幹部短缺的現象也十分嚴重，肅反擴大化使國家和軍隊的戰爭準備受到嚴重損害。列寧時期建立的第一屆人民委員會，連列寧在內共15名委員，在肅反時有8名被處決或死於獄中，1名被逐出蘇聯。第17次黨代表大會選出的71名中央委員，有51名被處決，2名被迫自殺；68名候補中央委員，有47名被處決。軍隊的清洗也十分嚴重。蘇軍幹部部部長夏堅科在1938年3月11日給斯大林的報告中，列舉了1937年3月1日至1938年3月1日清洗人數：被解職的21268人，其中有14名軍區司令，21名軍區副司令，27名軍長，96名師長，183名團長和航空大隊長。大批紅軍高級指揮員慘遭迫害，在1935年11月第一批授銜的837人中有720人遭鎮壓；在1934年11月至1935年1月組成蘇聯國防軍事委員會的85名委員中有5人自殺，76人被捕，其中2人死在獄中，66人被處死；在1935年2月全蘇第7次代表大會上當選為蘇聯中央執行委員的36名軍事首長和政工幹部中，有30人被宣布為“人民的敵人”，5名蘇聯元帥，幸存的僅2人；5名一級集團軍司令，幸存的僅沙波什尼科夫1人；10名一級集團軍司令無一幸免。2名一級艦隊司令均被處死，2名二級艦隊司令中，1人死於獄中，1人被處死。由於大量幹部，特別是優秀高級幹部遭清洗，加上部隊的大規模改編，使蘇軍無法獲得足夠數量的具有一定軍事理論素養和一定實戰經驗的軍官去指揮這支龐大的軍隊。到戰爭前夕，軍隊的指揮幹部沒有配齊，陸軍中缺66900名，占整個陸軍指揮幹部的16％；而在西部邊境軍區，缺額更大，占17％~25％；空軍中飛行技術人員缺32.3％；在海軍中，指揮員缺編22.4％。指揮員嚴重缺編致使一些指揮員連提數級，一些營長晉升為師長，甚至軍長，而一些排長則一躍而為團長。1939~1942年間，82％的軍區司令員、53％的集團軍司令員、68.6％的軍長、71％的師長是新任命的。僅1941年3月7~8日兩天，就新任命了4個集團軍司令、42個軍長、117個師長。對於他們來說，到蘇德戰爭爆發，隻剩下3個多月的時間用於熟悉自己的職責了。
預備役軍官的征集和各種訓練班雖然使幹部不足的狀況得到局部改善，但是，由於戰爭逼近，時間縮短，加上軍隊的大規模改編改組，很難從整體上達到預期效果，雖然在戰前解放或重新啟用了一大批被清洗的幹部，但指揮人員仍主要靠初級軍事院校和短訓班應屆畢業生，以及征召預備役人員加以補充，即使這樣，到戰爭前夕，軍隊的指揮幹部也沒能完全配齊，而且全軍有75％的指揮員任職才不過幾個月。
軍隊的集中、展開和通訊指揮係統的建立也是以應付1942年戰爭為標準的，軍隊沒有做好防突襲的準備。首先，軍隊的集中與展開一直到1941年2月才開始，而且1941年2月通過的這份軍隊動員計劃，還需要各軍區繼續修改。3月底、4月初，同意征召80萬預備隊做補充部隊，而征集工作要求在5~10月才進行。而從征集到分派到各軍區，並達到實戰要求恐怕要到1942年。4月，步兵部隊實行戰時編製，實際執行的結果是沒有1個師在戰爭爆發時達到戰時編製要求。到6月初，要求軍區司令部完成掩護國境線計劃的製訂並呈報國防人民委員部審批，其結果是計劃尚在國防人民委員的辦公桌裏，戰爭就已爆發了。
緊急通信係統、戰時戰略領導體製遲遲未能建立，給部隊指揮造成混亂。戰略領導體製是國家備戰和指揮作戰的中樞，由於對戰爭已經臨近的威脅缺乏警惕，盲目地認定戰爭可以拖延至1942年，因此，直到戰爭爆發，蘇聯也沒研究建立戰時戰略領導體製，沒有預先建立戰時統攬國家一切權力的國防委員會和最高統帥部。
長期的戰爭準備不是一時可以彌補的，但是對於蘇聯這樣一個地域廣闊、有著強大實力的國家來說，隻要臨戰準備做得好，仍然能夠在戰爭初期將損失減少到最小程度。但是固執的斯大林對日益迫近的戰爭依然視而不見，而他周圍的人因為恐懼又不敢將自己的憂慮如實向他闡明。朱可夫在回憶這段曆史時檢討說：“當戰爭日益臨近時，我們這些軍人看來沒有盡一切力量說服斯大林相信蘇德戰爭不可避免地要在最近爆發，向他證明必須將作戰和動員計劃規定的緊急措施付諸實施。”
攻陷蘇境
1941年6月21日晚，古老的莫斯科城在經曆了白晝的喧鬧之後，已歸於寧靜，靜得讓人陶醉，讓人流連，仲夏的莫斯科，夜色真美。一陣急促的電話鈴聲驚動了朱可夫，他預感到一種巨大的危險，他抓起話筒，聲音有些顫抖，急切地說：