秦朝水軍最早是由秦軍攻克巴蜀地區後組成的，後來又在進軍東南江海地區過程中得以壯大。《戰國策·楚策一》和《史記·張儀列傳》等典籍都載有秦國戰船的形狀。“舫船載卒，一舫載五十人，占三月之食，下水而浮，一日而行三百餘裏”。（《史記·張儀列傳》）秦國戰船先進，從蜀地沿漢水下長江，五天即可抵楚國郢都。秦將司馬錯伐楚，率十萬大軍，乘萬艘大船，載米六萬斛，沿江而下。（《華陽國誌》）
秦朝二世而亡，隻存在了短短的14年。但由於秦始皇建立了統一的全國政權，利於承襲前人的成果和便於組織力量進行開發，所以在水軍建設和運用方麵所取得的成就是空前的，有以下幾件大事可資證實：
一、大規模的水上漕運。秦始皇三十二年（公元前215年），秦始皇命蒙恬發兵20萬北擊匈奴。蒙恬收複黃河以南44個縣以後，駐兵扼守北河（今內蒙古自治區磴口以下黃河地段）。為了保障軍隊的供應，派出大型船隊從山東沿海港口出發，渡勃海（今渤海），入黃河，向北河防地運送糧食。這是我國海上漕運之始。
二、開靈渠。秦始皇二十七年（公元前220年），秦始皇發兵50萬大舉南下征討百越所處的江南和嶺南，其中主力是由尉屠睢指揮的樓船士，並由監祿負責在今廣西興安縣境內開鑿了一條長約60裏的運河——靈渠，溝通湘江和漓江，使長江和珠江水係相連接，保障了進軍和開發嶺南的需要。
三、徐福東渡。秦始皇二十八年（公元前219年），秦始皇命徐福（懂航海技藝的方士）帶童男女數千人入海東渡，未能成功。徐福謊稱大鮫魚為患，請增派弓弩手隨行。秦始皇同意所請，命徐福再次於秦始皇三十七年（公元前210年）出海遠航。（《史記·秦始皇本紀》）據中日兩國學者考證，這次遠航到達了日本。在日本的佐賀、和歌山、福岡等多處存在徐福東渡的遺跡。徐福帶去了水稻生產技術和銅鐵冶煉術，促成了日本的“彌生文化”。
四、秦始皇巡海。從秦始皇二十六年（公元前221年）統一中國起，到秦始皇三十七年（公元前210年）病死為止，前後12年，曾4次到沿海巡視。其中以第4次規模最大，行程最遠。先南巡到九凝（今湖南寧遠），然後沿長江而下，過丹陽，到錢塘（今杭州），由此再沿海北上，達到琅琊港（山東諸城東南，屬今膠南）。
從這四件大事中，我們不僅看到秦代航運的發達，而且可以推斷造船業的興旺。遠程水運幾十萬人的給養，派童男女數千人東渡日本，沒有數量多、質量好的船舶，也是不可想象的。