到了1988年春天，阿富汗的局勢沒有發生太大的變化：克霍斯特仍處於包圍中，但是抵抗運動也沒有能力將它攻陷，蘇軍的轟炸在持續——並不頻繁，但每一次都很猛烈，這樣的情況一直持續到蘇聯人開始撤軍為止。最先撤離的是駐紮在巴裏考特地區的部隊——於1988年4月23日——撤向賈拉拉巴德，蘇聯人希望撤軍能夠井然有序，在平靜的環境中進行。但是事與願違，聖戰者開始向賈拉拉巴德發起一係列的猛攻，造成了重大的傷亡。
5月間，蘇聯人開始從阿富汗南部和西南部撤出部隊，但不是直接撤走，撤出的部隊有很大一部分投入到了賈濟地區的新戰鬥中，在那裏活躍著很大一支抵抗運動的部隊。6月24日，一小隊抵抗運動的戰士組織了一次完美的對喀布爾機場的襲擊，摧毀了8架蘇-25，在接下來的幾天裏，巴格拉姆空軍基地開始受到經常性的火箭襲擊。盡管如此，蘇聯人還是展開了對喀布爾政權的大規模援助，在接下來的幾個月裏，數百噸的武器彈藥和其他物資被空運到阿富汗，而且，從1988年7月下旬開始，蘇聯飛機開始了對巴基斯坦境內抵抗組織營地的新的襲擊。其中的一次行動以災難而告終。
1988年8月4日下午，一隊蘇-25轟炸了米蘭沙附近的一個抵抗運動營地。太陽落山前半小時，他們被發現，第14中隊的兩架F-16A——駕駛員是阿瑟·伯克哈裏中尉和陶菲克·拉吉中尉——起飛攔截，到達漢古地區上空時，巴基斯坦飛行員被告知敵機轉向飛回了阿富汗，於是F-16放慢速度，準備做數小時的晚間戰鬥巡邏，然而……伯克哈裏中尉後來這樣說道：“當我正要做300度的轉彎時，地麵控製員報告說在我左方30度發現目標，距離15海裏。於是我向左轉發現了目標，地麵指揮官清楚地命令我一直向前飛並攻擊。在7海裏的高度，我用一枚紅外追蹤導彈鎖定了目標。這時他向右轉彎，一下子把我拉下了3.5海裏。我打開加力，把我們之間的距離縮短了2.5海裏。這時導彈的“最佳發射距離”指示燈開始閃爍，各種參數也符合，於是我發射了導彈，在顯示屏的瞄準框裏看著它朝目標飛去，片刻後就在瞄準框裏看到了一個火球。我把飛機向左拉了120度，下降了5000英尺的高度以躲開碎片和火焰。這時我回頭一看，發現8點鍾方向有一團閃光，距離3~4海裏，‘是導彈！’我的心跳都要停止了，然而地麵指揮官向我保證說在附近沒有其他的飛機。此後我就安全地回家了。”
根據蘇聯方麵的消息，在遭到F-16攻擊時，蘇-25編隊的長機，亞曆山大·魯茲柯伊上校做了一個難度很大的6.5G轉彎進行規避，然而顯然魯茲柯伊上校沒有觀察到在漆黑的天空中，他的對手在他後麵做了一個難度更大的轉彎，發射了AIM-9L並擊落了他。被擊中的蘇-25斷成了兩截，殘骸在第二天早晨被發現，但座艙是空的，因此巴基斯坦組織了一個搜索隊，第二天晚上魯茲柯伊被當地人俘虜後交給了當局。有趣的是，這個蘇聯飛行員堅持認為他是被一枚來自前方的由雷達製導的導彈擊落的，他拒絕相信伯克哈裏中尉僅僅是用了一枚AIM-9L，而且是從後方擊中了他。然而，有一個問題還沒有搞清楚，那就是為什麼在遭到F-16截擊以後蘇聯飛機編隊還堅持轟炸預定目標，這些目標並不值得他們冒這麼大的風險，而且他們的地麵指揮係統應該對他們發出警告。考慮到這樣一個事實：當魯茲柯伊上校被擊落時，剩下的3架飛機距阿富汗邊界還很遠，也許上校試圖與F-16周旋以爭取一些時間讓他的夥伴逃走。
對蘇聯人來說，魯茲柯伊上校和他的蘇-25被擊落並不是當月全部的壞消息，4天以後，一名阿富汗飛行員駕駛他的米格-21叛逃到了巴基斯坦的帕拉其那。此外，魯茲柯伊編隊的戰術運用——或者說是防禦動作表現得很不清楚，這一點同樣體現在一個月後發生的另一次空戰中。