒的訓練，提高實際作戰能力。
強調賞功以勵士兵。
二《吳子》的流傳過程
吳起的兵書《吳子》在起初叫《吳起兵書》，史書均有記載。如戰國末期的《韓非子·五蠹》中說：“境內皆言兵，藏孫、吳之書者家有之”。西漢時，司馬遷在《史記·孫子吳起列傳》中評論道：“《吳起兵書》世多有”。直到南朝的範曄在《後漢書·馮衍列傳》中還說：東漢大將軍鮑永“現孫吳之策”。由此可見，從戰國末到東漢時期都有《吳起兵書》流傳。
吳起的兵書原有多少篇？據班固《漢書·藝文誌》說：“《吳起》四十八篇”，屬“兵家權謀”類。這裏所說的《吳起》就是指《吳起兵書》。
關於《吳起兵書》的流傳情況，因（南朝宋）範曄的《後漢書》和（晉）陳壽《三國誌》都缺藝文誌，均無記載。而據北宋初年編定的《冊府元龜》所引的“《魏（藝）文誌》”：載：“吳起有兵法四十八篇”。由此看出，它在東漢末甚至三國魏時還流傳於世。但魏晉南北朝時均無記載，大概已經散失。
到隋、唐，吳起兵書雖有記載，但已不是原書的48篇了。如《隋書·經籍誌》、《唐書·藝文誌》都記載《吳起兵書》一卷，是東漢賈詡作注。賈詡生於東漢，魏文侯時曾做過太尉，可見這一卷《吳起兵書》是吳起原48篇散失以後剛出現的。