馬鴻逵常說：“不怕千軍萬馬，隻怕內患一人。”因此他如果發現屬下稍有離心傾向，即指為不忠，甚至加以共產黨罪名，置於死地。1936年紅軍近迫韋州時，馬在調兵攻打紅軍的同時，也風聲鶴唳地擔心變生肘腋。命令蘇連元組織督察處，加緊血腥鎮壓。蘇查得金靈警備司令部參謀柏森寫給他朋友的一封信，其中有“我軍在韋州戰事失利”字樣，即和海濤、馬如龍、翦敦道等“分析”，“我軍”是指“紅軍”，寫信的一定是共產黨員。參謀柏森既是共產黨，總部參謀處共產黨一定不少，而李翰園既任用共產黨作參謀，李也必然是共產黨。於是由蘇連元親自向柏森逼供，株連軍政內部人員20餘人，馬鴻逵的家庭教師李雲青（女）也被捕。審訊逼供兩個月之久，也沒找到“李翰園是共產黨”的口供。但不久，李即由十五路軍參謀長改任省建設廳長，調離了要害職務。
但馬鴻逵特務組織的矛頭，主要是對準共產黨的。他曾指示特務們製定“預防奸黨竄擾綱要”，對共產黨人狠下毒手。抗戰開始，共產黨員孫殿才做了大量統戰工作，馬對此十分恐慌，抓不到孫殿才，即拘捕其家屬。與孫同時參加革命的王子華，於1940年回中寧探親，竟被其叔、特務王含章關押起來，在銀川監獄關押10年之久。梁大均、金靈、金濤等同誌，也都遭到迫害或緝捕。還有不少革命者慘遭殺害。1938年，中共寧夏工委書記崔景嶽被中統特務逮捕，繼又根據搜得密件的線索，在平羅、寶豐、黃渠等地逮捕了杜琳等青年。1942年4月，崔景嶽同誌被特務武登魁活埋於城隍廟後。1942年9月，中共寧夏郵電局支部書記毛華英，以化名向延安發了一封掛號信，被郵電檢查所發現，程福剛即派特務偵查，在城內西馬營等地發現毛華英等集合情況，即逮捕了郵局、電信局毛華英等9人，經過數月酷刑折磨，於1943年5月，根據馬鴻逵的命令，將毛華英、何小成、陳述夫、劉文等人殺害於銀川城隍廟後。1939年4月，馬鴻逵的忠實爪牙張濟美偵悉同心縣小學教師孟長有曾在“抗大”學習過，即將孟逮捕，孟在獄中不為威逼利誘所動，被馬之特務活埋。張濟美還將曾在“抗大”學習過的進步青年汪生玉、王世統、姚懷璉等關押10年之久。1948年馬鴻逵侵占三邊，將青年謝蘭英逮捕，解送寧夏審訊，後經馬決定，又將謝解回定邊處死。此外，馬鴻逵還殺害了許多無辜平民，如指使其便衣隊長陳俊升殘殺無辜青年李玉柱、張仁，郵差張某，拷打致死高中甫等。
6．利用宗教
馬鴻逵為迎合蔣介石，提倡“回教非回族”的謬論。逢到回民聚禮，往往當眾宣傳，並將其所寫《西北回漢問題之解剖》印刷成冊，到處傳播。但他卻不忘利用宗教反共，實現其政治野心。首先是抓宗教組織，拉攏宗教界人士。抗戰開始後，成立了一個“中國回教救國協會”，全國為總會，白崇禧任理事長，各省（市）設分會，縣設支會，回民聚居的地方設坊會。1940年1月寧夏省分會成立，馬鴻逵為理事長，秘書長先為劉柏石，後為張洪濤。開始一段，還在宣傳動員抗日救國方麵做了一些工作，後來就逐漸變成馬的“反共”宣傳工具了。馬為拉攏阿訇，把全省500坊清真寺分大中小三等，給各寺開學阿訇發津貼，每人每月2元、3元、5元不等，影響較大的中心地區的阿訇則另送10元、20元。還募化清真寺基金，給阿訇、滿拉置買田產，讓他們坐吃地租。又開辦阿訇講習所，學員最多時達千人左右，分高、初兩級，修業期限3年，畢業後派充各寺開學。但馬每月給的這點津貼對阿訇來說，實在是太少了，而且馬還規定津貼一定本人來省領取，有的跑上幾百裏路，領這麼點錢。又花工夫，又賠路費，引起阿訇的不滿。“回協”開過兩次全省代表大會，每次都是馬鴻逵連任理事長，他的報告歸結為兩點：一是抗日，一是防共；抗日是裝點門麵，防共是實的。例如他曾說：“日本鬼子在哪裏呢，我們的近敵就是共軍嘛！”“蔣委員長不把寧夏十萬大軍調出抗日，留在後方幹什麼？”言外之意，就是為了專門對付共產黨。馬還利用“回協”搞大規模的“反共”宣傳活動。1943年12月間，組織了以王子忠為首的阿訇宣傳團，北至石咀山，南至同心城，曆時1月，在全省各個回民聚居區大肆宣傳“共產黨是伊斯蘭教的大敵”，捏造事實誣蔑共產黨，叫嚷什麼共產黨與宗教不能並存，還印發《告回民同胞書》和許多“反共”標語。1946年4月間，又組織了一次阿訇宣傳團，省南一團仍以王子忠為首，省北一團以李誠忠為首，內容與上次大致相同，不外“反共”的陳詞濫調。1948年10月間，在國民黨軍隊東北、華北節節敗潰之際，馬鴻逵把全省比較大的清真寺教長召到他的“將軍第”，提出把全省近3000名年輕阿訇、滿拉武裝起來，500坊清真寺每寺發槍5支，必要時再增發，練兵自衛。馬說：“護教愛國是一回事。”要求各坊阿訇領導回民與解放軍決一死戰。但多數教長不同意，沒有成為事實。