這種新出現的《吳起兵書》在唐宋以後大都把它稱做《吳子》，肯定了作者是吳起，但卷數有各種說法，據《新唐書》、《宋史》中《藝文誌》記載，有一、二、三、五卷不同的說法，此外，篇名據南宋晁公武和王應麟所見，都是6篇，但篇名和篇序及各則文字排列曾有差異或不完全相同的情況。由此可見，今本《吳子》來源於賈詡的注本，賈詡的注本來自先秦的《吳起兵書》。
今本《吳子》的各種版本，基本上出自《武經七書》係統。《武經七書》是宋朝元豐三年（1080年）宋神宗詔命校定的，其中包括《吳子》、現存北宋上下二卷六篇白文本（在《武經七書》內，原本藏日本靜嘉堂文庫）。金朝施子美著有《吳子講義》（在《武經七書講義》內）。重要的版本還有明吳勉學刊《二十子本》、明翁氏《武學經傳三種》本、清孫星衍《平津館叢書》本、清乾隆《四庫全書》本、《四部叢刊》本等。明清以後，注家蜂起，比較有名的有明·劉寅《吳子直解》（在《武經七書直解》內）、李清《重鐫吳子集注》（在《重鐫武經七書直解》內）等約50多部，清陳裕《吳子全題彙解》（在《武經全題彙解》內）、朱墉《吳子彙解》（在《武經匕書彙解》內）等30餘部。
在宋代以前，沒有人持異議，都認為《吳子》是吳起所作。到了清代，姚鼐認為是“六朝人所偽托”，現代有郭沫若提出“西漢中葉時人”所偽托的說法。他們的主要論據是“笳笛”作為軍樂是魏晉以後才出現的，吳起那個時代還未使用，還認為“左青龍、右白虎、前朱雀、後玄武”等詞語是從《曲禮》、《淮南子》中抄來的，以“四獸之為物”也不是吳起那個時代的東西。以上論據不足為憑，原因有如下幾個方麵。
第一、從史書、典籍的源流考察
從史書、典籍的源流考察說《吳子》是“西漢中葉時人”或“六朝人”所偽托，找不出充分的根據，相反，記載吳起撰寫過兵書而且廣為流傳的史料卻俯拾皆是。如《韓非子·五蠹》、《史記·孫子吳起列傳》，直到《後漢書·馮衍列傳》中均有記載。由此看出。從戰國末到東漢都有《吳起兵書》在流傳，根本不存在“西漢時人”所偽托的問題。
從三國到魏晉南北朝時期，史書無經籍誌記載《吳起兵書》的流傳情況，然而卻記錄了眾多軍事家學習、運用“孫吳兵法”的大量事實。如《三國誌》注引《魏書》說：曹操行軍用師，依“孫吳兵法”。又《晉書·李玄盛傳》說；李玄盛“誦孫吳兵法”等。以上事實說明在兩晉南北朝時期。《吳起兵書》仍在流傳。誠然，此時《吳起兵書》可能有部分散失，到隋唐時，隻有一卷傳世，是三國時賈詡作注的版本，所以不存在“六朝人偽托”的問題。
第二、從出土的文物考察
考證《吳子》從一書中出現的“器物”是否戰國時代就有，除了根據史料以外，還有新出土的文物是有力的佐證。如《吳子》中的“笳”，杜佑（公元前735年~812年）的《通典》在記敘“前代雜樂時”說：“應劭漢鹵薄圖，唯有騎執箛，即笳也”。戰國末或秦漢間成書的《六韜》也有“夜則火雲萬炬，擊雷鼓，振鼙鋒，吹鳴笳”的說法。由此可見，在漢代或漢代以前，“笳”已在軍中出現，並非如姚鼐所說到魏晉以後才以笳笛為樂。至於《吳子》中提到的關於青龍，白虎等“四獸”之說，不僅見於《曲禮》、《淮南子》等，而且也見於出土文物。1978年夏，在湖北隨縣出土的一件戰國漆器上，就有二十八宿的名稱，並繪製了跟它相對應的青龍、白虎等圖象、這件文物的出土，確鑿地證明了“四獸之為物”的起源、配以方色，不僅是戰國初，甚至是更早的事了。因此，以“四獸之為物”來否定《吳子》的成書年代，把它說成是“西漢中葉時人”所偽作就站不住腳了。
第三、從流傳過程考察
從《吳子》的流傳過程中得知，它的前身是《吳起兵書》，因《吳起兵書》流傳久遠，經過南北朝時的戰亂，部分內容已散失，唐宋間流傳的本子大多稱為《吳子》，那麼《吳子》和原來的吳起兵書《吳起兵書》到底是什麼關係呢？如上所述，《吳子》既然不是偽作，那麼另一個可能就是輯佚。
首先，從今本《吳子》的內容看，大部分比較簡短，各則文字的內容和形式都獨立而且較完整，即使同一篇中的兩則文字也不連貫，因此可以說《吳子》大部分是吳起的軍事語錄。為什麼會出現上述現象？這是因為，吳起原來的48篇兵書散失以後，有人把散見各處的吳起軍事語錄收集起來，並按其內容排列成篇，但因某些內容已缺，所以造成有些內容不係統，不連貫。
其次，《吳子》曾有過篇名、卷數、和篇序及各則文字的編排不同或不完全相同的情況，這種現象說明了吳起兵書的輯佚者可能不隻一人，輯成之書也可能不隻一本，自然就會出現上述不一致的現象，否則，就不能理解《吳子》流傳過程中出現的這些情況。
三吳起變法